Aceasta este comanda Psequin care poate fi rulată în furnizorul de găzduire gratuit OnWorks folosind una dintre multiplele noastre stații de lucru online gratuite, cum ar fi Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows sau emulator online MAC OS
PROGRAM:
NUME
Psequin - trimiteți secvențele la Genbank, EMBL și DDBJ
REZUMAT
Psequin [-b] [-bse] [-e] [-f nume de fișier] [-gc] [-h] [-oldaln] [-oldasn] [-oldgph] [-vechi secv]
[-sursa veche] [-s] [-w] [-x]
DESCRIERE
Psequin este un program conceput pentru a ajuta la trimiterea de secvențe către GenBank, EMBL,
și baze de date cu secvențe DDBJ. A fost scris la Centrul Național de Biotehnologie
Informații, parte a Bibliotecii Naționale de Medicină de la National Institutes of
Sănătate.
Psequin poate asambla elementele esențiale ale unei înregistrări GenBank dintr-un format simplu FASTA
fișiere text. De exemplu, programul obține codul genetic adecvat de la un organism
nume și determină automat intervalele regiunii de codificare prin traducere inversă din
secvență de proteine. O fereastră de ajutor on-line derulează la locul potrivit ca utilizator
se deplasează între și în interiorul formularelor de introducere a datelor, oferind detalii relevante despre ce informații sunt
așteptat.
Psequin conține, de asemenea, o serie de funcții de validare încorporate pentru asigurarea calității.
Caracteristici precum site-urile de îmbinare și traducerile regiunilor de codificare sunt verificate pentru acuratețe sau
Consistenta interna. Făcând dublu clic pe un mesaj de eroare, se lansează un editor adecvat
prin care utilizatorul poate corecta orice probleme.
Psequin oferă vizualizări live, pe care se poate face clic, ale datelor într-o varietate de formate, inclusiv a
formular de raport, fișier plat GenBank, fișier plat EMBL și o vizualizare grafică. Făcând dublu clic pe un
element în oricare dintre aceste formate lansează un editor pentru acel articol. Editorul este capabil
menținerea pozițiilor corecte ale tabelului de caracteristici pe măsură ce secvența de bază este editată. Poate
afișează caracteristicile secvenței în timpul editării și permite intervalele de caracteristici să fie
reglat prin manipulare directă.
OPŢIUNI
-b Modul Bioseq-set
-bse modul binseqentry
-e Modul Entrez
-f nume de fișier
citeste din nume de fișier
-gc modul centru al genomului
-h dezactivați ajutorul automat
-oldaln
utilizați un vechi cititor de aliniere
-oldasn
lasa ca vechi ASN.1
-oldgph
utilizați vizualizarea grafică veche
-vechi secv
utilizați vechea vizualizare a secvenței
-sursa veche
utilizați vechiul format sursă de fișier plat
-s modul subinstrument
-w modul banc de lucru
-x citit de la intrarea standard
Utilizați Psequin online folosind serviciile onworks.net
