ecoPCR - Online în cloud

PROGRAM:

NUME

ecoPCR - căutarea hibridării secvenței și taxonomiei cu primeri dați

REZUMAT

ecoPCR [Opțiuni] <nucleotidic modele>

DESCRIERE

ecoPCR este un software PCR electronic dezvoltat de LECA și Helix-Project. Ajută să
estimați calitatea amorselor de coduri de bare.

OPŢIUNI

-a : Concentrația de sare în M pentru calculul Tm (implicit 0.05 M)

-c : Luați în considerare că secvențele bazei de date sunt [c]irculare

-d : [D]database : pentru a se potrivi cu formatul așteptat, baza de date
trebuie format mai întâi de către ecoPCRFformat(1) program. ecoPCRFformat(1) creează
trei tipuri de fișiere:

.sdx : conține secvențele

.tdx : conține informații referitoare la taxonomie

.rdx : conține rangul taxonomiei

ecoPCR are nevoie de toate tipurile de fișiere. Ca rezultat, trebuie să scrieți radicalul bazei de date
fără nicio prelungire. De exemplu /ecoPCRDB/gbmam

-D : Păstrează numărul specificat de nucleotide pe fiecare parte a in silico
secvențe amplificate (inclusiv fragmentul de ADN amplificat plus cele două ținte
secvențe ale primerilor).

-e : [E]roare : erori maxime permise de oligonucleotidă (0 în mod implicit)

-h : [A]jutor - imprimare Ajutor

-i : [I] ignor id-ul taxonomiei dat.
Codul taxonomiei este disponibil folosind programul ecofind. vezi ajutorul lui la tastarea ecofind
-h pentru mai multe informatii.

-k : [K]ingdom mode : setați modul regdom
modul super regat în mod implicit.

-l : minimum [L]ength : definiți lungimea minimă de amplificare.

-L : lungime maximă [L] : definiți lungimea maximă de amplificare.

-m : Metoda de corectare a sării pentru calculul Tm (SANTALUCIA : 1
sau OWCZARZY:2, implicit=1)

-r : [R]restrânge căutarea la id-ul taxonom dat.
Codul taxonomiei este disponibil folosind programul ecofind. vezi ajutorul lui la tastarea ecofind
-h pentru mai multe informatii.

primul argument: oligonucleotidă pentru catenă directă

al doilea argument: oligonucleotidă pentru catena inversă

Descrierea rezultatului tabelului:

coloana 1 : numărul de acces

coloana 2: lungimea secvenței

coloana 3 : id taxonomic

coloana 4 : rang

coloana 5 : specie taxonomică id

coloana 6 : denumire științifică

coloana 7 : id taxonomic al genului

coloana 8: numele genului

coloana 9 : id taxonomic de familie

coloana 10 : numele de familie

coloana 11: id-ul taxonomic al super-regatului

coloana 12: numele super-regatului

coloana 13: fir (direct sau invers)

coloana 14: prima oligonucleotidă

coloana 15: numărul de erori pentru prima componentă

coloana 16: Tm pentru hibridizarea primerului 1 la acest loc

coloana 17: a doua oligonucleotidă

coloana 18: numărul de erori pentru a doua componentă

coloana 19: Tm pentru hibridizarea primerului 1 la acest loc

coloana 20 : lungimea de amplificare

coloana 21: secvență

coloana 22 : definiție

Utilizați ecoPCR online folosind serviciile onworks.net