Este é o aplicativo Linux denominado miRDP2 para rodar em Linux online, cuja versão mais recente pode ser baixada como miRDP2-v1.1.4.tar.gz. Ele pode ser executado online no provedor de hospedagem gratuita OnWorks para estações de trabalho.
Baixe e execute online este aplicativo chamado miRDP2 para rodar em Linux online com OnWorks gratuitamente.
Siga estas instruções para executar este aplicativo:
- 1. Baixe este aplicativo em seu PC.
- 2. Entre em nosso gerenciador de arquivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX com o nome de usuário que você deseja.
- 3. Carregue este aplicativo em tal gerenciador de arquivos.
- 4. Inicie o emulador OnWorks Linux online ou Windows online ou emulador MACOS online a partir deste site.
- 5. No sistema operacional OnWorks Linux que você acabou de iniciar, acesse nosso gerenciador de arquivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX com o nome de usuário que deseja.
- 6. Baixe o aplicativo, instale-o e execute-o.
miRDP2 para rodar em Linux online
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DESCRIÇÃO
miRDeep-P2 (miRDP2) é desenvolvido para analisar com precisão e rapidez o transcriptoma de microRNAs (miRNAs) em plantas. É adotado a partir do miRDeep-P (miRDP) com novas estratégias e algoritmo revisado. Testamos miRDP2 para analisar transcriptomas de miRNA em plantas com tamanho de genoma gradualmente aumentado como Arabidopsis, arroz, tomate, milho e trigo. Comparado com miRDeep-P e várias outras ferramentas computacionais, miRDP2 processou dados NGS com velocidade superior. Ao incorporar critérios de anotação de miRNA de planta recém-atualizados, a precisão do miRDP2 também é significativamente melhorada. Nossos resultados demonstram o miRDP2 como uma ferramenta rápida e precisa para analisar o transcriptoma miRNA em plantas.Referência: https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bty972
Recursos
- pequeno RNA
- microRNA (miRNA）
- Sequenciamento de próxima geração (NGS)
- Perl
Público
Ciência / Pesquisa
Linguagem de Programação
Perl
Ambiente de Banco de Dados
Perl DBI / DBD
Este é um aplicativo que também pode ser obtido em https://sourceforge.net/projects/mirdp2/. Ele foi hospedado no OnWorks para ser executado online da maneira mais fácil a partir de um de nossos Sistemas Operativos gratuitos.
