Aceasta este comanda altree-convertp care poate fi rulată în furnizorul de găzduire gratuit OnWorks folosind una dintre multiplele noastre stații de lucru online gratuite, cum ar fi Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows sau emulator online MAC OS
PROGRAM:
NUME
altree-convert - Titlu...
REZUMAT
altree-convert [opțiuni]
Opțiuni:
--version versiunea programului
--short-help|h mesaj scurt de ajutor
--help mesaj de ajutor cu descrieri de opțiuni
--man documentatie completa
--first-input-file|i fișierul de intrare 1
--second-input-file|j fișier de intrare 2 (nu este obligatoriu)
--output-file|o fișier de ieșire
--case-control-output|c ieșire care conține numărul de cazuri/controale
--data-type|t ADN|NUM
--phylo-prog|p PAUP|PHYLIP
--reconstruct-prog|r FAZA|FAMHAP
--data-quali|q Tipul datelor: calitative sau cantitative
--nbind-threshold|s Numărul minim de indivizi dobândiți pentru a păstra un haplotip
OPŢIUNI
--versiune
Tipăriți versiunea programului și iese.
--ajutor-scurt
Imprimați un scurt mesaj de ajutor și ieșiți.
--Ajutor Imprimați un mesaj de ajutor cu descrieri ale opțiunilor și ieșiri.
--om Imprimă pagina de manual și iese.
--first-input-file|i
Fișier de intrare 1 (ieșire a programului de reconstrucție a haplotipului)
--second-input-file|j
Fișier de intrare 2 (a doua ieșire a famhap sau fișier care conține starea bolii)
--output-file|o
Fisier de iesire
--case-control-output|c
Fișier de ieșire care conține numărul de cazuri și controale care poartă fiecare haplotip
--tip-date|t "ADN"|"SNP"
Tip de date: ADN (ATGCU) sau SNP (0-1)
--phylo-prog|p "phylip"|"paup"
Program de reconstrucție a filogeniei
reconstruct-prog|r "famhap|faza"
Program de reconstrucție a haplotipurilor
data-quali|q „calitativ|cantitativ”
Tipul de date analizate
nbind-threshold|s
Este necesar un număr minim de indivizi care poartă un haplotip pentru a-l păstra
analiza ulterioara. Dacă doriți să păstrați toate haplotipurile, trebuie să afectați 0 la aceasta
variabil
DESCRIERE
Acest program va citi fișierele de intrare date și va genera un fișier de intrare pentru
software de reconstrucție filogenetică paup sau phylip/paml
Utilizați altree-convertp online folosind serviciile onworks.net