gmx-insert-molecules - Online în cloud

PROGRAM:

NUME

gmx-insert-molecules - Inserați molecule în posturile vacante existente

REZUMAT

molecule-inserție gmx [-f [<.gro/.g96/...>]] [-acest [<.gro/.g96/...>]]
[-ip [<.dat>]] [-o [<.gro/.g96/...>]] [-cutie ]
[-nmol ] [-încerca ] [-samanta ]
[-rază ] [-scară ] [-dr ]
[-putrezi ]

DESCRIERE

GMX molecule-inserte inserții -nmol copii ale sistemului specificat în -acest fișier de intrare.
Inserțiile au loc fie în spațiul liber în conformația de soluție dată cu
-f, sau într-o cutie goală dată de -cutie. Precizând ambele -f și -cutie se comportă ca. -f, Dar
plasează o nouă cutie în jurul solutului înainte de introducere. Orice viteze prezente sunt
aruncată.

În mod implicit, pozițiile de inserare sunt aleatorii (cu sămânța inițială specificată de -samanta).
programul iterează până la -nmol în cutie au fost introduse molecule. Moleculele nu sunt
inserat unde distanța dintre orice atom existent și orice atom al celui inserat
molecula este mai mică decât suma bazată pe razele van der Waals ale ambilor atomi. O bază de date
(vdwradii.dat) ale razelor van der Waals este citită de program, iar razele rezultate
scalat de -scară. Dacă razele nu sunt găsite în baza de date, acelor atomi li se atribuie
distanță (pre-scalată). -rază.

Un total de -nmol * -încerca se fac încercări de inserare înainte de a renunţa. Crește -încerca dacă
au câteva găuri mici de umplut. Opțiune -putrezi specifică dacă moleculele de inserție
sunt orientate aleatoriu înaintea încercărilor de inserare.

Alternativ, moleculele pot fi introduse numai în pozițiile definite în poziții.dat
(-ip). Acel fișier ar trebui să aibă 3 coloane (x,y,z), care să dea deplasările față de
pozitia moleculei de intrare (-acest). Prin urmare, dacă acel fișier ar trebui să conțină absolutul
poziții, molecula trebuie să fie centrată pe (0,0,0) înainte de utilizare GMX molecule-inserte
(de ex. de la GMX editconf -centru). Comentariile din acel fișier care încep cu # sunt ignorate.
Opțiune -dr definește deplasările maxim admise în timpul încercărilor de inserție. -încerca și
-putrezi funcționează ca în modul implicit (vezi mai sus).

OPŢIUNI

Opțiuni pentru specificarea fișierelor de intrare:

-f [<.gro/.g96/...>] (protein.gro) (Opțional)
Configurație existentă de inserat în: mare g96 pdb brk ent esp TPR

-acest [<.gro/.g96/...>] (insert.gro)
Configurație de inserat: mare g96 pdb brk ent esp TPR

-ip [<.dat>] (poziții.dat) (Opțional)
Poziții de încercare de inserție predefinite

Opțiuni pentru specificarea fișierelor de ieșire:

-o [<.gro/.g96/...>] (out.gro)
Configurație de ieșire după inserare: mare g96 pdb brk ent esp

Alte opțiuni:

-cutie (0 0 0)
Dimensiunea cutiei (în nm)

-nmol (0)
Numărul de molecule suplimentare de introdus

-încerca (10)
Încercați să introduceți -nmol ori -încerca ori

-samanta (1997)
Sămânță generatoare aleatorie

-rază (0.105)
Distanța implicită van der Waals

-scară (0.57)
Factor de scară pentru a multiplica razele Van der Waals din baza de date în
share/gromacs/top/vdwradii.dat. Valoarea implicită de 0.57 produce o densitate apropiată de
1000 g/l pentru proteinele din apă.

-dr (0 0 0)
Deplasarea permisă în x/y/z din pozițiile în -ip fişier

-putrezi
Rotiți aleatoriu moleculele introduse: xyz, z, niciunul

Utilizați gmx-insert-molecules online folosind serviciile onworks.net