Este é o aplicativo Linux chamado kallisto cuja versão mais recente pode ser baixada como kallisto_windows-v0.50.0.zip. Ele pode ser executado online no provedor de hospedagem gratuito OnWorks para estações de trabalho.
Baixe e execute online este aplicativo chamado kallisto com OnWorks gratuitamente.
Siga estas instruções para executar este aplicativo:
- 1. Baixe este aplicativo em seu PC.
- 2. Entre em nosso gerenciador de arquivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX com o nome de usuário que você deseja.
- 3. Carregue este aplicativo em tal gerenciador de arquivos.
- 4. Inicie o emulador OnWorks Linux online ou Windows online ou emulador MACOS online a partir deste site.
- 5. No sistema operacional OnWorks Linux que você acabou de iniciar, acesse nosso gerenciador de arquivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX com o nome de usuário que deseja.
- 6. Baixe o aplicativo, instale-o e execute-o.
SCREENSHOTS
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Kalisto
DESCRIÇÃO
kallisto é um programa para quantificação quase ideal de abundâncias de transcritos de dados de RNA-Seq, ou mais geralmente de sequências alvo usando leituras de sequenciamento de alto rendimento. Baseia-se na ideia de usar pseudoalinhamento para determinar rapidamente a compatibilidade de leituras e alvos, sem necessidade de alinhamento.
De acordo com benchmarks feitos em um computador desktop Mac, o kallisto pode quantificar 30 milhões de leituras de RNA-seq humano em menos de 3 minutos com apenas as sequências de leitura e um índice de transcriptoma, que por si só pode levar mais de 10 minutos para ser construído. E como usa pseudoalinhamento, é robusto a erros nas leituras e preserva as principais informações necessárias para a quantificação. Isso torna o kallisto não apenas rápido, mas também altamente preciso. Em muitos benchmarks, ele supera em muito as ferramentas existentes.
Funcionalidades
- Usa pseudoalinhamento
- Rápido e preciso
- RNA-Seq em massa quantificado pode ser analisado com detetive
- Pode ser usado com bustools para pré-processar dados RNA-seq de célula única
Linguagem de Programação
C
Categorias
Este é um aplicativo que também pode ser obtido em https://sourceforge.net/projects/kallisto.mirror/. Ele foi hospedado no OnWorks para ser executado on-line da maneira mais fácil a partir de um de nossos sistemas operacionais gratuitos.
