Aceasta este comanda gmx-dyndom care poate fi rulată în furnizorul de găzduire gratuit OnWorks folosind una dintre multiplele noastre stații de lucru online gratuite, cum ar fi Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows sau emulator online MAC OS
PROGRAM:
NUME
gmx-dyndom - Interpolează și extrapolează rotațiile structurii
REZUMAT
gmx dyndom [-f [<.pdb>]] [-n [<.ndx>]] [-o [<.xtc/.trr/...>]]
[-firstangle ] [-lastangle ] [-nframe ]
[-maxangle ] [-trad ] [-cap ]
[-coadă ]
DESCRIERE
GMX dyndom citește a .pdb ieșire fișier din DynDom (http://www.cmp.uea.ac.uk/dyndom/). Aceasta
citește coordonatele, coordonatele axei de rotație și un fișier index care conține
domeniile. În plus, este nevoie de primul și ultimul atom al fișierului săgeată ca comandă
argumente de linie (cap și coadă) și în cele din urmă ia vectorul de translație (dat în
Fișierul informativ DynDom) și unghiul de rotație (de asemenea, ca argumente în linia de comandă). Dacă unghiul
determinat de DynDom este dat, ar trebui să fie capabil să recupereze a doua structură folosită pentru
generând ieșirea DynDom. Din cauza acurateței numerice limitate, acest lucru ar trebui să fie
verificat prin calculul unui RMSD all-atom (folosind GMX confrms) mai degrabă decât prin compararea fișierelor
(folosind diff).
Scopul acestui program este de a interpola și extrapola rotația așa cum este găsită de
DynDom. Ca rezultat, structuri nefizice cu legături lungi sau scurte sau atomi care se suprapun
poate fi produs. Inspecția vizuală și minimizarea energiei pot fi necesare pentru validare
structura.
OPŢIUNI
Opțiuni pentru specificarea fișierelor de intrare:
-f [<.pdb>] (dyndom.pdb)
Fișier banca de date proteine
-n [<.ndx>] (domenii.ndx)
Fișier index
Opțiuni pentru specificarea fișierelor de ieșire:
-o [<.xtc/.trr/...>] (rotate.xtc)
Traiectorie: extaz trr mare g96 pdb TNG
Alte opțiuni:
-firstangle (0)
Unghiul de rotație în jurul vectorului de rotație
-lastangle (0)
Unghiul de rotație în jurul vectorului de rotație
-nframe (11)
Numărul de pași pe traseu
-maxangle (0)
Unghiul de rotație determinat de DymDom în jurul vectorului de rotație
-trad (0)
Translație (Angstrom) de-a lungul vectorului de rotație (consultați fișierul informativ DynDom)
-cap (0 0 0)
Primul atom al vectorului săgeată
-coadă (0 0 0)
Ultimul atom al vectorului săgeată
Utilizați gmx-dyndom online folosind serviciile onworks.net
