hmm2search - Online în cloud

PROGRAM:

NUME

hmm2search - caută o bază de date de secvențe cu un profil HMM

REZUMAT

hmm2search [Opțiuni] hmmfile seqfile

DESCRIERE

hmm2search citește un HMM din hmmfile și căutări seqfile pentru semnificativ similare
potriviri de secvențe.

seqfile va fi căutat mai întâi în directorul de lucru curent, apoi într-un director
numit de variabila de mediu BLASTDB. Aceasta permite utilizatorilor să utilizeze bazele de date BLAST existente,
dacă BLAST a fost configurat pentru site.

hmm2search rularea poate dura minute sau chiar ore, în funcție de dimensiunea secvenței
Bază de date. Este o idee bună să redirecționați rezultatul către un fișier.

Rezultatul constă din patru secțiuni: o listă clasificată a celor mai bune secvențe de scor, a
lista clasată a domeniilor cu cele mai bune scoruri, aliniamente pentru toate domeniile cu cele mai bune scoruri și
o histogramă a scorurilor. Un scor de secvență poate fi mai mare decât un scor de domeniu pentru
aceeași secvență dacă există mai mult de un domeniu în secvență; scorul secvenței ia
luând în considerare toate domeniile. Toate secvențele au punctat deasupra -E și -T sunt afișate limitele
în prima listă, atunci fiecare domeniul găsit în această listă este afișat în a doua listă de
accesări de domeniu. Dacă se dorește, pot fi aplicate, de asemenea, pragurilor pentru valoarea E și scorul de biți
lista de domenii folosind --dom și --domT opțiuni.

OPŢIUNI

-h Imprimați un scurt ajutor; include numărul versiunii și rezumatul tuturor opțiunilor, inclusiv
opțiuni de experți.

-A Limitează ieșirea de aliniere la domenii cu cele mai bune scoruri. -A0 închide
ieșire de aliniere și poate fi folosit pentru a reduce dimensiunea fișierelor de ieșire.

-E Setați limita pentru valoarea E pentru lista de rezultate clasate pe secvență la , Unde este
număr real pozitiv. Valoarea implicită este 10.0. Locurile cu valori E mai bune decât (mai puțin
decât) acest prag va fi afișat.

-T Setați limita pentru scorul de biți pentru lista de accesări clasate pe secvență la , Unde is
un număr real. Valoarea implicită este infinitul negativ; implicit, pragul este
controlat de valoarea E și nu de scorul de biți. Lovituri cu scoruri de biți mai bune decât
(mai mare decât) acest prag va fi afișat.

-Z Calculați scorurile E-valoare ca și cum am fi văzut o bază de date cu secvențe
secvente. Valoarea implicită este numărul de secvențe văzute în fișierul bazei de date
.

EXPERT OPŢIUNI

--compat
Utilizați formatul de ieșire al HMMER 2.1.1, ediția publică 1998-2001; cu conditia asa
Analizatorii 2.1.1 nu trebuie să fie rescriși.

--CPU
Setează numărul maxim de procesoare pe care va rula programul. Implicit este utilizarea
toate procesoarele din mașină. Supliniază variabila de mediu HMMER_NCPU. Numai
afectează versiunile threaded ale HMMER (implicit pe majoritatea sistemelor).

--cut_ga
Utilizați limitele de scor Pfam GA (pragul de colectare). Echivalent cu --globT
--domT , dar limitele GA2 și GA1 sunt citite din fișierul HMM. hmm2build
pune aceste decupaje acolo dacă fișierul de aliniere a fost adnotat într-un Pfam-friendly
formatul de aliniere (formatul SELEX extins sau Stockholm) și GA opțional
linia de adnotare a fost prezentă. Dacă aceste limite nu sunt setate în fișierul HMM, --cut_ga
nu merge.

--cut_tc
Utilizați limitele de scor Pfam TC (limită de încredere). Echivalent cu --globT --domT
, dar limitele TC2 și TC1 sunt citite din fișierul HMM. hmm2build pune acestea
cutoff acolo dacă fișierul de aliniere a fost adnotat într-o aliniere adecvată Pfam
format (format SELEX extins sau Stockholm) și linia opțională de adnotare TC a fost
prezent. Dacă aceste limite nu sunt setate în fișierul HMM, --cut_tc nu merge.

--cut_nc
Utilizați limitele de scor Pfam NC (cutoff de zgomot). Echivalent cu --globT --domT ,
dar limitele NC1 și NC2 sunt citite din fișierul HMM. hmm2build pune acestea
cutoff acolo dacă fișierul de aliniere a fost adnotat într-o aliniere adecvată Pfam
format (format SELEX extins sau Stockholm) și linia opțională de adnotare NC a fost
prezent. Dacă aceste limite nu sunt setate în fișierul HMM, --cut_nc nu merge.

--dom
Setați limita pentru valoarea E pentru lista de accesări clasată pe domeniu la , Unde este
număr real pozitiv. Valoarea implicită este infinit; implicit, toate domeniile din
secvențele care au trecut de primul prag vor fi raportate în a doua listă, deci
că numărul de domenii raportat în lista pe secvență este în concordanță cu
numărul care apar în lista per-domeniu.

--domT
Setați limita pentru scorul de biți pentru lista de accesări clasate pe domeniu la , Unde este
numar real. Valoarea implicită este infinitul negativ; implicit, toate domeniile din
secvențele care au trecut de primul prag vor fi raportate în a doua listă, deci
că numărul de domenii raportat în lista pe secvență este în concordanță cu
numărul care apar în lista per-domeniu. Important Note: un singur domeniu într-un
secvența este controlată în mod absolut de acest parametru sau de --domT. Al doilea și
domeniile ulterioare dintr-o secvență au un prag de scor de biți de facto de 0 deoarece
a detaliilor modului în care funcționează HMMER. HMMER necesită cel puțin o trecere prin
modelul principal pe secvență; a face mai mult de o trecere (mai mult de un domeniu) the
alinierea cu mai multe domenii trebuie să aibă un scor mai bun decât alinierea cu un singur domeniu,
și, prin urmare, domeniile suplimentare trebuie să contribuie la scor pozitiv. Consultați Ghidul utilizatorului
pentru mai multe detalii.

--redirecţiona
Utilizați algoritmul Forward în loc de algoritmul Viterbi pentru a determina per-
scorurile secvenței. Scorurile pe domeniu sunt încă determinate de algoritmul Viterbi.
Unii au susținut că Forward este un algoritm mai sensibil pentru detectarea de la distanță
omologi de secvență; Cu toate acestea, experimentele mele cu HMMER nu au confirmat acest lucru.

--informat
Afirmați că intrarea seqfile este în format ; nu rulați formatul Babelfish
autodetectare. Acest lucru crește oarecum fiabilitatea programului, deoarece
Babelfish poate face greșeli; recomandat în special pentru nesupravegheate, înalte
execuțiile HMMER. Șirurile de format valid includ FASTA, GENBANK, EMBL, GCG,
PIR, STOCKHOLM, SELEX, MSF, CLUSTAL și PHYLIP. Consultați Ghidul utilizatorului pentru a
lista completa.

--null2
Opriți al doilea model nul post-hoc. În mod implicit, fiecare aliniere este recomandată de
o etapă de postprocesare care ia în considerare o posibilă compoziție părtinitoare în oricare dintre acestea
HMM-ul sau secvența țintă. Acest lucru este aproape esențial în căutările în baze de date,
mai ales cu modele de aliniere locală. Există o șansă foarte mică ca asta
postprocesarea ar putea elimina potrivirile reale, iar în aceste cazuri --null2 se poate îmbunătăți
sensibilitatea în detrimentul reducerii specificității prin lăsarea compoziției părtinitoare
lovește prin.

--pvm Rulați pe o mașină virtuală paralelă (PVM). PVM-ul trebuie să ruleze deja. The
program client hmm2search-pvm trebuie instalat pe toate nodurile PVM. PVM opțional
suportul trebuie să fi fost compilat în HMMER.

--xnu Activați filtrarea XNU a secvențelor de proteine ​​țintă. Nu are efect asupra acidului nucleic
secvente. În experimentele experimentale, --xnu pare să funcționeze mai puțin bine decât
modelul implicit null2 post hoc.

Utilizați hmm2search online folosind serviciile onworks.net