chemtool - Online în cloud

PROGRAM:

NUME

chemtool - editor de structuri chimice

REZUMAT

instrument chimic [nume de fișier]

DESCRIERE

instrument chimic este un program pentru desenarea moleculelor organice și exportarea lor ca bitmap X, PNG,
Fișier PicTeX, Xfig, SVG, SXD, MDL sau EPS. Acesta rulează sub sistemul X Window folosind GTK
set de widget-uri.

Programul oferă în esență undo/redo nelimitat, două fonturi de text plus simboluri, șapte
culori, desen la mai multe scale de zoom și grile de fundal pătrate și hexagonale pentru mai ușor
aliniere.

EXEMPLE

În toate modurile de desenare și editare, butonul unu al mouse-ului (de obicei, butonul din stânga) este folosit
marcați sau desenați obiecte, în timp ce butonul trei (butonul din dreapta) poate fi folosit pentru a șterge obiecte
de tipul actual. Butonul din mijloc este utilizat în principal în modurile de desenare a obligațiilor în care acesta
permite schimbarea rapidă a tipurilor de obligațiuni. Începând cu versiunea 1.5, stocarea implicită
directorul pentru fișierele de date și extensia numelui de fișier de utilizat pot fi salvate prin a
dialog de configurare.

Desen of obligațiuni:
Legăturile pot fi trase în 4 setări de unghi diferite (hexagon cu intervale de 30°, două
pentagoane cu intervale de 72° (orientare diferită) și un octogon de 45° i). (Intermediar
unghiurile sunt posibile și în toate aceste moduri - pur și simplu ignorați punctele marcatoare din aceasta
caz).

Selectorul de stil de legătură din centrul barei de butoane determină tipul de legătură care este
trasă - inițial, aceasta este o singură obligație. Dacă doriți să schimbați tipul unei obligațiuni mai târziu,
fie faceți clic pe el cu butonul din mijloc al mouse-ului pentru a trece la tipul (tipurile) următor(e) sau
selectați tipul potrivit în selector și apoi comutați la modul bondtype și alegeți-le pe toate
obligațiuni pe care doriți să le schimbați la noul tip. (Culoarea folosită pentru lipire este
actualizat în același timp dacă este necesar.) Apăsând butonul din mijloc al mouse-ului pe o legătură când este în
Modul „Tip legături” inversează direcția acelei legături.

Folosind al treilea buton (de obicei, dreapta) al mouse-ului, se șterge legătura de lângă cursor
poziție.

Tipurile de obligațiuni disponibile sunt:

· legătură simplă

· legătură dublă

· legătură dublă (linie mai scurtă pe cealaltă parte)

· legătură dublă centrată

· triplă legătură (liniile de flancare mai scurte decât cele centrale)

· triplă legătură (cu lungimi de linii egale)

· legătură cvadruplă

· legătură în formă de pană

· legătură în formă de pană întreruptă

· linie ondulată

· jumătate de săgeată

· săgeată obișnuită

· legătură largă

· cerc

· linie punctata

· legătură simplă suprapusă (care decupează un segment din orice legătură pe care o traversează)

· lobul orbital pi ușor

· lobul orbital pi închis

Semiautomat desen of inele:
Inelele de la 3 la 12 membri pot fi desenate cu ușurință ținând apăsată tasta Ctrl în timp ce desenați a
linia. Această linie va deveni apoi primul segment al unui inel care este desenat automat
în sensul acelor de ceasornic. Mărimea inelului este implicită la cea corespunzătoare pentru cel selectat
modul de desenare (adică 5, 6 sau 8 laturi), dar poate fi setat pe fiecare inel, apăsând
Ctlr- înainte de a trage inelul, unde numerele 3-9 corespund cu 3 până la 9 membri
inele, în timp ce de la 0 la 2 selectează inele cu 10, 11 și, respectiv, 12 membri.

Inelele nou desenate pot fi șterse apăsând Ctrl și butonul 3 al mouse-ului împreună.

Desen of curb linii:
Liniile curbe pentru obiecte precum săgețile sau lobii orbitali pot fi trase în modul curbă spline prin
specificând patru puncte de control care formează un poligon de delimitare (punctul de pornire, două puncte pe
ambele părți ale vârfului, punctul final). Dintre tipurile de obligațiuni obișnuite disponibile în meniul Stil,
„linia unică”, „semi-săgeată”, săgeata și „linia întreruptă” își păstrează funcția obișnuită, în timp ce
tipul „linie largă” este folosit pentru a desemna un poligon umplut. Punctele de control sunt doar
vizibil în Muta modul, unde pot fi trase pentru a schimba forma unei curbe după
este desenat.

reglaj legătură stil
În modul stil de legătură, făcând clic pe orice legătură din diagramă, se schimbă reprezentarea acesteia în
tip selectat în meniul derulant de lângă Tip butonul.

Tipul suplimentar de obligațiuni disponibil în meniul derulant,

săgeată curbată

este disponibil doar pentru desen. Este de fapt o comandă rapidă pentru unul dintre desenele curbei
funcțiile descrise mai sus, cu al doilea și al treilea punct de control automat
generate. Ca atare, nu poate fi convertit în sau din oricare dintre tipurile de obligațiuni convenționale.

(Se poate, totuși, converti în oricare dintre celelalte tipuri de curbe, de exemplu pentru a schimba tipul de
vârf de săgeată). Forma săgeții va trebui, de obicei, ajustată prin deplasarea
punct de control care apare alături de acesta în modul „Mutare”.

Se introduce a) Sport and Nutrition Awareness Day in Manasia Around XNUMX people from the rural commune Manasia have participated in a sports and healthy nutrition oriented activity in one of the community’s sports ready yards. This activity was meant to gather, mainly, middle-aged people from a Romanian rural community and teach them about the benefits that sports have on both their mental and physical health and on how sporting activities can be used to bring people from a community closer together. Three trainers were made available for this event, so that the participants would get the best possible experience physically and so that they could have the best access possible to correct information and good sports/nutrition practices. b) Sports Awareness Day in Poiana Țapului A group of young participants have taken part in sporting activities meant to teach them about sporting conduct, fairplay, and safe physical activities. The day culminated with a football match.
Textul scris în caseta de text poate fi poziționat cu cursorul și poate apărea la stânga,
aliniat la mijloc sau la dreapta în desen. Dimensiunea și culoarea textului pot fi selectate dintr-o variantă fixă
lista de alegeri. Există două caractere speciale care pot fi folosite pentru sub- și superscript
următorul personaj:

„^” pentru a comuta în sus (de exemplu, N^+)

„_” pentru a comuta în jos (de ex. CH_3)

Caracterul de control „|” este folosit pentru a italiciza următorul caracter, ca în |t-Bu.

Un tip de font aldine, folosit de obicei pentru numerotarea compușilor, poate fi selectat precedând
caracterul cu „#”.

Caracterul special „@” trece în modul simbol, care utilizează simbolul standard X11
font. Toate cheile alfabetice produc caracterele grecești corespunzătoare în acest mod și
mai multe alte simboluri sunt disponibile dacă echivalentele lor standard Latin1 sunt deja
mapat pe tastatură:

yen -> infinit

cratima -> în sus

macron -> jos

Simbolurile „plus minus” și „înregistrat” (marcă comercială) sunt deja în fontul standard,
deși în mod normal nu sunt disponibile pe tastatură. Utilizați următoarele comenzi (sau
adăugați declarațiile la dvs .xmodmaprc ) pentru a le pune la dispoziție prin +
( + ):

xmodmap -e 'keysym r = r R înregistrat' \
-e 'keysym o = o O yen' \
-e 'keysym p = p P plusminus' \
-e „keysym u = u U cratima” \
-e 'keysym d = d D macron'

(aceasta duce la AltGr-P = plusminus, AltGr-R = înregistrat în modul normal și AltGr-O =
infinit, AltGr-U = în sus, AltGr-D = în jos în fontul simbol).

Pentru diagramele „puncte și cruci”, pot fi următoarele mapări la fontul simbolului
util: acut -> cruce (de ex. keysym x = x X acute) punct de mijloc -> punct umplut (ex. keysym
d = d D centrat în perioada) (folosind semnul gradului pentru punctul deschis).

Versiunile încercuite ale semnelor plus și minus pentru a indica sarcina ionică sunt disponibile ca @+
și @- .

Când doriți să utilizați simboluri ca subscriptii sau superscripturi, plasați subscriptiile sau superscriptele
caracterul înainte de caracterul „@”, de exemplu K_@a .

În modul text, butonul din dreapta al mouse-ului șterge eticheta din poziția cursorului. Schimbarea
dimensiunea, fontul sau culoarea unei etichete se poate face făcând clic stânga pe ea după alegerea
combinația dorită de setări. Când caseta de introducere a textului de deasupra zonei de desen este goală,
doar setările sunt actualizate fără a modifica conținutul etichetei, în caz contrar,
textul etichetei este de asemenea înlocuit. Dacă doriți să copiați textul unei etichete existente în
caseta de introducere a textului, faceți clic pe ea cu butonul din mijloc al mouse-ului.

etichetarea comenzi rapide
În toate modurile de desenare a legăturilor, sunt disponibile mai multe comenzi rapide de la tastatură pentru a adăuga simboluri atomice
fără a fi nevoie să părăsească modul de desen. Eticheta este plasată în poziția curentă a desenului
(punctul final al ultimei linii desenate sau locul pe care sa făcut clic ultima dată).

Tastele „c”, „h”, „n”, „o”, „s”, „p” și „r” introduc litera majusculă corespunzătoare, „l”
(L minuscul) inserează „Cl”, în timp ce „1”, „2”, „3” inserează CH,CH_2 și, respectiv, CH_3. The
tasta asterisc (*) inserează un cerc umplut.

Apăsarea barei de spațiu o dată vă permite să introduceți etichete arbitrare, care vor fi plasate la
poziţia curentă când apăsaţi tasta Întoarcere.

Desen electron perechi
Tastele tastaturii numerice pot fi folosite pentru a desena linii scurte de „pereche de electroni” lângă un
simbol element - dacă ne imaginăm că simbolul elementului se află pe tasta centrală „5”,
fiecare cheie atrage perechea de electroni potrivită pentru poziția sa. Când este utilizat împreună cu
Tasta Shift, sunt desenate două puncte în loc de o linie - pur și simplu ștergeți unul dintre puncte din nou dacă
ai nevoie de un număr impar de electroni.

Numerotare atomi
Pentru numerotarea rapidă a atomilor dintr-o moleculă, comutați la unul dintre modurile text, țineți apăsat
tasta Control și alegeți fiecare atom succesiv cu butonul stâng al mouse-ului. Numerotare
începe la 1, iar secvența poate fi resetată în orice moment făcând clic pe butonul din dreapta al mouse-ului.
Dacă trebuie să utilizați propria schemă de numerotare, fă clic pe butonul din mijloc (în timp ce încă
ținând apăsată tasta Control) îl face să preia orice număr se află în câmpul de introducere a textului.

Centrator
Dacă nu există suficient spațiu pentru molecula ta, o poți pune în mijlocul foii
cu butonul central.

Exportarea la străin formate:
Vă puteți exporta moleculele ca bitmap X, imagine PNG sau EMF, încapsulată
fișier postscript, un fișier de intrare pentru Brian Smith' xfig(1) program, un MDL ver. 2000 molfile
pentru schimbul de date cu pachete comerciale, un fișier SVG pentru pagini web XHTML sau în
Format PicTeX pentru includerea directă în documentele LaTeX. PicTeX, PNG, EMF și
Funcțiile de ieșire Postscript se bazează pe fig2dev81) programul din transfig(1) pachet
și sunt disponibile numai când acest program a fost detectat la pornire. Dacă fig2sxd(1)
programul este instalat, este disponibilă o opțiune suplimentară de export pentru formatul OpenOffice SXD.
De asemenea, dacă este instalat programul (deschis)babel, se oferă un meniu suplimentar Export
accesul la toate tipurile de fișiere acceptate de acest instrument devine disponibil.

Puteți crea ieșiri în diferite dimensiuni, în funcție de scara actuală de zoom.
Fișierele Postscript și PicTeX pot fi create, de asemenea, la scări arbitrare selectabile pe
meniul de export fișier.

O opțiune din meniul de configurare poate fi setată să apeleze fig2dev în limba internațională
modul, care va reda automat orice text scris cu fontul alternativ (Times) folosind
fontul postscript adecvat pentru localitatea curentă (în prezent croată, chirilică,
cehă, maghiară, japoneză, coreeană, poloneză). Vezi fig2dev documentatie pentru detalii.

Pentru a include fișierul PicTeX în documentul dvs. LaTeX, veți avea nevoie de pachetul macro pictex.
În funcție de versiunile pe care le utilizați, este posibil să fie necesar să încărcați pachetul „culoare” în fișierul
preambulul fișierului tău LaTeX. Dacă întâmpinați mesaje de eroare „capacitate TeX depășită”,
măriți parametrul extra_mem_bot din dvs texmf.cnf fișier (de obicei în
/usr/share/texmf/web2c, /usr/local/texmf or /etc/texmf). Pictex este cunoscut pentru neobișnuit
(după standardele tex) cerințele de memorie, iar setările standard nu țin cont de acest lucru
(deși este posibil să găsiți un comentariu la „schimbați acest lucru dacă utilizați pictex” în texmf.cnf
fişier). Ceva de genul extra_mem_bot=400000 nu ar trebui să rănească pe niciun modern moderat
sistemului.

tipărire desene
Începând cu versiunea 1.5, imprimarea directă a diagramelor către un dispozitiv de imprimare compatibil Postscript (sau
mai obișnuit, este posibilă o coadă de imprimare care rulează ghostscript). Dimensiunea hârtiei,
mărire, numele imprimantei și comanda de imprimare de utilizat (în prezent fie lp(1), lpr(1)
or kprinter(1)) poate fi stocat în Dialogul de configurare.

selectarea toate or piese of a desen pentru transformari:
Folosind butonul „Marcați”, puteți selecta cu ușurință părți din desenul curent prin anexare
ele cu un dreptunghi „bandă de cauciuc”.

Dacă trebuie să adăugați atomi în afara zonei dreptunghiulare la selecția dvs., pur și simplu desenați
încă o bandă de cauciuc în jurul lor în timp ce țineți apăsată tasta Ctrl.

Părțile selectate vor apărea evidențiate în albastru și sunt disponibile imediat pentru

în mişcare pur și simplu trageți fragmentul în poziția dorită cu mouse-ul în timp ce țineți apăsat
jos butonul stâng al mouse-ului. (Dacă trebuie doar să mutați atomi individuali sau
obligațiuni, puteți pur și simplu să le alegeți și să le trageți în modul „Mutare” fără a fi nevoie să marcați
ei mai întâi).

rotaţie mișcarea orizontală a mouse-ului se traduce printr-o rotație lină în jurul acestuia
punct de pivotare selectat la apăsarea butonului mouse-ului

răsturnând (oglindirea) fragmentul despre un plan oglindă orizontal sau vertical prin
centrul acestuia: aceasta se realizează făcând clic pe butonul de meniu corespunzător

copiere făcând clic pe butonul de meniu „Copiere” se creează o copie exactă a celei selectate
fragment ușor decalat față de original. Marcajul este automat
transferat în noua copie.

redimensionarea mișcarea orizontală a mouse-ului se traduce printr-o creștere sau scădere lină a
dimensiunea fragmentului marcat

ştergerea pentru a șterge fragmentul marcat, faceți clic pe al treilea (de obicei din dreapta)
butonul mouse-ului după ce este evidențiat.

încadrare alegând una dintre pictogramele din lista derulantă a stilurilor de cadru și paranteză
desenează obiectul corespunzător, de exemplu o pereche de paranteze rotunde, în jurul lui
fragment evidențiat.

optimizarea făcând clic pe simbolul „găleată și mătură” invocă o funcție care elimină
se suprapune (dublează) legături și etichete din desen și se îndreaptă
linii care sunt aproape orizontale sau verticale.

Adăugare în prealabil salvate cifre:
Pentru a adăuga o altă moleculă dintr-un desen chemtool salvat anterior, selectați-o în fișier
fereastra de selecție care apare când apăsați butonul „Adăugați”. Un singur clic pe oricare
nume de fișier din listă afișează o mică previzualizare a moleculei pentru a ajuta la selecție. The
molecula nou adăugată este activată automat astfel încât să poată fi repoziționată ca
dorit.

Dacă doriți să o adăugați într-o poziție predefinită pe altă moleculă, puteți marca asta
site-ul de atașare făcând clic stânga pe el în loc să trageți dreptunghiul marcatorului. O mică
va apărea un punct verde în ceea ce este acum poziția de referință pentru noua piesă. Daca salvezi
molecule cu un astfel de set de markeri, acesta va defini, la rândul său, locul lor de atașare atunci când acestea
sunt adăugate la un alt desen.

Adăugare unu of il predefinite șabloane:
Selectarea „Șabloane” din meniul „Instrumente” deschide o a doua fereastră cu o mică colecție
a structurilor predefinite. Pur și simplu faceți clic pe imaginea moleculei dorite pentru a o adăuga
desenul tău. Fereastra Șablon poate fi menținută deschisă pe parcursul unei sesiuni chemtool - dacă este
este ascuns de o altă fereastră, o puteți muta în față selectând meniul „Șablon”.
din nou în chemtool.

Datele din sistemul șablon diferă de desenele chimice normale doar prin faptul că
sunt stocate în program și într-un format ușor incomode (coordonatele x și y
enumerate separat în șabloanele fișierului sursă.h). Acestea sunt menite să ofere a
set de bază convenabil disponibil pentru toți utilizatorii, dar nu extensibil individual (puteți utiliza
funcția „Adăugați” pentru propriile structuri). Vă rugăm să ne spuneți dacă doriți ceva specific
molecule adăugate la șabloane - numele lor sau, în mod ideal, un fișier de desen chimic obișnuit
este tot ce avem nevoie. (trimite e-mail la [e-mail protejat])

Importarea străin fişier formate:
Chemtool oferă funcții pentru importarea fișierelor atât în ​​formatul PDB utilizat de Protein
Baza de date (și de către majoritatea pachetelor de modelare moleculară) și formatul proprietar MDL molfile
utilizat de ISISdraw și înțeles de alte pachete de desene de structură și baze de date
frontend-uri.

Deoarece ambele sunt formate de fișiere 3D, în timp ce chemtool se ocupă doar de proiecțiile 2D importate
moleculele sunt citite într-un depozit temporar și sunt afișate cu albastru pe pânză.
Această reprezentare 3D poate fi apoi rotită folosind mouse-ul. Numai după apăsarea butonului Return
tasta de pe tastatură este convertită în proiecția finală 2D care poate fi editată. In timp ce
un astfel de import 3d este în curs, toate funcțiile normale de desen și editare sunt dezactivate.

Cu importul MDL molfile, etichetele atomilor de carbon sunt eliminate automat. Pentru PDB
import, cantitatea de etichetare poate fi aleasă în dialogul de selecție a fișierelor, care oferă
reținerea fie a tuturor etichetelor, numai a celor ale atomilor non-hidrogen, fie numai a celor nenumerice
parte a etichetelor.

Dacă programul babel este instalat - fie versiunea originală scrisă de Pat Walters, fie
efortul mai recent OpenBabel - chemtool va oferi automat o opțiune de meniu pentru
importul din oricare dintre formatele de fișiere acceptate.

Determinarea sumă formulă și molecular Greutate:
Distribuția conține un program de ajutor, cht'i(1), de Radek Liboska (Praga) pentru a calcula
formula suma și greutatea moleculară (exactă) dintr-un fișier de desen chimic. Este, de asemenea
disponibile din chemtool pentru a calcula aceste date pentru structura curentă sau a
fragment marcat din acesta. cht'i poate fi indus în eroare de legături duplicate (chemtool nu se îndepărtează
legături suprapuse, cum ar putea rezulta din sistemele inelare de fuziune, automat) și
de simbolul „inel aromatic”, așa că ar trebui să le evitați și să verificați plauzibilitatea
formula de sumă generată acolo unde este posibil.

Desen funcții nu disponibil în Chemtool:
Pentru funcțiile care nu sunt acceptate în prezent de chemtool, cum ar fi funcțiile generale de desenare a liniilor,
obținerea pachetului de desen XFig al lui Brian Smith xfig este foarte recomandat. Despre singurul
Lucrul pe care nu îl oferă este suport pentru tipurile de linii „chimice” și unghiurile de desen – ceea ce este
de ce chemtool a fost scris ca un fel de program însoțitor. (Probabil vor fi mai multe
cele mai necesare opțiuni de desen adăugate la chemtool de-a lungul timpului, dar dublând
caracteristici de uz mai general ale xfig pare destul de inutil.)

Utilizați chemtool online folosind serviciile onworks.net