Este é o aplicativo Linux denominado ProGraphMSA, cuja versão mais recente pode ser baixada como ProGraphMSA-20130709.tar.gz. Ele pode ser executado online no provedor de hospedagem gratuita OnWorks para estações de trabalho.
Baixe e execute online este aplicativo chamado ProGraphMSA com OnWorks gratuitamente.
Siga estas instruções para executar este aplicativo:
- 1. Baixe este aplicativo em seu PC.
- 2. Entre em nosso gerenciador de arquivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX com o nome de usuário que você deseja.
- 3. Carregue este aplicativo em tal gerenciador de arquivos.
- 4. Inicie o emulador OnWorks Linux online ou Windows online ou emulador MACOS online a partir deste site.
- 5. No sistema operacional OnWorks Linux que você acabou de iniciar, acesse nosso gerenciador de arquivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX com o nome de usuário que deseja.
- 6. Baixe o aplicativo, instale-o e execute-o.
ProGraphMSA
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DESCRIÇÃO
ProGraphMSA é uma ferramenta de alinhamento de sequência múltipla de última geração que produz padrões de lacunas filogeneticamente sensíveis, enquanto mantém a robustez, permitindo emendas alternativas e erros no padrão de ramificação da árvore guia. Isso é conseguido incorporando uma representação de sequência baseada em gráfico como no POA e combinando-a com as vantagens do algoritmo de reconhecimento de filogenia no Prank. Além disso, consideramos as variações no padrão de substituição usando frequências de aminoácidos estimadas e implementando perfis específicos de contexto como no CS-Blast.As versões mais recentes do ProGraphMSA incluem uma extensão para o modelo de alinhamento para suportar inserções e exclusões de unidades repetidas em tandem.
Este é um aplicativo que também pode ser obtido em https://sourceforge.net/projects/prographmsa/. Ele foi hospedado no OnWorks para ser executado online da maneira mais fácil a partir de um de nossos Sistemas Operativos gratuitos.