Aceasta este comanda bp_revtrans-motifp care poate fi rulată în furnizorul de găzduire gratuit OnWorks folosind una dintre multiplele noastre stații de lucru online gratuite, cum ar fi Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows sau emulator online MAC OS
PROGRAM:
NUME
bp_revtrans-motif - Traduce inversă un motiv proteic asemănător Profam
VERSIUNE
versiune 0.01
REZUMAT
Dintr-un fișier:
bp_revtrans-motif.pl -i motive.txt
Utilizarea conductelor:
bp_revtrans-motif.pl < motifs.txt > output.txt
Folosind interactiv la promptul de comandă:
$ bp_revtrans-motif.pl
MAAEEL[VIKP]
1. ATGGCNGCNGARGARYTNVHN
[^P]H(IW){2,3}
2. NDNCAY(ATHTGG){2,3}
DESCRIERE
Acest script ia ca intrare un motiv proteic și returnează o oligonucleotidă degenerată
succesiunea corespunzătoare acestuia. Motivul principal pentru a face acest lucru este proiectarea degenerată
primeri care amplifică un model de secvență dat.
Motivul de intrare constă dintr-un șir de reziduuri de o literă, cu oricare dintre următoarele
elemente sintactice:
[...] : Poziție redundantă.
O poziție în care este permis mai mult de un reziduu. Exemplu:
[TS]YW[RKSD]
^^ ^^^^
[^...] : Poziție negata.
O poziție în care este permis orice reziduu, salvat pentru cei dintre paranteze. Exemplu:
[^PW]MK[LAE]
^^
(...){n,m,...} : Motiv repetat.
Un motiv care se repetă n or m ori. Poate avea oricare dintre sintacticele anterioare
elemente. Exemplu:
A[SN]C(TXX){2,4,8}
^^^
Literele permise sunt cele care corespund celor 20 de aminoacizi naturali, plus:
B = N + D
Z = Q + E
X = Toate
OPŢIUNI
-i fișier de intrare:
Un fișier cu o listă de motive de tradus invers.
-h
Afișează acest mesaj de ajutor.
Utilizați bp_revtrans-motifp online folosind serviciile onworks.net