dsimulator - Online în cloud

PROGRAM:

NUME

dsimulator - generează citiri sintetice pentru un genom aleatoriu

REZUMAT

simulator genlen:dublu [-cdublu (20.)] [-bdublu (.5)] [-rint] [-mint(10000)]
[-sint(2000)][-xint(4000)] [-edublu (.15)][-Mfişier]

DESCRIERE

simulator mai întâi generează un genom fals de dimensiune genlen*1 Mb lungime, care are un AT-bias de
-b. Apoi generează citiri de probă de lungime medie -m de la o lungime log-normală
distribuție cu abatere standard -s, dar ignoră citirile de lungime mai mică decât -x. Ea
colectează suficiente citiri pentru a acoperi genomul -c ori si introduce -e erori de fracție în
fiecare citește unde raportul dintre inserții, ștergeri și substituții este stabilit de definit
constantele INS_RATE (implicit 73%) și DEL_RATE (implicit 20%) în cadrul generate.c. Se poate
controlați, de asemenea, rata la care citirile sunt selectate din firele înainte și invers
stabilirea constantei definite FLIP_RATE (implicit 50/50). The -r opțiunea semințele aleatoare
generator de numere pentru generarea genomului astfel încât să se poată genera reproductibil
același genom subiacent din care să probeze. Dacă acest parametru lipsește, atunci ID-ul jobului
de invocare semințele generatorul de numere aleatoare. Ieșirea este trimisă la standard
ieșire (adică este o conductă UNIX). Ieșirea este în format Pacbio .fasta potrivit ca intrare
la fasta2DB(1). În cele din urmă, cel -M opțiunea solicită ca coordonatele din care fiecare citește
a fost eșantionat sunt scrise în fișierul indicat, o linie per citire, codificat ASCII.
Acest fișier „hartă” îi spune în esență unui loc unde aparține fiecare citire într-un ansamblu și este foarte
util pentru depanare și testare. Dacă o pereche citită este să spunem b,e atunci dacă b < e the
citit a fost eșantionat din [b,e] în direcția înainte, iar dacă b > e din [e,b] în direcția
direcție inversă.

Utilizați dsimulatorul online folosind serviciile onworks.net