Aceasta este comanda getorfe care poate fi rulată în furnizorul de găzduire gratuit OnWorks folosind una dintre multiplele noastre stații de lucru online gratuite, cum ar fi Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows sau emulator online MAC OS
PROGRAM:
NUME
getorf - Găsește și extrage cadre deschise de citire (ORF)
REZUMAT
getorf -secvenţă seqall [-masa listă] [-dimensiune minimă întreg] [-dimensiune maxima întreg] [-găsi listă]
-metionină boolean -circular boolean -verso boolean -flancare întreg
-outseq seqoutall
getorf -Ajutor
DESCRIERE
getorf este un program de linie de comandă de la EMBOSS („The European Molecular Biology Open
Suita de software”). Face parte din grupul (grupurile) de comandă „Nucleic:Gene finding”.
OPŢIUNI
Intrare secțiune
-secvenţă seqall
Suplimentar secțiune
-masa listă
-dimensiune minimă întreg
Valoare implicită: 30
-dimensiune maxima întreg
Valoare implicită: 1000000
-găsi listă
Acesta este un mic meniu cu posibile opțiuni de ieșire. Primele patru opțiuni sunt de selectare
fie translația proteinei, fie secvența originală de acid nucleic a deschis
cadru de lectură. Există două definiții posibile ale unui cadru de lectură deschis: poate
fie o regiune care este liberă de codoni STOP sau o regiune care începe cu un START
codon și se termină cu un codon STOP. Ultimele trei variante sunt probabil doar de interes
persoanelor care doresc să investigheze proprietăţile statistice ale regiunilor din jur
potențiali codoni START sau STOP. Ultima opțiune presupune că lungimile ORF sunt
calculat între doi codoni STOP.
Avansat secțiune
-metionină boolean
Codonii START de la începutul produselor proteice vor codifica de obicei metionină,
în ciuda a ceea ce va codifica codonul atunci când este intern unei proteine. Acest calificativ
setează toți astfel de codoni START să codifice pentru metionină în mod implicit. Valoarea implicită: Y
-circular boolean
Valoarea implicită: N
-verso boolean
Setați acest lucru să fie fals dacă nu doriți să găsiți ORF-uri în complementul invers al
secvenţă. Valoarea implicită: Y
-flancare întreg
Dacă ați ales una dintre opțiunile tipului de secvență pentru a găsi care oferă
secvență de flancare în jurul unui codon STOP sau START, aceasta vă permite să setați numărul de
nucleotidele de ambele părți ale acelui codon la ieșire. Dacă regiunea nucleotidelor de flancare
traversează începutul sau sfârșitul secvenței, nu este dată nicio ieșire pentru acest codon. Mod implicit
valoare: 100
producție secțiune
-outseq seqoutall
Utilizați getorfe online folosind serviciile onworks.net
