Aceasta este aplicația Linux numită simulate_pcr a cărei ultimă versiune poate fi descărcată ca simulate_PCR-v1.2.tar.gz. Poate fi rulat online în furnizorul de găzduire gratuit OnWorks pentru stații de lucru.
Descărcați și rulați online această aplicație numită simulate_pcr cu OnWorks gratuit.
Urmați aceste instrucțiuni pentru a rula această aplicație:
- 1. Ați descărcat această aplicație pe computer.
- 2. Introduceți în managerul nostru de fișiere https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX cu numele de utilizator pe care îl doriți.
- 3. Încărcați această aplicație într-un astfel de manager de fișiere.
- 4. Porniți emulatorul online OnWorks Linux sau Windows online sau emulatorul online MACOS de pe acest site web.
- 5. Din sistemul de operare OnWorks Linux pe care tocmai l-ați pornit, accesați managerul nostru de fișiere https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX cu numele de utilizator dorit.
- 6. Descărcați aplicația, instalați-o și rulați-o.
simulate_pcr
Ad
DESCRIERE
Evaluarea specificității primerului și prezicerea produselor de amplificare atât dorite, cât și în afara țintei este un pas esențial pentru proiectarea robustă a testului PCR. Acest script prezice potențialii ampliconi de reacție în lanț a polimerazei (PCR) într-o bază de date cu secvențe mari, cum ar fi NCBI nt, fie dintr-un singleplex, fie dintr-un set mare de primeri multiplexați, permițând primeri degenerați și baze de sondă, cu toleranța nepotrivirii țintei și intervalul de lungime a ampliconului care să fie stabilite de către utilizatorul. Codul de simulare a ampliconilor PCR adnotă, de asemenea, ampliconii cu informații despre gene descărcate automat de la NCBI și, opțional, poate prezice dacă există și potriviri de sondă TaqMan/Luminex în ampliconii prezis. Este un script Perl de linie de comandă open source numit simulate_PCR.pl care apelează programele BLAST (Altschul, et al., 1990) makeblastdb, blastn și blastdbcmd și utilitarul NCBI efetch (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/efetch.fcgi).Aceasta este o aplicație care poate fi preluată și de la https://sourceforge.net/projects/simulatepcr/. A fost găzduit în OnWorks pentru a fi rulat online într-un mod cât mai ușor de pe unul dintre sistemele noastre operative gratuite.
