Acesta este comanda digeste care poate fi rulată în furnizorul de găzduire gratuit OnWorks folosind una dintre multiplele noastre stații de lucru online gratuite, cum ar fi Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows sau emulator online MAC OS
PROGRAM:
NUME
digest - Rapoarte despre enzimele proteolitice proteice sau locurile de scindare ale reactivilor
REZUMAT
digera -seqall seqall -mwdata fișier de date -meniul listă -mono boolean -defavorizată boolean
- zdrențuire boolean -termini listă -suprapune boolean -toate parțiale boolean
-outfile raportează
digera -Ajutor
DESCRIERE
digera este un program de linie de comandă de la EMBOSS („The European Molecular Biology Open
Suita de software”). Face parte din grupul (grupurile) de comandă „Proteine: Motive”.
OPŢIUNI
Intrare secțiune
-seqall seqall
-mwdata fișier de date
Date de greutate moleculară pentru aminoacizi Valoare implicită: Emolwt.dat
Necesar secțiune
-meniul listă
Valoare implicită: 1
-mono boolean
Valoarea implicită: N
Avansat secțiune
-defavorizată boolean
În mod normal, tripsina nu se va tăia după „KR” dacă sunt urmate de oricare dintre „KRIFLP”.
Lys-C nu se va tăia în mod normal după „K” dacă este urmat de „P”. Arg-C nu va
în mod normal, tăiați după „R” dacă este urmat de „P”. V8-bicarb nu se va tăia în mod normal după
„E” dacă este urmat de oricare dintre „KREP”. V8-phosph nu se va tăia în mod normal după „DE” dacă
sunt urmate de „P”. În mod normal, chimotripsina nu se va tăia după „FYWLM” dacă sunt
urmat de „P”. Specificarea nefavorizate arată aceste tăieri nefavorizate, precum și
cele favorizate.
- zdrențuire boolean
Permite digestia semispecifica si nespecifica. Această opțiune este deosebit de utilă
pentru generarea de liste de secvențe de peptide pentru identificarea proteinelor folosind
spectrometrie de masa.
-termini listă
Valoare implicită: 1
producție secțiune
-suprapune boolean
Folosit pentru digestia parțială. Afișează toate tăieturile de la locurile de tăiere preferate plus 1..3, 2..4,
3..5 etc dar nu (ex.) 2..5. Suprapunerile sunt deci fragmente cu exact unul
site potențial tăiat în interiorul acestuia.
-toate parțiale boolean
În ceea ce privește suprapunerea, dar sunt incluse fragmente care conțin mai mult de un loc potențial de tăiere.
-outfile raportează
Utilizați digeste online folosind serviciile onworks.net
