Aceasta este comanda TransDecoder.Predict care poate fi rulată în furnizorul de găzduire gratuit OnWorks folosind una dintre multiplele noastre stații de lucru online gratuite, cum ar fi Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows sau emulator online MAC OS
PROGRAM:
NUME
Transdecoder - Transcriptome Protein Prediction
UTILIZARE
Necesar:
-t stenograme.fasta
Opțiuni comune:
--retain_long_orfs păstrează toate ORF-urile găsite care sunt egale sau mai lungi decât aceste multe nucleotide, chiar dacă nu există alte dovezi
îl marchează ca codare (implicit: 900 bp => 300aa)
--retain_pfam_hits /path/to/pfam_db.hmm pentru a căuta
folosind hmmscan (care ar trebui să fie accesibil prin setarea PATH)
--retain_blastp_hits
Opţiuni avansate
--tren Fișier FASTA cu ORF-uri pentru a antrena Markov Mod pentru identificarea proteinelor; in caz contrar
cele mai lungi ORF neredundante utilizate
-T Dacă nu --train, top cele mai lungi ORF pentru a antrena modelul Markov (statistici hexamer) (implicit: 500)
2015-12-28 TRANSDECODER.PREDICTOR(1)
Utilizați TransDecoder.Predict online folosind serviciile onworks.net
