Aceasta este comanda anfo care poate fi rulată în furnizorul de găzduire gratuit OnWorks folosind una dintre multiplele noastre stații de lucru online gratuite, cum ar fi Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows sau emulator online MAC OS
PROGRAM:
NUME
anfo - găsiți cea mai bună aliniere a citirilor scurte la baza de date
REZUMAT
anpho [ opțiune | fişier ... ]
DESCRIERE
anpho aliniază (scurt) citirile de secvențiere la o bază de date (dimensiunea gigabase). Folosește o euristică
metoda de însămânțare, dar apoi aplică un alinier autentic care permite goluri, înțelege daune
modele în ADN antic și produce un scor ușor de interpretat.
Fișierele de intrare pot fi orice varietate de fișiere FastA sau FastQ sau native anpho fisier binar,
comprimat opțional folosind gziporbzip2. Formatul fișierului este recunoscut automat și
pot fi adăugate alte formate.
OPŢIUNI
-V, --versiune
Tipăriți numărul versiunii și ieșiți.
-o fișier, --fișier de ieșire
Scrie ieșire în fişier. fişier va fi scris în limba maternă anpho format binar, care
poate fi operat la utilizare anfo-instrument sau legaturile la viclenie.
-c conffile, --config conffile
Citiți configurația din conffile. Acest fișier configurează ce indici sunt utilizați și
prin extensie la ce genomi se face o aliniere, ce parametri să folosiți în
alinier și poate seta căi. Vezi fișierul exemplu.
-p num, --fire num
acasă o fire pentru aliniere. Un astfel de fir per nucleu de procesor este de obicei
Cel mai bun.
-x num, --ixthreads num
acasă o fire pentru indexare. Indexarea utilizează în mod normal mai puțină putere CPU decât
aliniere, astfel încât mai puține indexere decât aliniere este în mod normal cel mai bine.
--solexa-scale
Când citiți fișierele FastQ, utilizați scala Solexa (log-odds-ratio) în loc de
scară standard Phread (probabilități). Dacă utilizați secvențiere Solexa/Illumina,
consultați documentația dvs. dacă aveți nevoie de acest lucru. Altfel, nu.
--fastq-origina ori
Setați originea pentru decodarea FastQ la aurii. Standardul și implicit este 33, dar trebuie
fi setat la 64 pentru unele versiuni ale software-ului Solexa/Illumina. Dacă utilizați
Secvențiere Solexa/Illumina, consultați documentația dumneavoastră dacă aveți nevoie de acest lucru.
Altfel, nu.
-q, --liniște
Suprimați toate ieșirile, cu excepția erorilor fatale.
-v, --verbos
Tipăriți un indicator de progres în timpul funcționării.
MEDIUL
ANFO_PATH
Listă separată de două puncte de directoare căutate pentru genom și fișiere index.
Utilizați anfo online folosind serviciile onworks.net
