gmx-sasa - Online în cloud

PROGRAM:

NUME

gmx-sasa - Calculați suprafața accesibilă cu solvent

REZUMAT

gmx sasa [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-o [<.xvg>]] [-odg [<.xvg>]] [-Sau [<.xvg>]] [-oa [<.xvg>]]
[-televizor [<.xvg>]] [-q [<.pdb>]] [-b ] [-e ]
[-dt ] [-tu ] [-xvg ] [-[nu]rmpbc]
[-[nu]pbc] [-sf ] [-selrpos ] [-sondă ]
[-doturi ] [-[nu]prot] [-dgs ]
[-suprafaţă ] [-ieșire ]

DESCRIERE

GMX Sasa calculează suprafețele accesibile solvenților. Vezi Eisenhaber F, Lijnzaad P, Argos
P, Sander C, & Scharf M (1995) J. Comput. Chim. 16, 273-284 pentru algoritmul utilizat. Cu
-q, suprafața Connolly poate fi generată și în a .pdb fișierul unde sunt nodurile
reprezentate ca atomi și marginile care leagă cele mai apropiate noduri ca înregistrări CONECT. -odg
permite estimarea energiilor libere de solvatare din energiile de solvație per-atom per
suprafata expusa.

Programul necesită o selecție pentru calculul suprafeței cu care să fie specificat
-suprafaţă. Acesta ar trebui să fie întotdeauna compus din toți atomii nesolvenți din sistem. Zona de
acest grup este întotdeauna calculat. Opțional, -ieșire poate specifica selecții suplimentare,
care ar trebui să fie subseturi ale grupului de calcul. Zonele accesibile pentru solvenți pentru acestea
grupurile sunt de asemenea extrase de pe întreaga suprafață.

Media și abaterea standard a zonei de pe traiectorie pot fi calculate per
reziduu și atom (opțiuni -Sau și -oa).

Cu -televizor opțiunea volumul total și densitatea moleculei pot fi calculate. Cu
-pbc (implicit), trebuie să vă asigurați că molecula/grupul de suprafață nu este împărțit
PBC. În caz contrar, veți obține rezultate fără sens. Vă rugăm să luați în considerare și dacă
raza normală a sondei este adecvată în acest caz sau dacă preferați să utilizați, de exemplu, 0.
Este bine de reținut că rezultatele pentru volum și densitate sunt foarte aproximative.
De exemplu, în gheața Ih, se pot încadra cu ușurință molecule de apă în pori care ar ceda
un volum prea mic, iar suprafața și densitatea sunt ambele prea mari.

OPŢIUNI

Opțiuni pentru specificarea fișierelor de intrare:

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc) (Opțional)
Traiectorie de intrare sau configurație unică: extaz trr cpt mare g96 pdb TNG

-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr) (Opțional)
Structura de intrare: TPR mare g96 pdb brk ent

-n [<.ndx>] (index.ndx) (Opțional)
Grupuri de index suplimentare

Opțiuni pentru specificarea fișierelor de ieșire:

-o [<.xvg>] (area.xvg)
Suprafața totală în funcție de timp

-odg [<.xvg>] (dgsolv.xvg) (Opțional)
Energia liberă de solvatare estimată în funcție de timp

-Sau [<.xvg>] (resarea.xvg) (Opțional)
Suprafața medie per reziduu

-oa [<.xvg>] (atomarea.xvg) (Opțional)
Aria medie per atom

-televizor [<.xvg>] (volum.xvg) (Opțional)
Volumul total și densitatea în funcție de timp

-q [<.pdb>] (connolly.pdb) (Opțional)
Fișier PDB pentru suprafața Connolly

Alte opțiuni:

-b (0)
Primul cadru (ps) de citit din traiectorie

-e (0)
Ultimul cadru (ps) de citit din traiectorie

-dt (0)
Folosiți cadrul numai dacă t MOD dt == prima dată (ps)

-tu (ps)
Unitate pentru valorile timpului: fs, ps, ns, us, ms, s

-xvg (xmgrace)
Formatare diagramă: niciunul, xmgrace, xmgr

-[nu]rmpbc (da)
Faceți molecule întregi pentru fiecare cadru

-[nu]pbc (da)
Utilizați condiții periodice la limită pentru calculul distanței

-sf
Furnizați selecții din fișiere

-selrpos (atom)
Poziții de referință ale selecției: atom, res_com, res_cog, mol_com, mol_cog,
whole_res_com, whole_res_cog, whole_mol_com, whole_mol_cog, part_res_com,
part_res_cog, part_mol_com, part_mol_cog, dyn_res_com, dyn_res_cog, dyn_mol_com,
dyn_mol_cog

-sondă (0.14)
Raza sondei de solvent (nm)

-doturi (24)
Număr de puncte pe sferă, mai multe puncte înseamnă mai multă precizie

-[nu]prot (da)
Trimiteți proteina către Connolly .pdb dosar de asemenea

-dgs (0)
Valoarea implicită pentru energia fără solvație pe zonă (kJ/mol/nm^2)

-suprafaţă
Selecția calculului suprafeței

-ieșire
Selecții de ieșire

Utilizați gmx-sasa online folosind serviciile onworks.net