meryl - Online în cloud

PROGRAM:

NUME

meryl - numărarea kmerului în interior și în afara nucleului și utilități

REZUMAT

Estimarea memorie Cerințe
meryl -P -m kmersize [-c #] [-p] -s secv.fasta

meryl -P -m kmersize [-c #] [-p] -n mercount

Clădire a tabel
meryl -B -m kmersize [-c #] [-p] [-v] [-f|-r|-C] [-L apariția minoră] [-U maxaparitie]
[- fire n | {-segmente segmente | -memorie megaocteți} [-configbatch [-sge numele locului de munca]]]
-s secv.fasta -o tblprefix

meryl -număr lot număr [-sgebuild "qsuboptionstring"] -o tblprefix

meryl -mergebatch număr [-sgemerge "qsuboptionstring"] -o tblprefix

Efectuarea operațiuni on a tabel
meryl -M operaţie [-v] -s tblprefix [-s tblprefix2 ...] -o producție

Dumping a tabel
meryl -Dh -s tblprefix

meryl -Dt -n mincount -s tblprefix

DESCRIERE

meryl calculează conținutul kmer al secvențelor genomice. Conținutul Kmer este reprezentat ca a
lista de kmeri și numărul de ori fiecare apare în secvențele de intrare. Kmerul poate fi
limitat la doar kmerul înainte, numai kmerul invers sau kmerul canonic
(lexicografic mai mic dintre kmerul înainte și invers la fiecare locație). Meryl poate să
raportați histograma numărătorilor, lista de kmeri și numărătoarea acestora, sau poate efectua
operații matematice și de set pe fișierele de date prelucrate.

Rezultatul meryl sunt două fișiere binare, numite o bază de date Meryl, care pot fi rapid
dumping pentru a furniza o histogramă a numărătorilor sau a numărărilor reale. Este furnizată o bibliotecă C++
pentru acces direct la fișiere.

OPŢIUNI

-P Estimați cerințele de memorie. Dat un fișier de secvență (-s) sau o limită superioară a
numărul de mers din fișier (-n), calculați dimensiunea tabelului (-t în construcție) pentru a minimiza
utilizarea memoriei. Acest mod recunoaște următoarele opțiuni:

-m # dimensiunea unui mer (obligatoriu)

-c # compresie homopolimer (opțional)

-p activați pozițiile

-s secv.fasta
Fișierul de secvență care urmează să fie scanat pentru a determina numărul de mers

-n # calculați parametrii presupunând fișierul cu atât de mulți meri în el

Doar unul dintre -s, -n trebuie specificat. Dacă ambele sunt date, -s are prioritate.

-B Calculați tabelele de numărare a mers având un fișier de secvență (-s) și o mulțime de parametri. De
implicit, ambele fire sunt procesate.

-f construiți numai pentru șuvița înainte

-r construiți numai pentru șuvița inversă

-C utilizați mers canonici (presupune ambele componente)

-L # NU salvați mers care apar de mai puțin de # ori

-U # NU salvați mers care apar de mai mult de # ori

-m # dimensiunea unui mer (obligatoriu)

-c # compresie homopolimer (opțional)

-p activați pozițiile

-s secv.fasta
secvență pentru a construi tabelul pentru

-o tblprefix
prefixul tabelului de ieșire

-v distrează utilizatorul

meryl procesul poate rula într-un lot mare de memorie, în multe loturi mici de memorie,
sau sub control SGE, toate cu sau fără utilizarea mai multor nuclee CPU. În mod implicit,
calculul se face ca un proces secvenţial mare. Operare cu mai multe fire
este posibilă, cu cheltuială suplimentară de memorie, la fel ca operarea segmentată, la suplimentar
Cheltuieli I/O.

Filetat operaţie
Împărțiți numărul în n bucăți de dimensiuni aproape egale. Acest lucru folosește un plus
h MB (de la -P) pe fir.

- fire n
utilizare n fire de construit

Segmentat, secventiala operaţie
Împărțiți numărarea în bucăți care se vor potrivi în cel mult m MB de
memorie sau în n bucăți de dimensiuni egale. Fiecare piesă este calculată secvenţial,
iar rezultatele sunt îmbinate la final. Doar unul dintre -memorie și -segmente is
Necesar.

-memorie m
utilizați cel mult m MB de memorie pe segment

-segmente n
utilizare n segmente

Segmentat, în lot operaţie
La fel ca secvențial, cu excepția faptului că acesta permite ca fiecare segment să fie executat manual
în paralel. Doar unul dintre -memorie și -segmente Este nevoie. Vezi, de asemenea,
EXEMPLU secțiunea de pe această pagină.

-memorie m
utilizați cel mult m MB de memorie pe segment

-segmente n
utilizare n segmente

-configbatch
creați loturile

-număr lot n
numărul lotului de rulare n

-mergebatch
îmbinați loturile

Modul lot poate rula pe grilă.

-sge numele locului de munca
nume unic de job pentru această execuție. Meryl va trimite joburi cu nume
mpnumele locului de munca, ncnumele locului de munca, nmnumele locului de munca, pentru faze de pregătire, numărare și îmbinare.

-sgebuild "Opțiuni"

-sgemerge "Opțiuni"
orice opțiuni suplimentare pentru qsub(1) (de exemplu, „-p -153 -pe firul 2 -A
merylaccount") NB - -N va fi ignorat NB - asigurați-vă că citați
Opțiuni

-M Având o listă de tabele, efectuați o operație matematică, logică sau de prag. Dacă nu
specificat, toate operațiunile iau orice număr de baze de date. Operatiile matematice sunt:

minute count este numărul minim pentru toate bazele de date. Dacă merul NU există în
toate bazele de date, merul are un număr zero și NU este în ieșire.

minexistă
count este numărul minim pentru toate bazele de date care conțin mer

max count este numărul maxim pentru toate bazele de date

adăuga count este suma numărărilor pentru toate bazele de date

sub count este primul minus al doilea (numai binar)

abs count este valoarea absolută a primului minus al doilea (numai binar)

Operatiile logice sunt:

și iese mer dacă există în toate bazele de date

nand iese mer dacă există în cel puțin una, dar nu toate, baze de date

or iese mer dacă există în cel puțin o bază de date

XOR iese mer dacă există într-un număr impar de baze de date

Operațiile cu prag sunt:

mai puțin decât x
iese mer dacă are număr < x

mai puțin egală x
iese mer dacă are număr <= x

mai mare ca x
iese mer dacă are număr > x

mai mare decât egal x
iese mer dacă are număr >= x

egal x
iese mer dacă are număr == x

Operațiunile de prag funcționează pe exact o bază de date.

-s tblprefix
utilizare tblprefix ca bază de date

-o tblprefix
creați această ieșire

-v distrează utilizatorul

-D Masa de descărcare (nu toate acestea funcționează)

-Dd Descarcă o histogramă a distanței dintre aceleași mers.

-Dt Dump mers >= un prag. Utilizare -n pentru a specifica pragul.

-DC Numărați numărul de Mers, Mers distincte și Mers unici.

-Dh Dump (la stdout) o histogramă a mer counts.

-s Citiți tabelul de numărare de aici (opriți .mcdat sau .mcidx).

EXEMPLU

Lot creaţie of a tabel
Inițializați calculul cu -configbatch, care are nevoie de toate opțiunile de construire. Execută toate
-număr lot locuri de muncă, atunci -mergebatch pentru a finaliza.

meryl -configbatch -B [Opțiuni] -o fişier
meryl -număr lot 0 -o fişier
meryl -număr lot 1 -o fişier
...
meryl -număr lot N -o fişier
meryl -mergebatch N -o fişier

Utilizați meryl online folosind serviciile onworks.net