Aceasta este comanda faidx care poate fi rulată în furnizorul de găzduire gratuit OnWorks folosind una dintre multiplele noastre stații de lucru online gratuite, cum ar fi Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows sau emulator online MAC OS
PROGRAM:
NUME
faidx - Preluare secvențe din FASTA
REZUMAT
faidx [-h] [-b BED] [-o OUT] [-i {pat,cromsize,nucleotide,transpus}] [-c] [-r] [-n |
-f] [-x] [-l] [-s DEFAULT_SEQ] [-d DELIMITER] [-g REGEX] [-m | -M] [--version] fasta
[regiuni [regiuni ...]]
DESCRIERE
Preluați secvențe din FASTA. Dacă nu sunt specificate regiuni, toate intrările din fișierul de intrare sunt
întors. Fișierul FASTA de intrare trebuie să fie încadrat în mod constant pe linie, iar ieșirea trebuie să fie încadrată în linie
se bazează pe lungimile liniilor de intrare.
OPŢIUNI
Pozițional argumente
Fasta fișier FASTA
regiuni
regiunile de secvență separate prin spațiu pentru a obține, de exemplu, chr1:1-1000
Opțional argumente
-h, --Ajutor
afișați acest mesaj de ajutor și ieșiți
-b PAT, --pat Bed
dosar de pat de regiuni
-o Afară, --afara OUT
numele fișierului de ieșire (implicit: stdout)
-i {pat,dimensiuni,nucleotide,transpuse}, --transforma
{pat,dimensiuni cromatice,nucleotide,transpuse}
transforma regiunile solicitate intr-un alt format. implicit: niciunul
-c, --completa
completează succesiunea. implicit: fals
-r, --verso
inversează secvența. implicit: fals
-n, --fără-nume
omite numele secvenței din ieșire. implicit: fals
-f, --nume complete
ieșiți numele complete, inclusiv descrierea. implicit: fals
-x, --split-files
scrieți fiecare regiune într-un fișier separat (numele sunt derivate din regiuni)
-l, --leneş
a umple --default-seq pentru intervalele lipsă. implicit: fals
-s DEFAULT_SEQ, --default-seq DEFAULT_SEQ
bază implicită pentru pozițiile lipsă și mascare. implicit: N
-d DELIMITER, --delimitator DELIMITER
delimitator pentru împărțirea numelor în mai multe valori (numele duplicat vor fi
aruncat). implicit: niciunul
-g REGEX, --regex REGEX
expresie regulată pentru filtrarea numelor de secvențe care nu se potrivesc. Mod implicit: .*
-m, --mask-with-default-seq
masca fișierul FASTA folosind --default-seq implicit: fals
-M, --mască după caz
mascați fișierul FASTA prin schimbarea la litere mici. implicit: fals
--versiune
tipăriți numărul versiunii pyfaidx
Utilizați faidx online folosind serviciile onworks.net
