Aceasta este comanda delta-filter care poate fi rulată în furnizorul de găzduire gratuit OnWorks folosind una dintre multiplele noastre stații de lucru online gratuite, cum ar fi Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows sau emulator online MAC OS
PROGRAM:
NUME
delta-filter - citește un fișier de aliniere delta de la nucmer sau promer și filtrează
aliniamente
REZUMAT
filtru delta [Opțiuni]
DESCRIERE
-1 Alinierea 1 la 1 permițând rearanjamente (intersecția -r și -q aliniamente)
-g Alinierea globală 1-la-1 nu permite rearanjamente
-h Afișează informații de ajutor
-i pluti
Setați identitatea minimă de aliniere [0, 100], implicit 0
-l int Setați lungimea minimă de aliniere, implicit 0
-m Alinierea multi-la-mulți care permite rearanjamente (uniunea de -r și -q aliniamente)
-q Mapează fiecare poziție a fiecărei interogări la cea mai bună atingere din referință, permițând
suprapuneri de referință
-r Mapează fiecare poziție a fiecărei referințe la cea mai bună atingere din interogare, permițând
se suprapune interogări
-u float Setează unicitatea minimă de aliniere, adică procente din
alinierea se potrivește cu referința unică ȘI secvența de interogare [0, 100], implicit 0
-o pluti
Setați suprapunerea maximă de aliniere pentru -r și -q opțiuni ca procent din
lungime de aliniere [0, 100], implicit 100
-v Imprimați aliniamentele aruncate în loc de cele care trec filtre
-b Duplicări de hărți (XOR de -r și -q aliniamente, una sau alta, dar nu ambele)
Citește un fișier de aliniere delta de la nucmer sau promer și filtrează aliniamentele pe baza
pe comutatoarele din linia de comandă, lăsând doar aliniamentele dorite la care sunt trimise
stdout în același format delta ca și intrarea. Pentru mai multe comutatoare, ordinea operațiilor
este după cum urmează: -i -l -u -q -r -g -m -1 -b. Dacă un aliniament este exclus de un precedent
operațiunea, va fi ignorată de operațiunile ulterioare.
O distincție importantă între -g și opțiunea -1 și -m opțiuni este asta -g
cere ca aliniamentele să fie reciproc consistente în ordinea lor, în timp ce -1 și -m
opțiunile nu trebuie să fie coerente reciproc și, prin urmare, să tolereze translocări,
inversiuni etc. În cazuri generale, cel -m opțiunea este totuși cea mai bună alegere -1 poate fi
util pentru aplicații precum găsirea SNP care necesită o mapare 1-la-1. În fine, pentru
cartografierea contigs de interogare, sau secvențierea citirilor, la un genom de referință, folosiți -q.
duplicate tipărite cu -b opțiunea sunt -r și -q aliniamente care nu sunt prezente în
alinierea 1-la-1. Aceste aliniamente sunt, de asemenea, diferența dintre -1 și -m
aliniamente
Utilizați filtrul delta online folosind serviciile onworks.net
