gmx_d - Online în cloud

PROGRAM:

NUME

gmx - suită de simulare a dinamicii moleculare

REZUMAT

gmx [-[nu]h] [-[nu]liniște] [-[nicio]versiune] [-[fără]drepturi de autor] [-Grozav ]
[-[fără]backup]

DESCRIERE

GROMACS este o suită completă de programe pentru a efectua simulări de dinamică moleculară,
adică, pentru a simula comportamentul sistemelor cu sute până la milioane de particule care utilizează
Ecuații newtoniene ale mișcării. Este folosit în principal pentru cercetarea proteinelor, lipidelor și
polimeri, dar poate fi aplicat la o mare varietate de cercetări chimice și biologice
întrebări.

OPŢIUNI

Alte opțiuni:

-[nu]h (Nu)
Imprimați ajutorul și ieșiți

-[nu]liniște (Nu)
Nu tipăriți informații de pornire comune sau citate

-[nicio]versiune (Nu)
Imprimați informații despre versiunea extinsă și închideți

-[fără]drepturi de autor (da)
Tipăriți informații despre drepturile de autor la pornire

-Grozav (19)
Setați nivelul de calitate (implicit depinde de comandă)

-[fără]backup (da)
Scrieți copii de siguranță dacă există fișiere de ieșire

GMX COMANDE

Următoarele comenzi sunt disponibile. Vă rugăm să consultați paginile lor individuale de manual sau GMX
ajutor pentru mai multe detalii.

traiectorie analiză
gmx-gangle(1)
Calculați unghiurile

gmx-distanță(1)
Calculați distanțele dintre perechile de poziții

volum fără gmx(1)
Calculați volumul liber

gmx-pairdist(1)
Calculați distanțele pe perechi între grupuri de poziții

gmx-rdf(1)
Calculați funcțiile de distribuție radială

gmx-sasa(1)
Calculați suprafața accesibilă a solvenților

gmx-select(1)
Tipăriți informații generale despre selecții

Generator topologii și coordonatele
gmx-editconf(1)
Editați caseta și scrieți subgrupuri

gmx-x2top(1)
Generați o topologie primitivă din coordonate

gmx-solvat(1)
Solvați un sistem

gmx-insert-molecule(1)
Introduceți molecule în locurile libere existente

gmx-genconf(1)
Înmulțiți o conformație în orientări „aleatoare”.

gmx-genion(1)
Generați ioni monoatomici pe poziții favorabile energetic

gmx-genrestr(1)
Generați restricții de poziție sau restricții de distanță pentru grupurile de index

gmx-pdb2gmx(1)
Convertiți fișierele de coordonate în fișiere de topologie și de coordonate compatibile cu FF

Alergare a simulare
gmx-gromp(1)
Creați un fișier de intrare de rulare

gmx-mdrun(1)
Efectuați o simulare, faceți o analiză în modul normal sau o minimizare a energiei

gmx-convert-tpr(1)
Creați un fișier de intrare run-input modificat

Se afișează traiectorii
gmx-nmtraj(1)
Generați o traiectorie oscilantă virtuală dintr-un vector propriu

gmx-view(1)
Vizualizați o traiectorie pe un terminal X-Windows

Prelucrare energii
gmx-clismă(1)
Extrageți o matrice energetică dintr-un fișier energetic

gmx-energie(1)
Scrie energii în fișiere xvg și afișează medii

gmx-mdrun(1)
(Re)calculați energiile pentru cadrele de traiectorie cu -rerun

Conversia fișiere
gmx-editconf(1)
Convertiți și manipulează fișierele de structură

gmx-eneconv(1)
Convertiți fișiere de energie

gmx-sigeps(1)
Convertiți combinațiile c6/12 sau c6/cn la și de la sigma/epsilon

gmx-trjcat(1)
Concatenează fișierele de traiectorie

gmx-trjconv(1)
Convertiți și manipulează fișierele de traiectorie

gmx-xpm2ps(1)
Convertiți matrice XPM (XPixelMap) în postscript sau XPM

Instrumente
gmx-analiza(1)
Analizați seturile de date

gmx-dyndom(1)
Interpolează și extrapolează rotațiile structurii

gmx-filtru(1)
Traiectorii de filtru de frecvență, utile pentru realizarea de filme fluide

gmx-minciună(1)
Estimați energia liberă din combinații liniare

gmx-morph(1)
Interpolați liniar între conformații

gmx-pme_error(1)
Estimați eroarea utilizării PME cu un fișier de intrare dat

gmx-sham(1)
Calculați energiile libere sau alte histograme din histograme

gmx-spațial(1)
Calculați funcția de distribuție spațială

gmx-traj(1)
Graficul x, v, f, caseta, temperatura și energia de rotație din traiectorii

gmx-tune_pme(1)
Timpul mdrun în funcție de PME se clasează pentru a optimiza setările

gmx-wham(1)
Efectuați o analiză histogramă ponderată după eșantionarea umbrelă

gmx-check(1)
Verificați și comparați fișierele

gmx-dump(1)
Faceți fișierele binare lizibile pentru om

gmx-make_ndx(1)
Faceți fișiere index

gmx-mk_angndx(1)
Generați fișiere index pentru „unghi gmx”

gmx-trjorder(1)
Ordonați moleculele în funcție de distanța lor față de un grup

gmx-xpm2ps(1)
Convertiți matrice XPM (XPixelMap) în postscript sau XPM

Distanţe între structurile
gmx-cluster(1)
Structuri de clustere

gmx-confrms(1)
Potriviți două structuri și calculează RMSD

gmx-rms(1)
Calculați RMSD-uri cu o structură de referință și matrice RMSD

gmx-rmsf(1)
Calculați fluctuațiile atomice

Distanţe in structurile peste timp
gmx-mindist(1)
Calculați distanța minimă dintre două grupuri

gmx-mdmat(1)
Calculați hărți de contact cu reziduuri

gmx-polistat(1)
Calculați proprietățile statice ale polimerilor

gmx-rmsdist(1)
Calculați distanțele perechilor de atomi mediate cu puterea -2, -3 sau -6

Masa distribuire proprietăţi peste timp
gmx-gyrate(1)
Calculați raza de rotație

gmx-msd(1)
Calculează deplasările pătratice medii

gmx-polistat(1)
Calculați proprietățile statice ale polimerilor

gmx-rdf(1)
Calculați funcțiile de distribuție radială

gmx-rotacf(1)
Calculați funcția de corelație rotațională pentru molecule

gmx-rotmat(1)
Trasează matricea de rotație pentru potrivirea la o structură de referință

gmx-sans(1)
Calculați spectre de împrăștiere a neutronilor cu unghi mic

gmx-saxs(1)
Calculați spectre de împrăștiere a razelor X cu unghi mic

gmx-traj(1)
Graficul x, v, f, caseta, temperatura și energia de rotație din traiectorii

gmx-vanhove(1)
Calculați funcțiile de deplasare și corelație Van Hove

analiza legat interacţiuni
gmx-unghi(1)
Calculați distribuțiile și corelațiile pentru unghiuri și diedre

gmx-mk_angndx(1)
Generați fișiere index pentru „unghi gmx”

Structural proprietăţi
gmx-anadock(1)
Structuri de cluster din rulările Autodock

gmx-bundle(1)
Analizați mănunchiuri de axe, de exemplu, elice

gmx-clustsize(1)
Calculați distribuțiile de mărime ale clusterelor atomice

gmx-disre(1)
Analizați restricțiile de distanță

gmx-hbond(1)
Calculați și analizați legăturile de hidrogen

gmx-order(1)
Calculați parametrul de comandă per atom pentru cozile de carbon

gmx-principal(1)
Calculați axele principale de inerție pentru un grup de atomi

gmx-rdf(1)
Calculați funcțiile de distribuție radială

gmx-saltbr(1)
Calculați punți de sare

gmx-sorient(1)
Analizați orientarea solventului în jurul substanțelor dizolvate

gmx-spol(1)
Analizați orientarea dipolului solventului și polarizarea în jurul substanțelor dizolvate

cinetic proprietăţi
gmx-bar(1)
Calculați estimările diferenței de energie liberă prin raportul de acceptare al lui Bennett

gmx-curent(1)
Calculați constantele dielectrice și funcția de autocorelare a curentului

gmx-dos(1)
Analizați densitatea stărilor și proprietăților pe baza acesteia

gmx-dycoupl(1)
Extrageți dinamica coloranților din traiectorii

gmx-principal(1)
Calculați axele principale de inerție pentru un grup de atomi

gmx-tcaf(1)
Calculați vâscozitățile lichidelor

gmx-traj(1)
Graficul x, v, f, caseta, temperatura și energia de rotație din traiectorii

gmx-vanhove(1)
Calculați funcțiile de deplasare și corelație Van Hove

gmx-velacc(1)
Calculați funcțiile de autocorelare a vitezei

electrostatic proprietăţi
gmx-curent(1)
Calculați constantele dielectrice și funcția de autocorelare a curentului

gmx-dielectric(1)
Calculați constantele dielectrice dependente de frecvență

gmx-dipoli(1)
Calculați dipolul total plus fluctuațiile

gmx-potential(1)
Calculați potențialul electrostatic pe cutie

gmx-spol(1)
Analizați orientarea dipolului solventului și polarizarea în jurul substanțelor dizolvate

gmx-genion(1)
Generați ioni monoatomici pe poziții favorabile energetic

Specific proteinelor analiză
gmx-do_dssp(1)
Atribuiți structura secundară și calculați suprafața accesibilă a solventului

gmx-chi(1)
Calculați tot ce doriți să știți despre chi și alte diedre

gmx-helix(1)
Calculați proprietățile de bază ale elicelor alfa

gmx-helixorient(1)
Calculați pasul/îndoirea/rotația/orientarea locală în interiorul elicelor

gmx-rama(1)
Calculați parcele Ramachandran

roata gmx(1)
Trasează roțile elicoidale

Interfețe
gmx-bundle(1)
Analizați mănunchiuri de axe, de exemplu, elice

gmx-density(1)
Calculați densitatea sistemului

gmx-densmap(1)
Calculați hărți de densitate plană sau axială-radială 2D

gmx-densorder(1)
Calculați fluctuațiile de suprafață

gmx-h2order(1)
Calculați orientarea moleculelor de apă

gmx-hydorder(1)
Calculați parametrii de tetraedralitate în jurul unui atom dat

gmx-order(1)
Calculați parametrul de comandă per atom pentru cozile de carbon

gmx-potential(1)
Calculați potențialul electrostatic pe cutie

Covarianță analiză
gmx-anaeig(1)
Analizați vectorii proprii

gmx-covar(1)
Calculați și diagonalizați matricea de covarianță

gmx-make_edi(1)
Generați fișiere de intrare pentru eșantionarea dinamică esențială

Normal moduri de
gmx-anaeig(1)
Analizați modurile normale

gmx-nmeig(1)
Diagonalizați Hessianul pentru analiza în mod normal

gmx-nmtraj(1)
Generați o traiectorie oscilantă virtuală dintr-un vector propriu

gmx-nmens(1)
Generați un ansamblu de structuri din modurile normale

gmx-gromp(1)
Creați un fișier de intrare de rulare

gmx-mdrun(1)
Găsiți un minim de energie potențială și calculați Hessianul

DREPTURI DE AUTOR

2015, echipa de dezvoltare GROMACS

Utilizați gmx_d online folosind serviciile onworks.net