abyss-pe - Online în cloud

PROGRAM:

NUME

abyss-pe - asamblarea citirilor în contigs

REZUMAT

abis-pe [OPȚIUNE]... [PARAMETRI=VALUE]... [MAKE_TARGET] ...

DESCRIERE

Asamblați citirile fișierelor de intrare în contigs. Citirile pot fi în FASTA, FASTQ,
qseq, export, SRA, SAM sau BAM format și poate fi comprimat cu gz, bz2 sau xz și poate fi
gudronat.

abyss-pe este un script Makefile. Orice opțiune de make poate fi folosită și cu abyss-pe.

parametrii of abis-pe
nume, NUMELE LOCULUI DE MUNCA
Numele acestei adunări. Schelele rezultate vor fi depozitate
${name}-schele.fa.

in fișiere de intrare. Utilizați această variabilă atunci când asamblați date dintr-o singură bibliotecă.

lib o listă citată de nume de biblioteci cu sfârșituri pereche separate prin spații albe. Utilizați această variabilă
la asamblarea datelor din mai multe biblioteci cu sfârșit împerecheat. Pentru fiecare nume de bibliotecă din
lib, utilizatorul trebuie să definească o variabilă pe linia de comandă cu același nume, care
indică fișierele citite pentru acea bibliotecă. Vedea EXEMPLE mai jos pentru un beton
exemplu de utilizare.

pe listă de biblioteci cu sfârșit pereche care vor fi utilizate numai pentru îmbinarea unitig-urilor în
contigs și nu va contribui la succesiunea consensului.

mp lista bibliotecilor mate-pereche care vor fi folosite pentru schele. Biblioteci Mate-pereche
nu contribuie la succesiunea consensului.

lung listă de biblioteci cu secvențe lungi care vor fi utilizate pentru reschelatură. secvență lungă
bibliotecile nu contribuie la succesiunea consensului.

se fișiere care conțin citiri unice

a numărul maxim de ramuri ale unei bule [2]

b lungimea maximă a bulei (bp) [10000]

c acoperire medie minimă k-mer a unei unități [sqrt(median)]

d eroare admisibilă a unei estimări de distanță (bp) [6]

e acoperire minimă de eroziune k-mer [sqrt(median)]

E acoperire minimă de eroziune k-mer pe șuviță [1]

j numărul de fire [2]

k dimensiunea unui k-mer (când K nu este setat) sau intervalul unei perechi k-mer (când K este setat)

K dimensiunea unui singur k-mer într-o pereche k-mer (bp)

l lungimea minimă de aliniere a unei citiri (bp) [k]

m suprapunere minimă de două unități (bp) [30]

n numărul minim de perechi necesar pentru construirea contigs [10]

N numărul minim de perechi necesar pentru construirea de schele [n]

p identitatea secvenței minime a unei bule [0.9]

q calitate minimă de bază la tăiere [3]
Tăiați bazele de la capetele citirilor a căror calitate este mai mică q.

Q calitate minimă de bază [0]
Mascați toate bazele citirilor a căror calitate este mai mică decât Q ca „N”.

s dimensiunea minimă a unității necesare pentru conturile de construcție (bp) [200]
Lungimea semințelor ar trebui să fie de cel puțin două ori valoarea lui k. Dacă mai multă secvență este
asamblat decât dimensiunea așteptată a genomului, încercați să creșteți s.

S dimensiunea minimă a contig necesară pentru schele de construcție (bp) [s]

SS SS=--SS pentru asamblare în modul specific pentru toroane
Necesită ca toate bibliotecile să fie biblioteci ARN-Seq specifice catenei. Presupune că
prima citire dintr-o pereche de citit este reversată WRT transcrierile secvențiate.

t dimensiunea minimă a vârfului (bp) [2k]

v v=-v pentru a activa jurnalizarea verbosă

np, NSLOTS
numărul de procese ale unui ansamblu MPI

mpirun calea spre mpirun

aliniator
Programul de utilizat pentru a alinia citirile la contigs [hartă].
Valorile permise sunt: ​​map, kaliner, bwa, bwasw, bowtie, bowtie2, dida. Vezi
DIDA secțiunea de mai jos pentru mai multe informații despre opțiunea dida.

cs convertiți conturile din spațiul de culoare în conturi de nucleotide după asamblare

Opţiuni of face
-n, --funcție uscată
Tipăriți comenzile care ar fi executate, dar nu le executați.

Faceți suporterii vedetele spectacolului, evidențiați contribuțiile noilor veniți și distrați-vă! Nu vă fie teamă să colaborați și să acordați credit altor grupuri care se ocupă de probleme similare. Prezentați-vă la cauzele lor, karma este reală! obiective pentru abis-pe
lipsă
Echivalent cu „scaffolds scaffolds-dot stats”.

unitigs
Asamblați unitățile.

unitigs-dot
Ieșiți graficul de suprapunere unitig.

pe-sam Mapeți citirile de tip paired-end către unități și scoateți un fișier SAM. Fișierul SAM va fi numai
conțin maparea citirilor către diferite contig și ID-ul citirii, secvența și calitatea
șirurile de caractere vor fi înlocuite cu caractere „*”.

pe-bam Mapeți citirile de tip paired-end către unități și scoateți un fișier BAM. Fișierul BAM va fi numai
conțin maparea citirilor către diferite contig și ID-ul citirii, secvența și calitatea
șirurile de caractere vor fi înlocuite cu caractere „*”.

pe-index
Generați un index al unităților utilizate de abyss-map.

contigs
Asamblați contigs.

contigs-dot
Ieșiți graficul de suprapunere contig.

mp-sam Map mate-pair citește contigs și scoate un fișier SAM. Fișierul SAM va fi numai
conțin maparea citirilor către diferite contig și ID-ul citirii, secvența și calitatea
șirurile de caractere vor fi înlocuite cu caractere „*”.

mp-bam Map mate-pair citește contigs și scoate un fișier BAM. Fișierul BAM va fi numai
conțin maparea citirilor către diferite contig și ID-ul citirii, secvența și calitatea
șirurile de caractere vor fi înlocuite cu caractere „*”.

mp-index
Generați un index al contig-urilor utilizate de abyss-map.

schele
Asamblați schele.

schele-punct
Ieșiți graficul de suprapunere a schelei.

scaftigs
Sparge schele și generează fișierul AGP.

schele lungi
Rescaffold folosind ARN-Seq contig asamblate.

lung-scaffs-dot
Ieșiți graficul de suprapunere a schelei ARN.

Statistici Afișează statisticile de contiguitate a ansamblului.

curat Eliminați fișierele intermediare.

versiune
Afișează versiunea abyss-pe.

Versiunile
Afișează versiunile tuturor programelor utilizate de abyss-pe.

ajutor Afișează un mesaj util.

DIDA

ABySS acceptă utilizarea DIDA (Distributed Indexing Dispatched Alignment), un sistem bazat pe MPI
cadru de aliniere pentru calcularea aliniilor de secvențe pe mai multe mașini. A folosi
DIDA cu ABySS, mai întâi descărcați și instalați DIDA de la
http://www.bcgsc.ca/platform/bioinfo/software/dida, apoi specificați `dida` ca valoare a
il aliniator parametru pentru a abis-pe.

legate de DIDA abis-pe parametrii
DIDA_MPIRUN
Comanda `mpirun` folosită pentru a rula joburi DIDA.

DIDA_RUN_OPTIONS
Opțiuni de rulare, cum ar fi numărul de fire de execuție per rang MPI și valori pentru mediu
variabile (de ex. PATH, LD_LIBRARY_PATH). Rulați `abyss-dida --help` pentru o listă de
Optiuni Disponibile.

DIDA_OPTIONS
Opțiuni care sunt transmise direct la binarul DIDA. De exemplu, acesta poate fi folosit
pentru a controla pragul minim al lungimii de aliniere. Rulați `dida-wrapper --help` pentru a
lista de optiuni disponibile.

MPI COMPATIBILITATE
Datorită utilizării multi-threading-ului, DIDA a cunoscut probleme de blocare cu OpenMPI. Folosind
biblioteca MPICH MPI este foarte recomandată atunci când rulați ansambluri cu DIDA. Testare
a fost realizat cu MPICH 3.1.3, compilat cu --enable-threads=funneled.

EXEMPLU
Configurația de rulare recomandată pentru DIDA este de 1 rang MPI per mașină și 1 fir pe fiecare
Miezul procesorului. De exemplu, pentru a rula un ansamblu în 3 noduri de cluster cu câte 12 nuclee fiecare, faceți:

abyss-pe k=64 name=ecoli in='reads1.fa reads2.fa' aligner=dida
DIDA_RUN_OPTIONS='-j12' DIDA_MPIRUN='mpirun -np 3 -ppn 1 -bind-to placa'

Acest exemplu folosește opțiunile din linia de comandă MPICH pentru `mpirun`. Aici, `-np 3` indică
numărul de ranguri MPI, `-ppn 1` indică numărul de ranguri MPI per "nod" și
`-bind-to board` definește un "nod" ca fiind o placă de bază (adică o mașină completă).

MEDIUL VARIABILE

Orice parametru care poate fi specificat pe linia de comandă poate fi, de asemenea, specificat într-un
variabilă de mediu.

PATH trebuie să conțină directorul în care sunt instalate executabilele ABySS. Folosește `abyss-
pe versions` pentru a verifica dacă PATH este configurat corect.

TMPDIR specifică un director de utilizat pentru fișierele temporare

Scheduler integrare
ABySS se integrează bine cu programatoarele de joburi de cluster, cum ar fi:
* SGE (Sun Grid Engine)
* Sistem portabil de lot (PBS)
* Load Sharing Facility (LSF)
* IBM LoadLeveler

Variabilele de mediu SGE JOB_NAME, SGE_TASK_ID și NSLOTS pot fi utilizate pentru a specifica
numele parametrilor, k și respectiv np și, în mod similar, pentru alți programatori.

EXEMPLE

O sfârşit pereche bibliotecă
abyss-pe k=64 name=ecoli in='reads1.fa reads2.fa'

Multiplu sfârşit pereche biblioteci
abyss-pe k=64 name=ecoli lib='lib1 lib2' \
lib1='lib1_1.fa lib1_2.fa' lib2='lib2_1.fa lib2_2.fa' \
se='se1.fa se2.fa'

Sfârșit pereche și mate-pereche biblioteci
abyss-pe k=64 name=ecoli lib='pe1 pe2' mp='mp1 mp2' \
pe1='pe1_1.fa pe1_2.fa' pe2='pe2_1.fa pe2_2.fa' \
mp1='mp1_1.fa mp1_2.fa' mp2='mp2_1.fa mp2_2.fa' \
se='se1.fa se2.fa'

Inclusiv ARN-Seq ansambluri
abyss-pe k=64 name=ecoli lib=pe1 mp=mp1 long=long1 \
pe1='pe1_1.fa pe1_2.fa' mp1='mp1_1.fa mp1_2.fa' \
long1=long1.fa

MPI
abyss-pe np=8 k=64 name=ecoli in='reads1.fa reads2.fa'

SGE
qsub -N ecoli -t 64 -pe openmpi 8 \
abyss-pe n=10 in='reads1.fa reads2.fa'

Utilizați abyss-pe online folosind serviciile onworks.net