gmx-tcaf - Online în cloud

PROGRAM:

NUME

gmx-tcaf - Calculați vâscozitățile lichidelor

REZUMAT

gmx tcaf [-f [<.trr/.cpt/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-bine [<.xvg>]] [-oa [<.xvg>]] [-o [<.xvg>]] [-de [<.xvg>]]
[-oc [<.xvg>]] [-ov [<.xvg>]] [-b ] [-e ]
[-dt ] [-[acum] [-xvg ] [-[no]mol] [-[nu]k34]
[-greutate ] [-aflen ] [-[nu]normalizeze] [-P ]
[-fitfn ] [-beginfit ] [-endfit ]

DESCRIERE

GMX tcaf calculează autocorelații de curent transversal. Acestea sunt folosite pentru a estima
vâscozitate la forfecare, eta. Pentru detalii vezi: Palmer, Phys. Rev. E 49 (1994) pp. 359-366.

Curenții transversali sunt calculați folosind k-vectorii (1,0,0) și (2,0,0) fiecare și în
il y- și z-directie, (1,1,0) si (1,-1,0) fiecare si in celelalte 2 planuri (acestea
vectorii nu sunt independenți) și (1,1,1) și celelalte 3 diagonale ale casetei (de asemenea, nu
independent). Pentru fiecare k-vector sunt utilizate sinusul și cosinusul, în combinație cu
viteza in 2 directii perpendiculare. Acest lucru dă un total de 16*2*2=64 transversal
curenti. Se calculează o autocorelație potrivită pentru fiecare k-vector, ceea ce dă 16
TCAF-uri. Fiecare dintre aceste TCAF este ajustat la f(t) = exp(-v)(cosh(Wv) + 1/W sinh(Wv)), v = -t/(2
tau), W = sqrt(1 - 4 tau eta/rho k^2), care dă 16 valori ale tau și eta. Potrivirea
greutățile se diminuează exponențial cu constanta de timp w (dată cu -greutate) ca exp(-t/w) și
TCAF și potrivirea sunt calculate până la momentul 5*w. Valorile eta trebuie ajustate la 1 - a
eta(k) k^2, din care se poate estima vâscozitatea la forfecare la k=0.

Când cutia este cubică, se poate folosi opțiunea -oc, care face media TCAF-urilor peste tot
k-vectori cu aceeași lungime. Acest lucru are ca rezultat TCAF-uri mai precise. Atât cele cubice
TCAF-urile și potrivirile sunt scrise la -oc Estimările eta cubice sunt de asemenea scrise în -ov.

Cu opțiunea -mol, curentul transversal este determinat de molecule în loc de atomi. În
în acest caz, grupul de index ar trebui să fie format din numere de molecule în loc de numere de atomi.

Vâscozitățile k-dependente în -ov fișierul ar trebui să fie potrivit pentru eta(k) = eta_0 (1 - ak^2)
pentru a obține vâscozitatea la lungime de undă infinită.

Notă: asigurați-vă că scrieți coordonatele și vitezele suficient de des. Initiala,
neexponențială, o parte a funcției de autocorelare este foarte importantă pentru obținerea a
potrivit.

OPŢIUNI

Opțiuni pentru specificarea fișierelor de intrare:

-f [<.trr/.cpt/...>] (traj.trr)
Traiectorie de precizie completă: trr cpt TNG

-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr) (Opțional)
Structură+masă (db): TPR mare g96 pdb brk ent

-n [<.ndx>] (index.ndx) (Opțional)
Fișier index

Opțiuni pentru specificarea fișierelor de ieșire:

-bine [<.xvg>] (transcur.xvg) (Opțional)
fișier xvgr/xmgr

-oa [<.xvg>] (tcaf_all.xvg)
fișier xvgr/xmgr

-o [<.xvg>] (tcaf.xvg)
fișier xvgr/xmgr

-de [<.xvg>] (tcaf_fit.xvg)
fișier xvgr/xmgr

-oc [<.xvg>] (tcaf_cub.xvg) (Opțional)
fișier xvgr/xmgr

-ov [<.xvg>] (visc_k.xvg)
fișier xvgr/xmgr

Alte opțiuni:

-b (0)
Primul cadru (ps) de citit din traiectorie

-e (0)
Ultimul cadru (ps) de citit din traiectorie

-dt (0)
Folosiți cadrul numai când t MOD dt = prima dată (ps)

-[acum (Nu)
Vedeți rezultatul .xvg, .xpm, .eps și .pdb fișiere

-xvg
Formatare diagramă xvg: xmgrace, xmgr, niciunul

-[no]mol (Nu)
Calculați TCAF al moleculelor

-[nu]k34 (Nu)
Folosiți și k=(3,0,0) și k=(4,0,0)

-greutate (5)
Timp de decădere exponențial pentru greutățile de potrivire TCAF

-aflen (-1)
Lungimea ACF-ului, implicit este jumătate din numărul de cadre

-[nu]normalizeze (da)
Normalizați ACF

-P (0)
Ordinea polinomului Legendre pentru ACF (0 indică niciunul): 0, 1, 2, 3

-fitfn (Nici unul)
Funcția Fit: none, exp, aexp, exp_exp, exp5, exp7, exp9

-beginfit (0)
Momentul în care se începe potrivirea exponențială a funcției de corelare

-endfit (-1)
Timpul în care se încheie potrivirea exponențială a funcției de corelare, -1 este până la
capăt

Utilizați gmx-tcaf online folosind serviciile onworks.net