genome-music-survivalp - Online în cloud

PROGRAM:

NUME

genome music survival - Creați diagrame de supraviețuire și valori P pentru clinice și mutații
fenotipuri.

VERSIUNE

Acest document descrie versiunea de supraviețuire a muzicii genomului 0.04 (2016-01-01 la 23:10:18)

REZUMAT

supraviețuirea muzicii genomului --bam-list=? --output-dir=? [--maf-file=?] [--skip-silent]
[--genetic-data-type=?] [--numeric-clinic-data-file=?]
[--categorical-clinical-data-file=?] [--glm-clinical-data-file=?]
[--phenotypes-to-include=?] [--legend-placement=?] [--skip-non-coding]

... supraviețuirea muzicii \
--bam-list /cale/myBamList.tsv \
--maf-file /cale/myMAF.tsv \
--numeric-clinical-data-file /path/myNumericData.tsv \
--categorical-clinical-data-file /path/myClassData.tsv \
--output-dir /cale/director_ieșire

... supraviețuirea muzicii \
--bam-list /cale/myBamList.tsv \
--maf-file /cale/myMAF.tsv \
--glm-clinical-data-file /path/myGLMClinicalData.tsv \
--output-dir /cale/director_ieșire

... supraviețuirea muzicii \
--bam-list /cale/myBamList.tsv \
--maf-file /cale/myMAF.tsv \
--genetic-data-type „genă” \
--glm-clinical-data-file /path/myGlmClinicalData.tsv \
--phenotypes-to-include 'Race,Gender,TP53' \
--output-dir /cale/director_ieșire

NECESARE ARGUMENTE

bam-list Text
Lista numelor eșantioanelor care urmează să fie incluse în analiză. (Vezi descrierea)

output-dir Text
Director în care vor fi scrise fișierele de ieșire

OPTIONAL ARGUMENTE

maf-file Text
Lista mutațiilor în format MAF

sari-tacut boolean
Omite mutațiile silențioase din fișierul MAF furnizat

Valoarea implicită „adevărată” dacă nu este specificată

noskip-tăcut boolean
Faceți skip-silent „fals”

tip-date-genetice Text
Corelați datele clinice cu datele la nivel de „genă” sau „variantă”.

Valoarea implicită „genă” dacă nu este specificată

fisier-date-numerice-clinice Text
Tabel de eșantioane (y) față de categoria de date clinice numerice (x)

fişier-date-categorice-clinice Text
Tabel de mostre (y) vs. categoria de date clinice categorice (x)

glm-clinic-date-file Text
Trăsături clinice, profiluri mutaționale, alte date clinice mixte (vezi DESCRIEREA).

fenotipuri de inclus Text
Includeți numai aceste gene și/sau fenotipuri în analiză. (DELIMITAT prin virgulă)

legendă-plasare Text
Alegeți unul dintre „stânga jos”, „stânga sus”, „dreapta sus” sau „dreapta jos”.

Valoarea implicită „stânga jos” dacă nu este specificată

săriți fără codare boolean
Omiteți mutațiile necodante din fișierul MAF furnizat

Valoarea implicită „adevărată” dacă nu este specificată

noskip-non-coding boolean
Faceți săriți fără codare „fals”

DESCRIERE

Această comandă efectuează analiza de supraviețuire și trasează curbele de supraviețuire pentru datele mutaționale, cum ar fi
precum și orice trăsături clinice de interes, așa cum sunt specificate prin intrarea --phenotypes-to-include
parametru. Analizele efectuate includ estimatorul Kaplan-Meier urmat de Cox
Modelul Riscuri proporționale. Rezultatele pentru fiecare genă/trăsătură clinică analizată includ supraviețuirea
curbe, un raport de hazard (cu intervale de încredere) și valori P și FDR care descriu
semnificația diferenței dintre supraviețuitori și nesupraviețuitori.

Toate fișierele de date clinice sunt căutate pentru „vital_status” necesar (indiferent de majuscule și minuscule)
și coloanele „days_to_last_followup” care sunt asociate cu fenotipuri prin ID-uri de eșantion pentru
analiza supraviețuirii. Prima coloană a tuturor fișierelor de date clinice TREBUIE să conțină proba
ID-uri, la fel ca în alte instrumente MuSiC. În mod implicit, analiza este efectuată pe fiecare genă prezentă
în MAF. Opțional, analiza poate fi limitată doar la anumite gene prin enumerarea acestora
(delimitat prin virgulă) după parametrul de intrare --phenotypes-to-include. Analiza supraviețuirii poate
se efectuează și pe alte coloane din fișierul de date clinice prin adăugarea antetelor coloanei
la lista de intrări specificate după parametrul de intrare --phenotypes-to-include.

Iată câteva reguli generale pentru crearea fișierelor de introducere a datelor clinice:

· Anteturile sunt necesare.

· Prima coloană a fiecărui fișier de date clinice trebuie să conțină ID-uri de probă care se potrivesc cu acestea
atât în ​​lista --bam-list, cât și în lista de variante MAF (în MAF, acesta este
coloana Tumor_Sample_Barcode, în special).

· În cel puțin unul dintre fișierele de date clinice de intrare, coloane cu antetele „vital_status”
și „days_to_last_followup” (indiferent de majuscule și minuscule) trebuie să existe. „vital_status” trebuie să fie
delimitat de 1 și 0, unde 0 indică „în viață”, iar 1 desemnează „decedat”.

Rețineți că toate fișierele de intrare trebuie să fie separate prin tabulatori.

ARGUMENTE

--bam-list
Furnizați un fișier care conține numele eșantioanelor și locațiile BAM normale/tumorale pentru fiecare. Utilizare
formatul delimitat de tabulatori [nume_probă normal_bam tumor_bam] pe linie. Numai acest instrument
are nevoie de sample_name, astfel încât toate celelalte coloane pot fi sărite. Numele eșantionului trebuie să fie
la fel ca numele eșantioanelor de tumoră utilizate în fișierul MAF (coloana a 16-a, cu antetul
Tumor_Sample_Barcode).

Utilizați genome-music-survivalp online folosind serviciile onworks.net