featureCounts - Online în cloud

PROGRAM:

NUME

featureCounts - un program de rezumat de citire extrem de eficient și precis

UTILIZARE

featureCounts [Opțiuni] -a -o fișier_intrare1 [fișier_intrare2]
...

Argumente necesare:

-a
Numele unui fișier de adnotare. Format GTF implicit. Vedea -F opțiune pentru mai multe formate.

-o
Numele fișierului de ieșire, inclusiv numărul de citiri. Un fișier separat, inclusiv rezumatul
statisticile rezultatelor numărării este de asemenea inclusă în rezultatul (` .rezumat')

fisiere_intrare
Lista fișierelor de intrare în format BAM sau SAM. Utilizatorii nu trebuie să specifice că este BAM sau
SAT.

Argumente opționale:

-A
Numele unui fișier delimitat prin virgulă, inclusiv numele alias-ului cromozomilor folosite pentru a se potrivi
numele cromozomilor utilizate în adnotare cu cele utilizate în intrarea BAM/SAM, dacă sunt
diferit. Consultați Ghidul utilizatorului pentru formatul fișierului.

-F
Specificați formatul fișierului de adnotare furnizat. Formatele acceptabile includ „GTF” și
„SAF”. `GTF' implicit. Consultați Ghidul utilizatorului pentru descrierea formatului SAF.

-t
Specificați tipul de caracteristică în adnotarea GTF. `exon' implicit. Caracteristici utilizate pentru citire
numărarea va fi extrasă din adnotare folosind valoarea furnizată.

-g
Specificați tipul de atribut în adnotarea GTF. `gene_id' implicit. Meta-funcții utilizate
pentru contorizarea citirilor va fi extras din adnotare folosind valoarea furnizată.

-f Efectuați contorizarea citirilor la nivel de caracteristică (de exemplu, numărarea citirilor pentru exoni, mai degrabă decât
gene).

-O Atribuiți citiri tuturor meta-funcțiilor lor suprapuse (sau caracteristici dacă -f is
specificat).

-s
Efectuați contorizarea citirilor specifice firelor. Valori posibile: 0 (necatenat), 1
(concatenat) și 2 (catenat invers). 0 implicit.

-M Citirile multi-mapping vor fi, de asemenea, numărate. Pentru o citire multimapping, toate sunt raportate
aliniamentele vor fi numărate. Eticheta „NH” din intrarea BAM/SAM este folosită pentru a detecta
citiri multi-mapping.

-Q
Scorul minim de calitate a cartografierii pe care trebuie să-l îndeplinească o citire pentru a fi numărată. Pentru
citirile cu capete perechi, cel puțin un capăt ar trebui să îndeplinească acest criteriu. 0 implicit.

-T
Numărul de fire. 1 implicit.

-v Versiunea de ieșire a programului.

-J Numărați numărul de citiri care acceptă fiecare joncțiune exon-exon. Intersecțiile erau
identificate din acele citiri care se extind pe exoni din intrare (conținând „N” în CIGAR
şir). Rezultatele numărării sunt salvate într-un fișier numit „ .jcounts'

-G
Fișierul Fasta care conține genomul de referință utilizat la generarea SAM de intrare sau
Fișiere BAM. Acest argument este necesar numai atunci când se face numărarea joncțiunilor.

-R Rezultatul detaliat al atribuirii pentru fiecare citire. Un fișier text va fi generat pentru
fiecare fișier de intrare, inclusiv numele citirilor și meta-funcții/funcții au fost citite
atribuit. Consultați Ghidul utilizatorului pentru mai multe detalii.

--mai mare Suprapunere
Atribuiți citiri unei meta-funcție/funcție care are cel mai mare număr de suprapuneri
baze.

--minSuprapunere
Specificați numărul minim de baze suprapuse necesare între o citire și a
meta-funcție/funcție căreia îi este atribuită citirea. 1 implicit.

--read2pos <5: 3>
Reduceți citirile la 5 pi de bază sau la 3 pi de bază. Se efectuează apoi numărarea citirii
pe baza singurei baze la care se reduce citirea.

--readExtension5 Citirile sunt extinse în amonte cu bazele din lor
5' capăt.

--readExtension3 Citirile sunt extinse în amonte cu bazele din lor
3' capăt.

--fracțiune
Utilizați un număr fracționar 1/n, în loc de 1 (un) număr, pentru fiecare aliniere raportată
a unei citiri multi-mapping în contorizarea citirilor. n este numărul total de aliniamente raportate
pentru citirea multi-mapping. Această opțiune trebuie utilizată împreună cu opțiunea „-M”.

--primar
Numărați numai aliniamentele primare. Aliniamentele primare sunt identificate folosind bit 0x100 in
Câmpul SAM/BAM FLAG.

--ignoreDup
Ignorați citirile duplicate în contorizarea citirilor. Citirile duplicate sunt identificate folosind bit
Ox400 în câmpul BAM/SAM FLAG. Întreaga pereche de citire este ignorată dacă una dintre citiri este
o citire duplicat pentru datele finale asociate.

--countSplitAlignmentsOnly Numărați numai aliniamentele divizate (adică aliniamentele cu
șir de trabuc care conține `N'). Un exemplu de alinieri divizate este citirile care se extind pe exon
în datele ARN-seq.

-p Numărați fragmentele (perechi de citire) în loc de citiri individuale. Pentru fiecare pereche citită, este
două citiri trebuie să fie adiacente una cu cealaltă în intrarea BAM/SAM.

-P Verificați validitatea distanței de la capătul perechi atunci când numărați perechile citite. Utilizare -d și -D la
stabiliți praguri.

-d
Lungimea minimă a fragmentului/șablonului, 50 în mod implicit.

-D
Lungimea maximă a fragmentului/șablonului, 600 în mod implicit.

-B Numărați perechile citite care au doar ambele capete aliniate cu succes.

-S
Specificați orientarea a două citiri din aceeași pereche, „fr” în mod implicit
(inainte invers).

-C Nu numărați perechile citite care au cele două capete ale acestora mapate la cromozomi diferiți
sau cartografierea la același cromozom, dar pe catene diferite.

--donotsort
Nu sortați citirile în intrarea BAM/SAM. Rețineți că sunt necesare citiri din aceeași pereche
să fie amplasate unul lângă altul în intrare.

--maxMOp
Numărul maxim de operațiuni „M” permise într-un șir CIGAR . 10 implicit. Ambii
„X” și „=” sunt tratate ca „M”, iar operațiunile „M” adiacente sunt fuzionate în trabuc
șir.

Utilizați online featureCounts folosind serviciile onworks.net