maqview - Online în cloud

PROGRAM:

NUME

Maqview - indexator și vizualizator de aliniere Maq

REZUMAT

maqindex -i|-v|-b [-c in.cns] în.hartă [b.c[:Începe[-capăt]] [...]]

maqview [-c in.cns] în.hartă

DESCRIERE

Maqview este un set de programe care realizează acces rapid aleatoriu la fișierul de aliniere
generat de `Maq map' și afișează alinierea cu o interfață grafică (Graphical User
Interfață). Este foarte eficient în ceea ce privește viteza, memoria și utilizarea discului. Maqview se bazeaza pe
OpenGL și este cunoscut că funcționează atât pe Mac OS X, cât și pe Linux. Portarea la Windows este în principiu
ușor.

maqindex
maqindex -i|-v|-b [-c in.cns] în.hartă [b.c[:Începe[-capăt]] [...]]

-i Indexați fișierul de aliniere

-v Imprimați alinierea în regiunea specificată în formatul „maq mapview”.

-b Eliminați alinierea în regiunea specificată în format binar .map

-c FILE Indexați fișierul de consens Maq pentru vizualizare în maqview în același timp

Program maqindex indexează un fișier de aliniere maq în.hartă sau preia rapid toate citirile din
una sau mai multe regiuni. Unul dintre -i, -v și -b trebuie sa fie folosit. Pentru -v or -b, cel puțin unul
Trebuie specificată o regiune precum „chrX”, „chrX:1000” sau „chrX:1,000-2,000”. Mai multe regiuni
sunt permise.

maqview
maqview [-c in.cns] în.hartă

-c FILE Dosarul de consens Maq

Program maqview afișează alinierea citită într-o fereastră grafică. Cand in.cns is
specificat, secvența de sus este referința, urmată de secvența de consens Maq;
în caz contrar, se va calcula consensul majorității.

Maqview are două vizualizări: vizualizare secvență și vizualizare casetă. În vizualizarea secvență, citiți secvențele
va fi imprimat pe ecran. Bazele mai închise indică calități inferioare ale bazei și cele roșii
arata diferentele in comparatie cu referinta daca in.cns este specificat sau la
consensul majorității-regula dacă nu. În vizualizarea casetei, sunt diferite tipuri de nucleotide
reprezentate ca casete de culoare cu verde pentru A, cyan pentru C, portocaliu pentru G, roșu pentru T și închis
gri pentru N. Saturația culorilor indică calitățile de bază și liniile de grosime
of reads arată calitățile de mapare ale aliniamentelor citite. Mărirea/micșorarea este acceptată numai
în vizualizarea casetei. În ambele vizualizări, bara de stare din partea de jos a ferestrei va afișa unele
informații despre atingerile cheie și citiți numele și calitățile de bază indicate de mouse.

Navigarea în aliniere se realizează prin diverse taste.

· Legături de taste:

? Afișează ajutor
Ieșire
Vedere secvență
Vedere cutie
p Comutați la secvența de referință anterioară
n Comutați la următoarea secvență de referință
r Reîmprospătare

Mutați-vă în poziția indicată de
h/ Deplasați la stânga cu o bază
l / Deplasați-vă la dreapta cu o bază
k/ Deplasați-vă în sus cu o linie
j/ Deplasați-vă în jos cu o linie
> Treceți la următoarea citire
< Treceți la citirea anterioară
g/ Treceți la începutul referinței curente
G / Deplasați-vă la sfârșitul referinței curente
tu/ Deplasați la stânga cu o pagină
/ Deplasați-vă la dreapta cu o pagină
Deplasați-vă cu 100 de baze
Deplasați-vă cu 1000 de baze

+ Adăugați o nouă vizualizare
- Eliminați vizualizarea curentă

Activați/dezactivați defilarea automată la dreapta
^b Activați/dezactivați defilarea automată la stânga
+ Măriți
- A micsora
0 Măriți la scara implicită
q Comutați afișarea/ascunderea calităților de cartografiere
e Comutați afișarea calităților de cartografiere SE/PE
o Deschideți un nou fișier de aliniere

· Introduceți un număr întreg și apoi apăsați pentru a sari in pozitia ceruta.

· Introduceți un număr întreg și apoi apăsați o altă tastă decât pentru a accelera derularea de către
factor specificat.

· Faceți clic stânga și trageți crucea galbenă în pătrat pentru a vă deplasa de-a lungul secvenței. Dreapta
faceți clic pe referință pentru a evidenția o coloană.

Utilizați maqview online folosind serviciile onworks.net