minimapa - Online în Cloud

PROGRAM:

NUME

minimapa - cartografiere rapidă între secvențe lungi de ADN

REZUMAT

minimapa [-lSOV] [-k kmer] [-w winSize] [-I batchSize] [-d dumpFile] [-f occThres] [-r
bandWidth] [-m minShared] [-c minCount] [-L minMeci] [-g maxGap] [-T prafThres] [-t
nFire] [-x presetat] tinta.fa interogare.fa > ieșire.paf

DESCRIERE

Minimap este un instrument pentru a găsi eficient mai multe poziții aproximative de cartografiere între două
seturi de secvențe lungi, cum ar fi între citiri și genomi de referință, între genomi și
între lecturi lungi zgomotoase. Minimap are o fază de indexare și o fază de mapare. În indexare
fază, colectează toți minimizatorii unui lot mare de secvențe țintă într-un tabel hash; în
în faza de cartografiere, identifică grupuri bune de hit-uri de minimizare coliniare. Minimap face
nu generează aliniamente detaliate între țintă și secvențele de interogare. Doar
emite coordonatele aproximative de început și de sfârșit ale acestor clustere.

OPŢIUNI

Indexarea Opțiuni
-k INT Minimizer k-mer lungime [15]

-w INT Dimensiunea ferestrei de minimizare [2/3 din lungimea k-mer]. Un minimizator este cel mai mic k-mer
într-o fereastră de w k-meri consecutivi.

-I NUM Încărcați cel mult NUM bazele țintă în RAM pentru indexare [4G]. Daca sunt mai mult de
NUM baze în tinta.fa, minimapa trebuie citită interogare.fa de mai multe ori pentru a-l cartografi
față de fiecare lot de secvențe țintă. NUM se poate termina cu k/K/m/M/g/G.

-d FILE Reduceți indicele de minimizare la FILE [fără gunoi]

-l Indicați că tinta.fa este de fapt un indice de minimizare generat de opțiune -d, Nu
un fișier FASTA sau FASTQ.

Maparea Opțiuni
-f PLUTI Ignorați sus PLUTI fracțiunea celor mai mulți minimizatori care apar [0.001]

-r INT Lățimea de bandă aproximativă pentru gruparea hit-urilor minimizatorului inițial [500]. A minimizator
lovit este un minimizator prezent atât în ​​secvențele țintă, cât și în secvențele de interogare. A minimizator
lovit grup este un grup de lovituri de minimizare potențial coliniare între o țintă
și o secvență de interogare.

-m PLUTI Îmbinați grupurile inițiale de hit de minimizare dacă PLUTI sau o fracție mai mare de minimizatori
sunt împărțite între clustere [0.5]

-c INT Păstrați un grup de lovituri de minimizare dacă acesta conține INT sau mai multe accesări ale minimizatorului [4]

-L INT Aruncă un grup de lovituri de minimizare dacă după colinearizare, numărul de potriviri
bazele este mai jos INT [40]. Această opțiune reduce în principal dimensiunea ieșirii. Are
efect redus asupra vitezei și memoriei de vârf.

-g INT Împărțiți un grup de lovituri de minimizare la un spațiu INT-bp sau mai lung care nu conține
orice accesare a minimizatorului [10000]

-T INT Mascați regiunile din secvențele de interogare cu pragul de scor SDUST INT; 0 pentru a dezactiva
[0]. SDUST este un algoritm pentru a identifica subsecvențele cu complexitate redusă. Nu este
activat implicit. Dacă se preferă SDUST, este o valoare între 20 și 25
recomandat. Un prag mai mare maschează mai puține secvențe.

-S Efectuați maparea all-vs-all. În acest mod, dacă numele secvenței de interogare este
lexicografic mai mare decât numele secvenței țintă, hit-urile dintre ele
va fi suprimat; dacă numele secvenței de interogare este același cu numele țintă,
hit-urile minimizatorului diagonal vor fi, de asemenea, suprimate.

-O Aruncă o lovitură de minimizare dacă este departe de alte lovituri (EXPERIMENTAL). Acest
opțiunea este utilă pentru cartografierea cromozomilor lungi de la două specii divergente.

-x STR Modificarea setărilor multiple pe baza STR [nesetat]. Se recomanda aplicarea
această opțiune înaintea altor opțiuni, astfel încât următoarele opțiuni pot suprascrie
setările multiple modificate de această opțiune.

ava10k pentru PacBio sau Oxford Nanopore all-vs-all citire mapare (-Sw5 -L100 -m0).

Intrare ieșire Opțiuni
-t INT Numărul de fire [3]. Minimap utilizează cel mult trei fire atunci când colectează
minimizatoare pe secvențele țintă și utilizează până la INT+1 fire la mapare (the
firul suplimentar este pentru I/O, care este frecvent inactiv și necesită puțin timp CPU).

-V Tipăriți numărul versiunii la stdout

REZULTATE FORMAT

Minimap afișează pozițiile de mapare în formatul Pairwise mApping (PAF). PAF este un TAB-
format de text delimitat, fiecare linie constând din cel puțin 12 câmpuri, așa cum este descris în
următorul tabel:

┌────┬────────┬─────────────────────────────────── ──────────────────────────┐
│Fes / fular │ Tip │ Descriere │
├────┼────────┼─────────────────────────────────── ──────────────────────────┤
│ 1 │ șir │ Numele secvenței de interogare │
│ 2 │ int │ Lungimea secvenței de interogare │
│ 3 │ int │ Coordonata de început a interogării (pe baza 0) │
│ 4 │ int │ Coordonata finală a interogării (pe baza 0) │
│ 5 │ char │ `+' dacă interogare și țintă pe aceeași componentă; `-' dacă este opus │
│ 6 │ șir │ Numele secvenței țintă │
│ 7 │ int │ Lungimea secvenței țintă │
│ 8 │ int │ Coordonata de început țintă pe firul inițial │
│ 9 │ int │ Coordonata finală țintă pe firul original │
│ 10 │ int │ Numărul de baze de potrivire din mapare │
│ 11 │ int │ Baze de numere, inclusiv goluri, în mapare │
│ 12 │ int │ Calitatea cartografierii (0-255 cu 255 pentru lipsă) │
└────┴────────┴─────────────────────────────────── ──────────────────────────┘

Când alinierea este disponibilă, coloana 11 oferă numărul total de potriviri de secvență,
nepotriviri și lacune în aliniere; coloana 10 împărțită la coloana 11 oferă alinierea
identitate. Deoarece minimapa nu generează o aliniere detaliată, aceste două coloane sunt
aproximativ. PAF poate avea opțional câmpuri suplimentare în cheia-valoare tip SAM
format. Minimap scrie numărul de accesări ale minimizatorului dintr-un cluster în eticheta cm.

Utilizați minimapa online folosind serviciile onworks.net