Aceasta este prima comandă care poate fi rulată în furnizorul de găzduire gratuit OnWorks folosind una dintre multiplele noastre stații de lucru online gratuite, cum ar fi Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows sau emulator online MAC OS
PROGRAM:
NUME
primeri - versiune simplă a primerului 3 pentru a alege primeri PCR
REZUMAT
grunduri -secvenţă seqall [-regiune tinta gamă] [-dimensiune minimă întreg] [-dimensiune maxima întreg]
[-maxdifftm pluti] [-explica steagul boolean] [-numreturn întreg] -outfile outfile
grunduri -Ajutor
DESCRIERE
grunduri este un program de linie de comandă de la EMBOSS („The European Molecular Biology Open
Suita de software”). Face parte din grupul (grupurile) de comandă „Nucleic:Primers”.
OPŢIUNI
Intrare secțiune
-secvenţă seqall
Secvența din care să aleagă primerii. Secvența trebuie prezentată 5' -> 3'
Suplimentar secțiune
-regiune tinta gamă
Dacă se specifică una sau mai multe ținte, atunci o pereche de primer legală trebuie să flancheze cel puțin una
dintre ei. O țintă poate fi un site de repetare a secvenței simple (de exemplu, o repetiție CA) sau
un polimorfism cu o singură pereche de baze. Valoarea ar trebui să fie o listă separată de spațiu
, perechi unde este indicele primei baze a unei ținte și
este ultimul Eg 50,51 necesită primeri pentru a înconjura cele 2 baze la pozițiile 50
și 51.
-dimensiune minimă întreg
Lungimea minimă acceptabilă a unui grund. Trebuie să fie mai mare decât 0 și mai mic sau egal
la MAX-SIZE. Valoare implicită: 18
-dimensiune maxima întreg
Lungimea maximă acceptabilă (în baze) a unui grund. În prezent, acest parametru nu poate fi
mai mare de 35. Această limită este guvernată de dimensiunea maximă de oligo pentru care Primer3
temperatura de topire este valabila. Valoare implicită: 27
-maxdifftm pluti
Diferența maximă acceptabilă (nesemnată) între temperaturile de topire ale
primeri înainte și invers. Valoare implicită: 100.0
producție secțiune
-explica steagul boolean
Dacă acest steag este diferit de 0, produci ieșire LEFT-EXPLAIN și RIGHT-EXPLAIN, care sunt
destinat să furnizeze informații despre numărul de perechi de primeri pe care Primer3 le-a examinat,
și statistici privind numărul aruncat din diverse motive. Valoarea implicită: N
-numreturn întreg
Numărul maxim de perechi de primeri de returnat. Perechile de primeri returnate sunt sortate după
„calitatea” lor, cu alte cuvinte prin valoarea funcției obiectiv (unde este mai mică
numărul indică o pereche de primeri mai bună). Atenție: setarea acestui parametru la o valoare mare
valoarea va crește timpul de funcționare. Valoare implicită: 5
-outfile outfile
Utilizați primerse online folosind serviciile onworks.net
