Aceasta este comanda macs2_pileup care poate fi rulată în furnizorul de găzduire gratuit OnWorks folosind una dintre multiplele noastre stații de lucru online gratuite, cum ar fi Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows sau emulator online MAC OS
PROGRAM:
NUME
macs2_pileup - Analiză bazată pe model pentru secvențierea ChIP
DESCRIERE
utilizare: macs2 pileup [-h] -i IFILE [IFILE ...] -o OUTPUTFILE [--outdir OUTDIR]
[-f {AUTO,BAM,SAM,BED,ELAND,ELANDMULTI,ELANDEXPORT,BOWTIE}]
[-B] [--extsize EXTSIZE] [--verbose VERBOSE]
facultativ argumente:
-h, --Ajutor
afișați acest mesaj de ajutor și ieșiți
-i IFILE [IFILE ...], --ifile IFILE [IFILE ...]
Fișier de aliniere ChIP-seq. Dacă mai multe fișiere sunt date ca „-t AB C”, atunci vor fi
toate să fie citite și combinate. Rețineți că datele de la capătul perechilor nu ar trebui să funcționeze cu aceasta
comanda. NECESAR.
-o FISIER DE IESIRE, --ofile FISIER DE IESIRE
Numele fișierului bedGraph de ieșire. Dacă nu este specificat, va scrie la ieșirea standard.
NECESAR.
--outdir EXTERIOR
Dacă este specificat, toate fișierele de ieșire vor fi scrise în acel director. Implicit: the
directorul de lucru curent
-f {AUTO,BAM,SAM,BED,ELAND,ELANDMULTI,ELANDEXPORT,BOWTIE}, --format
{AUTO,BAM,SAM,BED,ELAND,ELANDMULTI,ELANDEXPORT,BOWTIE}
Formatul fișierului de etichetă, „AUTO”, „BED” sau „ELAND” sau „ELANDMULTI” sau „ELANDEXPORT” sau
„SAM” sau „BAM” sau „BOWTIE”. Opțiunea implicită AUTO va lăsa „macs2 pileup” să decidă
ce format are fișierul. Vă rugăm să verificați definiția din fișierul README dacă alegeți
ELAND/ELANDMULTI/ELANDEXPORT/SAM/BAM/BOWTIE. IMPLICIT: „AUTO”
-B, --ambele-direcții
În mod implicit, orice citire va fi extinsă spre direcția aval prin extensie
mărimea. Deci este [0,size-1] (sistem de indexare bazat pe 1) pentru plus citire și
[-size+1,0] pentru minus toronul citit unde poziția 0 este la capătul 5’ al citirii aliniate.
Comportamentul implicit poate simula modul MACS2 de a acumula citirile de probă ChIP unde
dimensiunea extensiei este setată ca dimensiune a fragmentului/d. Dacă această opțiune este activată, aliniată
citirile vor fi extinse atât în direcția amonte cât și în aval prin extensie
mărimea. Înseamnă [-size,size] unde 0 este capătul 5' al unei citiri aliniate. Poate
simulează parțial modul MACS2 de a acumula citirile de control. Cu toate acestea, prejudecată locală MACS2
este calculată prin maximizarea aglomerației așteptate pe o dimensiune a fragmentului ChIP/d
estimat de la 10 kb, 1 kb, d și fundalul întregului genom. IMPLICIT: Fals
--extsize EXTSIZE
Dimensiunea extensiei în bps. Fiecare aliniere citită va deveni o EXTSIZE de fragment,
apoi să fie îngrămădiți. Verificați descrierea pentru -B pentru detalii. Este de două ori mai mare decât „shiftsize”.
în limba veche MACSv1. IMPLICIT: 200
--verbos VERBOZĂ
Setați nivelul de probă. 0: afișați numai mesajul critic, 1: afișați avertisment suplimentar
mesaj, 2: afișați informații despre proces, 3: afișați mesajele de depanare. Dacă vrei să știi
unde sunt citirile duplicate, utilizați 3. DEFAULT:2
Utilizați macs2_pileup online folosind serviciile onworks.net
