Aceasta este comanda ilink care poate fi rulată în furnizorul de găzduire gratuit OnWorks folosind una dintre multiplele noastre stații de lucru online gratuite, cum ar fi Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows sau emulator online MAC OS
PROGRAM:
NUME
ilink - Procedura de optimizare GEMINI pentru a găsi o valoare optimă local a vectorului theta
a fracţiilor de recombinare
REZUMAT
ilink [Opțiuni] ipedfile.dat pedfile.dat
DESCRIERE
Această pagină de manual documentează pe scurt ilink comanda. De fapt, aceasta este o intenție foarte brută
pentru a furniza o pagină de manual, deoarece distribuția Debian GNU/Linux necesită ca fiecare program
au o pagină de manual. Orice îmbunătățire ar fi foarte apreciată.
ilink face parte din legătură rapidă pachete software.
ILINK folosește procedura de optimizare GEMINI pentru a găsi o valoare optimă local a theta
vector al fracțiilor de recombinare. Dacă utilizați scripturile implicite produse de lcp, dvs
estimarea inițială pentru theta este .1 în fiecare dimensiune. GEMINI evaluează fiecare teta după
probabilitate, căutând să găsească vectori theta care au o probabilitate mai mare de pedigree.
Procedura GEMINI are mai multe iterații. Fiecare iterație corespunde unei linii de
ieșire. Fiecare iterație include mai multe evaluări ale funcției de probabilitate. Fiecare iterație
are două faze. În Faza I, GEMINI caută să îmbunătățească cea mai bună teta actuală. În faza a II-a,
GEMINI estimează gradientul probabilității în raport cu cea mai bună teta actuală
vector. În prima iterație, Faza I evaluează probabilitatea doar la inițială
candidat theta.
Când ILINK tipărește o linie precum: maxcensor poate fi redusă la -32767, aceasta a fost finalizată
prima evaluare a funcției de probabilitate. Pe perioade lungi, acest fapt poate fi folosit pentru estimare
timpul pentru alergat. O estimare aproximativă rezonabilă pentru numărul de evaluări ale funcțiilor este
10*(numărul de dimensiuni ale vectorului theta). Numărul de dimensiuni ale vectorului theta este
cu unul mai puțin decât numărul de loci în majoritatea cazurilor. Dacă maletheta și femaletheta sunt permise
să difere (sexdif este setat la 1), apoi numărul de dimensiuni se dublează la 2 * (numărul de
loci - 1). Estimarea altor parametri (cu fitmodel setat la adevărat) poate crește, de asemenea, valoarea
numărul de dimensiuni.
Pentru a afla mai multe despre ilink ar putea fi util să citiți fișierul
/usr/share/doc/fastlink/README.ILINK dacă aveți un sistem Debian GNU/Linux.
OPŢIUNI
S-ar putea să existe opțiuni, dar nu am găsit nicio informație despre ele. Vă rugăm să transmiteți
orice informație despre ei să[e-mail protejat]>
Utilizați ilink online folosind serviciile onworks.net
