Aceasta este comanda macs2_bdgopt care poate fi rulată în furnizorul de găzduire gratuit OnWorks folosind una dintre multiplele noastre stații de lucru online gratuite, cum ar fi Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows sau emulator online MAC OS
PROGRAM:
NUME
macs2_bdgopt - Analiză bazată pe model pentru secvențierea ChIP
DESCRIERE
utilizare: macs2 bdgopt [-h] -i IFILE [-m {înmulțire,adunare,p2q}]
[-p [EXTRAPARAM [EXTRAPARAM ...]]] [--outdir OUTDIR] -o
OFILE
facultativ argumente:
-h, --Ajutor
afișați acest mesaj de ajutor și ieșiți
-i IFIL, --ifile IFILE
Scorul MACS în bedGraph. Notă: acesta trebuie să fie un fișier bedGraph care să acopere TOTUL
genomului. NECESAR
-m {înmulțiți,adăugați,p2q}, --metodă {înmulțire,adăugați,p2q}
Metodă de modificare a coloanei scor a fișierului bedGraph. Opțiunile disponibile sunt:
înmulțiți, adăugați sau p2q. 1) înmulțiți, EXTRAPARAM-ul este necesar și va fi
înmulțit la coloana scor. Dacă intenționați să împărțiți coloana scorului cu X, utilizați
valoare de 1/X ca EXTRAPARAM. 2) adăugați, EXTRAPARAM este necesar și va fi adăugat la
coloana scor. Dacă intenționați să scădeți coloana scorului cu X, utilizați valoarea lui -X
ca EXTRAPARAM. 3) p2q, aceasta va converti scorurile p-valoare în scoruri q-valoare folosind
procesul Benjamini-Hochberg. EXTRAPARAM nu este necesar. Această metodă presupune
scorurile sunt -log10 valoarea p de la MACS2. Orice alte tipuri de scor va provoca
erori neașteptate.
-p [EXTRAPARAM [EXTRAPARAM ...]], --extra-param [EXTRAPARAM [EXTRAPARAM ...]]
Parametrul suplimentar pentru METODA. Verificați detaliul -m opțiune.
--outdir EXTERIOR
Dacă este specificat, toate fișierele de ieșire vor fi scrise în acel director. Implicit: the
directorul de lucru curent
-o OFILE, --ofile OFILE
Ieșiți numele fișierului BEDGraph.
Utilizați macs2_bdgopt online folosind serviciile onworks.net
