Aceasta este comanda subread-buildindex care poate fi rulată în furnizorul de găzduire gratuit OnWorks folosind una dintre multiplele noastre stații de lucru online gratuite, cum ar fi Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows sau emulator online MAC OS
PROGRAM:
NUME
subread-buildindex - construiește un index al spațiului de bază sau al spațiului de culoare folosind referința
Secvențele
UTILIZARE
subread-buildindex [Opțiuni] -o {FASTA fișier1} [FASTA fișier2]...
Argumente necesare:
-o
numele de bază al indexului care urmează să fie creat
Argumente opționale:
-F construi un index complet pentru genomul de referință. Se vor extrage sub-citurile de 16 pb din
fiecare poziție a genomului de referință. Dimensiunea indexului este de obicei de 3 ori mai mare decât
dimensiunea indexului construit din setarea implicită.
-B creați un bloc de index. Indexul construit nu va fi împărțit în mai multe bucăți.
Acest lucru face ca cea mai mare cantitate de memorie să fie solicitată atunci când rulează aliniamente, dar
permite atingerea vitezei maxime de cartografiere. Această opțiune anulează -M cand
este de asemenea furnizat.
-M
dimensiunea memoriei solicitate (RAM) în megaocteți, 8000 implicit.
-f
specificați pragul pentru eliminarea subciturilor neinformative (16mers foarte repetitive
în referință). 100 implicit.
-c construiți un index al spațiului de culoare.
-v versiunea de ieșire a programului.
Pentru mai multe informații despre aceste argumente, vă rugăm să consultați Manualul de utilizare.
subcitire- 1.5.0-p1+dfsg-2
Utilizați subread-buildindex online folosind serviciile onworks.net
