Aceasta este aplicația Linux numită clusterProfiler, a cărei ultimă versiune poate fi descărcată sub numele clusterProfilersourcecode.tar.gz. Poate fi rulată online în furnizorul de găzduire gratuită OnWorks pentru stații de lucru.
Descărcați și rulați online această aplicație numită clusterProfiler cu OnWorks gratuit.
Urmați aceste instrucțiuni pentru a rula această aplicație:
- 1. Ați descărcat această aplicație pe computer.
- 2. Introduceți în managerul nostru de fișiere https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX cu numele de utilizator pe care îl doriți.
- 3. Încărcați această aplicație într-un astfel de manager de fișiere.
- 4. Porniți emulatorul online OnWorks Linux sau Windows online sau emulatorul online MACOS de pe acest site web.
- 5. Din sistemul de operare OnWorks Linux pe care tocmai l-ați pornit, accesați managerul nostru de fișiere https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX cu numele de utilizator dorit.
- 6. Descărcați aplicația, instalați-o și rulați-o.
SCREENSHOTS
Ad
clusterProfiler
DESCRIERE
clusterProfiler este un pachet R/Bioconductor care oferă un flux de lucru unificat pentru analiza de îmbogățire funcțională, în vederea interpretării rezultatelor omice de mare randament. Acesta acceptă atât analiza de suprareprezentare, cât și analiza de îmbogățire a seturilor de gene, permițându-vă să lucrați cu liste de gene neclasificate sau statistici clasificate din conducte diferențiale. Pachetul se conectează la mai multe baze de cunoștințe - cum ar fi Gene Ontology, KEGG, Reactome, Disease Ontology, MeSH și altele - printr-o interfață consistentă, astfel încât să puteți interoga diferite lentile biologice fără a rescrie codul. Este conceput pentru o gamă largă de aplicații, acoperind caracteristici de codificare și necodificare și mii de organisme, utilizând adnotări actualizate continuu. Rezultatele sunt returnate în structuri ordonate, ușor de manipulat, și se asociază în mod natural cu funcții bogate de vizualizare (prin intermediul instrumentelor complementare) pentru a rezuma căile, termenii și relațiile dintre gene și set.
Categorii
- Fluxuri de lucru ORA și GSEA unificate pe mai multe surse de adnotare
- Suport larg pentru specii folosind adnotări genetice actualizate
- Rezultate ordonate care se integrează perfect cu conductele de date R din aval
- Vizualizare încorporată a rezultatelor îmbogățirii prin intermediul instrumentelor de reprezentare grafică însoțitoare
- Utilitare de comparare multi-grup (de exemplu, compareCluster) pentru analiza condițiilor încrucișate
- Vinete și manuale detaliate pentru studii de îmbogățire complete, reproductibile
Limbaj de programare
R
Categorii
Aceasta este o aplicație care poate fi descărcată și de la https://sourceforge.net/projects/clusterprofiler.mirror/. A fost găzduită în OnWorks pentru a putea fi rulată online în cel mai simplu mod de pe unul dintre sistemele noastre de operare gratuite.
