macs2 - Online în cloud

PROGRAM:

NUME

macs2 - macs2 - Analiză bazată pe model pentru secvențierea ChIP

DESCRIERE

utilizare: macs2 [-h] [--version]

{callpeak,bdgpeakcall,bdgbroadcall,bdgcmp,bdgopt,cmbreps,bdgdiff,filterdup,predictd,pileup,randsample,refinepeak}
...

macs2 -- Analiză bazată pe model pentru secvențierea ChIP

pozitional argumente:
{callpeak,bdgpeakcall,bdgbroadcall,bdgcmp,bdgopt,cmbreps,bdgdiff,filterdup,predictd,pileup,randsample,refinepeak}

callpeak
Funcția principală MACS2: vârfuri de apel din rezultatele alinierii.

bdgpeakcall
Vârfurile de apel de la ieșirea bedGraph. Notă: Toate regiunile de pe același cromozom în
Fișierul bedGraph ar trebui să fie continuu, așa că numai fișierele bedGraph de la MACS2 sunt
acceptabil.

bdgbroadcall
Apelați vârfuri largi de la ieșirea bedGraph. Notă: Toate regiunile de pe același cromozom în
fișierul bedGraph ar trebui să fie continuu, așa că numai fișierele bedGraph de la MACS2 sunt
acceptabil.

bdgcmp Reduceți zgomotul comparând două piste de semnal în bedGraph. Notă: Toate regiunile de pe
același cromozom din fișierul bedGraph ar trebui să fie continuu, deci numai fișierele bedGraph
de la MACS2 sunt acceptabile.

bdgopt Operații pe coloana scor a fișierului bedGraph. Notă: Toate regiunile sunt identice
cromozomul din fișierul bedGraph ar trebui să fie continuu, așa că numai fișierele bedGraph din
MACS2 sunt acceptabile.

cmbreps
Combinați BEDGraphs ale scorurilor din replici. Notă: Toate regiunile sunt identice
cromozomul din fișierul bedGraph ar trebui să fie continuu, așa că numai fișierele bedGraph din
MACS2 sunt acceptabile.

bdgdiff
Detectarea diferențială a vârfurilor bazată pe patru fișiere de grafic de pat asociate. Notă: Toate regiunile
pe același cromozom din fișierul bedGraph ar trebui să fie continuu, deci numai bedGraph
fișierele de la MACS2 sunt acceptabile.

filterdup
Eliminați citirile duplicate în aceeași poziție, apoi convertiți formatul acceptabil în BED
format.

prezisd
Preziceți d sau dimensiunea fragmentului din rezultatele alinierii. *NU va filtra duplicatele*

pileup Pileup citiri aliniate cu o dimensiune de extensie dată (dimensiunea fragmentului sau d în MACS
limba). Rețineți că nu va exista niciun pas pentru filtrarea sau secvențierea citirilor duplicate
scalare în adâncime, deci poate fi necesar să faceți anumite pre/postprocesare.

randsample
Număr de eșantionare aleatoriu/procent din totalul citirilor.

refinepeak
(Experimental) Luați alinierea citirilor brute, perfecționați vârfurile de vârf și acordați scoruri
echilibrul de măsurare a etichetelor waston/crick. Inspirat de SPP.

facultativ argumente:
-h, --Ajutor
afișați acest mesaj de ajutor și ieșiți

--versiune
afișați numărul versiunii programului și ieșiți

Pentru opțiunile din linia de comandă ale fiecărei comenzi, tastați: macs2 COMMAND -h

Utilizați macs2 online folosind serviciile onworks.net