idfetch - Online în cloud

PROGRAM:

NUME

idfetch - preluați datele biologice de pe serverul NCBI ID1

REZUMAT

idfetch [-] [-F str] [-G nume de fișier] [-Q nume de fișier] [-c N] [-d str] [-e N] [-f str] [-g N]
[-i N] [-l nume de fișier] [-n] [-o nume de fișier] [-q str] [-s str] [-t N]

DESCRIERE

idfetch este un client pentru serverul ID1 al NCBI, care conține o bază de date mare de adnotate
secvente biologice.

OPŢIUNI

Un rezumat al opțiunilor este inclus mai jos.

- Imprimați mesajul de utilizare

-F str Adăugați tipurile de caracteristici specificate (delimitate prin virgulă); valorile permise sunt CDD, SNP,
SNP_graph, MGC, HPRD, STS, ARNt și microARN.

-G nume de fișier
Fișier cu lista de GI-uri, aderări (versionate), FASTA SeqID-uri de aruncat

-Q nume de fișier
Generați lista GI prin interogarea Entrez în nume de fișier; cere -dn or -dp.

-c N Complexitate maximă:
0 obține întregul blob (implicit)
1 obțineți bioseq de interes
2 obțineți setul minim de bioseq care conține bioseq de interes
3 obțineți nuc-prot minim care conține bioseq de interes
4 obțineți setul minim de pub care conține bioseq-ul de interes

-d str Baza de date de utilizat (cu -q, pote fi oricare n pentru nucleotide sau p pentru proteine).

-e N Număr de entitate (număr de recuperare) de descărcat

-f str SeqId aplatizat. Formate posibile:
tip([nume][,[acces][,[eliberaţi][,versiune]]]) ca „5(HUMHBB)”
tip=acces
tip:număr
(tip este un număr care indică subtipul ASN.1 Seq-id.)

-g N ID GI pentru o singură entitate de descărcat

-i N Tip de căutare:
0 obține Seq-entry (implicit)
1 obține starea GI (ieșire la stderr)
2 obțineți SeqIds
3 obțineți istoricul GI (doar schimbarea secvenței)
4 obțineți istoricul revizuirilor (orice modificare a ASN.1)

-l nume de fișier
Fișier jurnal

-n Ieșiți numai lista de indicații geografice (cu -q și -Q).

-o nume de fișier
Nume fișier pentru ieșire (implicit = stdout)

-q str Generați lista gi prin interogare Entrez. Necesită -dn or -dp.

-s str SeqId în stil FASTA ÎNCHIS ÎN CITELE. Formate:
lcl|int or str
bbs|int
bbm|int
gb|ACC|loc
emb|ACC|loc
pir|ACC|nume
sp|ACC|nume
pat|ţară|brevet|urm
gi|int
dbj|ACC|loc
prf|ACC|nume
pdb|intrare|lanţ

-t N Tipul de ieșire:
1 text ASN.1 (implicit)
2 ASN binar.1
3 GenBank (numai pentru intrarea secv.)
4 GenPept (doar pentru intrarea secv.)
5 FASTA (tabel pentru istorie)
6 scoruri de calitate (doar pentru intrarea secv.)
7 Entrez DocSums
8 FASTA complement invers

Utilizați idfetch online folosind serviciile onworks.net