blast2 - Онлайн в облаке

ПРОГРАММА:

ИМЯ

bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp, импала, мегабласт, rpsblast,
seedtop - Базовый инструмент поиска местного выравнивания

СИНТАКСИС

bl2seq [-] [-A] [-D N] [-E N] [-F ул] [-G N] [-I "Начало остановить"] [-J "Начало остановить"] [-M ул]
[-S N] [-T] [-U] [-V] [-W N] [-X N] [-Y X] [-a имя файла] [-d N] [-e X] [-g F] -i имя файла
-j имя файла [-m] [-o имя файла] -p ул [-q N] [-r N] [-t N]

blast2 [-] [-B N] [-D N] [-C x] [-E N] [-F ул] [-G N] [-H] [-I "Начало остановить"]
[-J "Начало остановить"] [-K N] [-L] [-M ул] [-N] [-P X] [-Q N] [-R] [-S N] [-T N] [-W N] [-X N]
[-Y X] [-Z N] [-a N] [-b N] [-c] [-d ул] [-e X] [-f X] [-g] [-h N] [-i имя файла]
[-j имя файла] [-k ул] [-m N] [-n] [-o имя файла] -p ул [-q N] [-r N] [-с] [-т N] [-у]
[-в N] [-ш N] [-у N] [-з N]

взрыв [-] [-A N] [-B N] [-C x] [-D N] [-E N] [-F ул] [-G N] [-I] [-J] [-K N]
[-L старт, стоп] [-M ул] [-O имя файла] [-P N] [-Q N] [-R имя файла] [-S] [-T] [-U] [-V]
[-W N] [-X N] [-Y X] [-Z N] [-a N] [-b N] [-d ул] [-e X] [-f X] [-g F] [-i имя файла]
[-l ул] [-m N] [-n] [-o имя файла] -p ул [-q N] [-r N] [-s] [-t N] [-v N] [-w N] [-y X]
[-z X]

blastall_old [-] [-A N] [-B N] [-C x] [-D N] [-E N] [-F ул] [-G N] [-I] [-J] [-K N]
[-L старт, стоп] [-M ул] [-O имя файла] [-P N] [-Q N] [-R имя файла] [-S] [-T] [-U] [-W N]
[-X N] [-Y X] [-Z N] [-a N] [-b N] [-d ул] [-e X] [-f X] [-g F] [-i имя файла] [-l ул]
[-m N] [-n] [-o имя файла] -p ул [-q N] [-r N] [-s] [-t N] [-v N] [-w N] [-y X] [-z X]

взрывкл3 [-] [-A N] [-C x] [-D N] [-E N] [-F ул] [-G N] [-I] [-J] [-K N] [-L старт, стоп]
[-M ул] [-O имя файла] [-Q N] [-R] [-S] [-T] [-U] [-W N] [-X N] [-Y X] [-Z N] [-a N]
[-b N] [-d ул] [-e X] [-f X] [-g F] [-i имя файла] [-m N] [-n] [-o имя файла] -p ул [-q N]
[-r N] [-s] [-t N] [-u ул] [-v N] [-w N] [-y X] [-z X]

взрыв [-] [-A N] [-B имя файла] [-C имя файла] [-E N] [-F T] [-G N] [-H N] [-I] [-J]
[-K N] [-L N] [-M ул] [-N X] [-O имя файла] [-P N] [-Q имя файла] [-R имя файла] [-S N] [-T]
[-U] [-W N] [-X N] [-Y X] [-Z N] [-a N] [-b N] [-c N] [-d ул] [-e X] [-f N] [-h X]
[-i имя файла] [-j N] [-k имя файла] [-l ул] [-m N] [-o имя файла] [-p ул] [-q N] [-s]
[-t N[u]] [-u N] [-v N] [-y X] [-z N]

импала [-] [-E N] [-F ул] [-G N] [-H] [-I] [-J] [-M ул] [-O имя файла] [-P имя файла]
[-a N] [-b N] [-c N] [-d ул] [-e X] [-h X] [-i имя файла] [-j N] [-m N] [-o имя файла]
[-v N] [-y X] [-z N]

мегабласт [-] [-A N] [-D N] [-E N] [-F ул] [-G N] [-H N] [-I] [-J] [-L старт, стоп] [-M N]
[-N N] [-O имя файла] [-P N] [-Q имя файла] [-R] [-S N] [-T] [-U] [-V] [-W N] [-X N] [-Y X]
[-Z N] [-a N] [-b N] [-d ул] [-e X] [-f] [-g F] [-i имя файла] [-l ул] [-m N] [-n]
[-o имя файла] [-p X] [-q N] [-r N] [-t N] [-s N] [-v N] [-y N] [-z X]

рпсбласт [-] [-F ул] [-I] [-J] [-L старт, стоп] [-N X] [-O имя файла] [-P N] [-T] [-U]
[-X N] [-Y X] [-Z N] [-a N] [-b N] -d имя файла [-e X] [-i имя файла] [-l имя файла] [-m N]
[-o имя файла] [-p F] [-v N] [-y X] [-z N]

верхушка семян [-] [-C N] [-D N] [-E N] [-F] [-G N] [-I] [-J] [-K N] [-M ул] [-O имя файла]
[-S N] [-X N] [-d ул] [-e X] [-f] [-i имя файла] [-k имя файла] [-o имя файла] [-p ул]
[-q N] [-r N]

ОПИСАНИЕ

На этой странице руководства кратко описаны команды bl2seq, взрыв, взрыв, взрывкл3,
взрыв, импала, мегабласт, рпсбласткачества верхушка семян. Эти команды задокументированы
вместе, потому что у них много общих вариантов.

bl2seq выполняет сравнение двух последовательностей, используя либо blastn, либо blastp
алгоритм. Обе последовательности должны быть нуклеотидами или белками.

blast2 сравнивает последовательность либо с локальной базой данных, либо со второй последовательностью; Это
включает в себя большую часть функциональности обоих bl2seq и взрыв, но использует полу-
экспериментальный новый двигатель внутреннего сгорания.

взрыв и blastall_old найти лучшие совпадения в локальной базе данных для последовательности.
взрыв использует более новый движок, чем blastall_old по умолчанию, но поддерживает использование более старых
также двигатель (при вызове с опцией -V F).

взрывкл3 получает доступ к новейшей поисковой системе NCBI BLAST (версия 2.0). Программное обеспечение, лежащее в основе
BLAST версии 2.0 был написан с нуля, чтобы позволить BLAST справиться с новыми задачами.
поставленных базами данных последовательностей в ближайшие годы. Обновления этого программного обеспечения будут
продолжить в ближайшие годы.

взрыв выполняет поиск с пробелами и может использоваться для выполнения итеративного поиска в
режим пси-взрыва и фи-взрыва.

импала выполняет поиск в базе данных матриц оценок, подготовленных копирайт(1), производя BLAST-подобные
вывод.

мегабласт использует жадный алгоритм Webb Miller et al. для нуклеотидной последовательности
поиск выравнивания и объединяет множество запросов, чтобы сэкономить время, затрачиваемое на сканирование базы данных.
Эта программа оптимизирована для выравнивания последовательностей, которые незначительно отличаются в результате
секвенирование или другие подобные «ошибки». Это до 10 раз быстрее, чем обычно
программы подобия последовательностей и, следовательно, могут использоваться для быстрого сравнения двух больших наборов
последовательностей друг против друга.

рпсбласт (Обратный PSI-BLAST) выполняет поиск последовательности запросов в базе данных профилей.
Это противоположность PSI-BLAST, которая ищет профиль в базе данных последовательностей,
отсюда и "Обратный". рпсбласт использует алгоритм, подобный BLAST, для поиска одиночных или двойных слов
совпадений, а затем выполнение расширения без пробелов для этих совпадений кандидатов. Если
производится выравнивание без пропусков с достаточно высокой оценкой, выполняется удлинение с пропуском
и те (пропущенные) выравнивания с достаточно низким ожидаемым значением сообщаются. Этот
процедура отличается от IMPALA, который выполняет вычисление Смита-Уотермана между
запрос и каждый профиль, вместо того, чтобы использовать подход поиска по словам для определения совпадений, которые
следует продлить.

верхушка семян отвечает на два относительно простых вопроса:
1. Имея последовательность и базу данных шаблонов, какие шаблоны встречаются в последовательности.
и где?
2. При наличии шаблона и базы данных последовательностей, в которых последовательности содержат шаблон и
где?

Некоторые из этих команд поддерживают несколько типов сравнения, регулируемых -p
("программа") флаг:

blastp сравнивает аминокислотную запрашиваемую последовательность с базой данных белковых последовательностей.

blastn сравнивает запрашиваемую нуклеотидную последовательность с базой данных нуклеотидных последовательностей.

blastx сравнивает продукты концептуальной трансляции с шестью кадрами нуклеотидного запроса
последовательность (обе цепи) против базы данных последовательностей белков. Для bl2seq,
нуклеотид должен быть первой указанной последовательностью.

psitblastn сравнивает последовательность запроса белка с базой данных нуклеотидных последовательностей
динамически транслируется во всех шести рамках считывания (обе цепи) с использованием
специфическая для позиции матрица, созданная PSI-BLAST.

tblastn сравнивает последовательность запроса белка с базой данных нуклеотидных последовательностей
динамически транслируется во всех шести рамках считывания (обе цепи). Для bl2seq,
нуклеотид должен быть второй приведенной последовательностью.

tblastx сравнивает шестикадровые трансляции нуклеотидной запрашиваемой последовательности с
шестифреймовые трансляции базы данных нуклеотидных последовательностей.

ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ УСЛУГИ, НЕ ВКЛЮЧЕННЫЕ В ПАКЕТ

Сводка опций приведена ниже.

- Распечатать сообщение об использовании

-A (бл2сек)
Последовательности ввода в виде accession.version

-A N (blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp, мегабласт)
Размер окна множественных обращений; обычно по умолчанию 0 (для расширений с одним обращением), но
по умолчанию 40 при использовании несмежных шаблонов.

-B N (взрыв2)
Создавайте продукцию на лету:
0 нет (по умолчанию)
1 таблица смещений и значений качества
2 добавить данные последовательности
3 текст АСН.1
4 двоичных ASN.1

-B N (взрывной, взрывной_старый)
Количество конкатенированных запросов в режиме blastn или tblastn

-B имя файла (бластпгп)
Входной файл выравнивания для перезапуска PSI-BLAST

-C X (бласт2, бласталл, бласталл_старый, бласткл3)
Используйте статистику на основе состава для blastp или tblastn:
T, t, D или d
По умолчанию (эквивалентно 1 для blast2 и blastall_old и 2 для взрыв
и взрывкл3)
0, F или f
Нет статистики на основе композиции
1 Статистика на основе состава, как в NAR 29: 2994-3005, 2001
2 Корректировка баллов на основе композиции, как в Биоинформатика 21: 902-911, 2005 г.,
обусловлено свойствами последовательности
3 Корректировка баллов на основе композиции, как в Биоинформатика 21: 902-911, 2005 г.,
безоговорочно
При включении статистики в blastall, blastall_old или blastcl3 (т.е., а не взрыв2),
добавление u (без учета регистра) в режиме позволяет использовать унифицированные p-значения
объединение выравнивания и композиционных p-значений только в первом раунде.

-C имя файла (бластпгп)
Выходной файл для контрольной точки PSI-BLAST

-C N (верхушка семян)
Только оценка или нет (по умолчанию = 1)

-D N (бл2сек)
Выходной формат:
0 традиционный (по умолчанию)
1 табличный

-D N (бласт2, бласталл, бласталл_старый, бласткл3)
Перевести последовательности в базе данных в соответствии с генетическим кодом N in
/usr/share/ncbi/data/gc.prt (по умолчанию 1; применяется только к tblast *)

-D N (мегабласт)
Тип вывода:
0 конечных точек выравнивания и оценка
1 все конечные точки незащищенных сегментов
2 традиционных выхода BLAST (по умолчанию)
3 однострочных формата с разделителями табуляции
4 инкрементальный текст ASN.1
5 инкрементальных двоичных ASN.1

-D N (верхушка семян)
Снижение стоимости для согласования (по умолчанию = 99999)

-E N (bl2seq, blastcl3, мегабласт)
Затраты на расширение разрыва N (-1 вызывает поведение по умолчанию)

-E N (взрыв2, взрыв, взрыв_старый)
Затраты на расширение разрыва N (-1 вызывает поведение по умолчанию: неаффинный, если жадный, 2
иначе)

-E N (blastpgp, импала, сидтоп)
Затраты на расширение разрыва N (по умолчанию 1)

-F ул (bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastpgp,
blastcl3, impala, megablast, rpsblast) Параметры фильтра для DUST или SEG; по умолчанию
T для bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastcl3 и megablast, а также для F для
blastpgp, impala и rpsblast.

-F (верхушка семян)
Последовательность фильтров с помощью SEG.

-G N (bl2seq, blastcl3, мегабласт)
Открытие разрыва стоит N (-1 вызывает поведение по умолчанию)

-G N (взрыв2, взрыв, взрыв_старый)
Открытие разрыва стоит N (-1 вызывает поведение по умолчанию: неаффинный, если жадный, 5, если
с использованием динамического программирования)

-G N (blastpgp, импала, сидтоп)
Открытие разрыва стоит N (по умолчанию 11)

-H (взрыв2)
Создание вывода HTML

-H N (бластпгп)
Конец требуемой области в запросе (-1 означает конец запроса)

-H (импала)
Распечатать справку (отличается от сообщения об использовании)

-H N (мегабласт)
Максимальное количество HSP для сохранения на последовательность базы данных (по умолчанию 0, неограниченно)

-I "Начало остановить"(bl2seq, blast2)
Расположение в первой (запросной) последовательности (применяется только в том случае, если файл указан с помощью -i содержит
одиночная последовательность)

-I (blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp, импала, мегабласт,
rpsblast, seedtop) Показать GI в дефлайнах

-J "Начало остановить"(bl2seq, blast2)
Расположение во второй (субъектной) последовательности (применяется только в том случае, если файл указан с помощью -j
содержит одну последовательность)

-J (blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp, импала, мегабласт,
rpsblast, seedtop) Поверьте, определение запроса

-K N (blast2, blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp)
Количество лучших хитов из региона, которые нужно сохранить. По умолчанию выключено. Если использовалось значение 100
Рекомендовано. Очень высокие значения -v or -b также предлагаются.

-K N (верхушка семян)
Множитель размера внутреннего буфера попаданий (по длине запроса; по умолчанию = 2)

-L (взрыв2)
Используйте (классический Mega BLAST) справочную таблицу шириной 12

-L старт, стоп (blastall, blastall_old, blastcl3, мегабласт,
rpsblast) Местоположение в последовательности запроса (для rpsblast, действительно только в режиме blastp)

-M ул (bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastcl3,
blastpgp, impala, seedtop) Использовать матрицу ул (по умолчанию = BLOSUM62)

-M N (мегабласт)
Максимальная общая длина запросов для одного поиска (по умолчанию = 5000000)

-N (взрыв2)
Показывать только образцы для идентификаторов последовательностей в табличном выводе

-N X (бластпгп, рпсбласт)
Число битов, в которых запускается разрыв (по умолчанию = 22.0)

-N N (мегабласт)
Тип шаблона несмежного слова:
0 кодировка (по умолчанию)
1 оптимальный
2 двух одновременных

-O имя файла (бласталл, бласталл_старый, бласткл3,
blastpgp, impala, megablast, rpsblast, seedtop) выравнивание последовательностей записи (ASN.1)
в имя файла; действительно только для blastpgp, impala, rpsblast и seedtop с -Jкачества
действительно только для мегабласта с -D2.

-P X (взрыв2)
Отсечка процента идентичности

-P N (blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp, rpsblast)
Установите 1 для режима одиночного попадания или 0 для режима множественного попадания (по умолчанию). Не применяется
взорвать.

-P имя файла (импала)
Чтение профилей матриц из базы данных имя файла

-P N (мегабласт)
Максимальное количество позиций для хеш-значения (0 [по умолчанию] игнорировать)

-Q N (бласт2, бласталл, бласталл_старый, бласткл3)
Перевести запрос в соответствии с генетическим кодом N в /usr/share/ncbi/data/gc.prt (по умолчанию
равно 1)

-Q имя файла (бластпгп)
Выходной файл для матрицы PSI-BLAST в ASCII

-Q имя файла (мегабласт)
Вывод маскированного запроса; требует -D 2

-R (взрыв2)
Вычислите локально оптимальные выравнивания Смита-Уотермана. (Эта опция доступна только
для зазоров тбластн.)

-R имя файла (взрывной, взрывной_старый)
Прочитать файл контрольной точки PSI-TBLASTN имя файла

-R (бласткл3)
Взрывной поиск RPS

-R имя файла (бластпгп)
Входной файл для перезапуска PSI-BLAST

-R (мегабласт)
Сообщите информацию журнала в конце вывода

-S N (bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastcl3,
megablast) Нити запросов для поиска по базе данных для blastn, blastx, tblastx:
1 сверху
2 снизу
3 оба (по умолчанию)

-S N (бластпгп)
Начало требуемого региона в запросе (по умолчанию = 1)

-S N (верхушка семян)
Стоимость отсечения (по умолчанию = 30)

-T (bl2seq, blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp, мегабласт,
rpsblast) Создание вывода HTML

-T N (взрыв2)
Тип шаблона несмежного слова:
0 кодировка (по умолчанию)
1 оптимальный
2 двух одновременных

-U (bl2seq, blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp, мегабласт,
rpsblast) Использовать фильтрацию нижнего регистра для последовательности запроса

-V (bl2seq, взрыв, мегабласт)
Принудительное использование устаревшего движка

-V (взрыв2)
Используйте подход с переменным размером слова для сканирования базы данных

-W N (bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastcl3,
blastpgp, megablast, rpsblast) Используйте слова размера N (длина наилучшего идеального совпадения;
ноль вызывает поведение по умолчанию, за исключением мегабласта, который по умолчанию равен 28, и
blastpgp, значение по умолчанию - 3. Значения по умолчанию для других команд меняются в зависимости от
"программа": 11 для бластна, 28 для мегабласта и 3 для всего остального.)

-X N (bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastcl3,
blastpgp, megablast, rpsblast, seedtop) Значение спада X для выравнивания с зазором (в
бит) (ноль вызывает поведение по умолчанию, за исключением мегабласта, который по умолчанию равен 20,
а также rpsblast и seedtop, которые по умолчанию равны 15. Значения по умолчанию для других
команды различаются в зависимости от "программы": 30 для blastn, 20 для мегабластов, 0 для tblastx и
15 для всего остального.)

-Y X (bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastcl3,
blastpgp, megablast, rpsblast) Эффективная длина области поиска (используйте ноль для
реальный размер)

-Z N (blast2, blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp,
megablast, rpsblast) Значение выпадения X для окончательного [динамического программирования?] пропущено
выравнивание в битах (по умолчанию 100 для blastn и megablast, 0 для tblastx, 25 для
другие)

-a имя файла (бл2сек)
Записать текстовый вывод ASN.1 в имя файла

-a N (blast2, blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp,
impala, megablast, rpsblast) Количество используемых потоков (по умолчанию - один)

-b N (blast2, blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp,
impala, megablast, rpsblast) Количество последовательностей базы данных для отображения выравнивания для
(B) (по умолчанию 250)

-c (взрыв2)
Нижний регистр маски

-c N (импала)
Константа в псевдосчетах для многопроходной версии; 0 (по умолчанию) использует метод энтропии;
в противном случае рекомендуется значение около 30

-c N (импала)
Константа в псевдосчетах для многопроходной версии (по умолчанию 10)

-d N (бл2сек)
Используйте теоретический размер БД N (ноль означает реальный размер)

-d ул (blast2, blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp,
impala, megablast, seedtop) База данных для использования (по умолчанию - nr для всех исполняемых файлов.
кроме blast2, для которого требуется вторая последовательность FASTA, если она не установлена)

-d имя файла (рпсбласт)
База данных RPS BLAST

-e X Ожидаемое значение (E) (по умолчанию = 10.0)

-f X (бласт2, бласталл, бласталл_старый, бласткл3)
Порог для расширения попаданий, по умолчанию, если ноль: 0 для blastn и megablast, 11 для
blastp, 12 для blastx и 13 для tblasn и tblastx.

-f N (бластпгп)
Порог для увеличения количества обращений (по умолчанию 11)

-f (мегабласт)
Показывать полные идентификаторы в выводе (по умолчанию: только GI или присоединения)

-f (верхушка семян)
Принудительный поиск шаблонов, даже если они слишком вероятны

-g F (bl2seq, бласталл, бласталл_старый, бластл3)
Не выполнять выравнивание с зазором (N / A для tblastx)

-g (взрыв2)
Используйте жадный алгоритм для расширений с пробелами

-g F (мегабласт)
Заставить несмежные мегабласти генерировать слова для каждой базы базы данных
(обязательно с текущим движком BLAST)

-h N (взрыв2)
Штраф за сдвиг кадра за промежуток вне кадра (только blastx, tblastn; по умолчанию
нуль)

-h X (blastpgp, импала)
Пороговое значение e-value для включения в многопроходную модель (по умолчанию = 0.002 для blastpgp,
0.005 для импалы)

-i имя файла
Прочитать (сначала, запрос) последовательность или установить из имя файла (по умолчанию stdin; не требуется для
blastpgp при перезапуске с игрового поля)

-j имя файла (bl2seq, взрыв2)
Прочитать вторую (тему) последовательность или установить из имя файла

-j N (бластпгп)
Максимальное количество проходов для использования в многопроходной версии (по умолчанию = 1)

-k ул (взрыв2)
Шаблон для PHI-BLAST

-k имя файла (blastpgp, сидтоп)
Входной файл совпадений для PHI-BLAST (по умолчанию = hit_file)

-l ул (blastall, blastall_old, blastpgp, мегабласт)
Ограничить поиск в базе данных списком GI [String]

-l имя файла (рпсбласт)
Записывать сообщения в имя файла а не стандартная ошибка.

-m (бл2сек)
Используйте Mega Blast для поиска

-m N (blast2, blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp,
impala, megablast, rpsblast) параметры вида выравнивания:
0 попарно (по умолчанию)
1 привязанный к запросу, показывающий личности
2 с привязкой к запросу, без идентификаторов
3 плоских привязанных к запросу, показать личности
4 плоских привязанных к запросу, без идентификаторов
5 привязанных к запросу, без идентичностей и тупых концов
6 плоских привязанных к запросу, без идентичностей и тупых концов
7 Вывод XML Blast (недоступен для impala)
8 табличных (недоступно для impala)
9 таблиц со строками комментариев (недоступно для impala)
10 Текст ASN.1 (недоступен для impala или rpsblast)
11 Бинарный файл ASN.1 (недоступен для impala или rpsblast)

-n (взрыв2)
Показать GI в идентификаторах последовательностей

-n (бласталл, бласталл_старый, бласткл3)
MegaBlast поиск

-n (мегабласт)
Используйте не жадное (динамическое программирование) расширение для оценок аффинных разрывов

-o имя файла
Напишите окончательный отчет о согласовании на имя файла а не стандартный вывод

-p ул (bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastcl3)
Воспользуйтесь «программой» (тип сравнения) ул, ОПИСАНИЕ раздел охватывает это
вариант поподробнее.

-p ул (бластпгп)
программная опция для PHI-BLAST (по умолчанию = blastpgp)

-p X (мегабласт)
Отсечка процента идентичности (по умолчанию = 0)

-p F (рпсбласт)
Последовательность запроса - это нуклеотид, а не белок

-p ул (верхушка семян)
название программы:
patmatchp указывает, какие шаблоны встречаются в последовательности
patternp указывает, какие последовательности содержат шаблон

-q N (bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastcl3,
megablast, seedtop) Штраф за несоответствие нуклеотидов (только blastn) (по умолчанию = -10
для сид-топа, -3 для всего остального)

-q N (бластпгп)
ASN.1 Scoremat ввод данных контрольной точки:
0 без ввода очков (по умолчанию)
1 перезапуск из файла контрольной точки ASCII Scoremat
2 перезапуск из двоичного файла контрольной точки счета

-r N (bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastcl3,
megablast, seedtop) Награда за совпадение нуклеотидов (только blastn) (по умолчанию = 10 для
seedtop, -10 для всего остального)

-s (взрыв2)
No-op (ранее требовалось генерировать слова для каждой базы базы данных)

-s (бласталл, бласталл_старый, бласткл3, бластпгп)
Вычислить локально оптимальные выравнивания Смита-Уотермана. Для blastall, blastall_old и
blastcl3, это доступно только в режиме tblastn с пробелами.

-s N (мегабласт)
Минимальная оценка попаданий для отчета (0 для поведения по умолчанию)

-t N (bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastcl3)
Длина несмежного шаблона слова (самый большой интрон, допустимый в переведенном
нуклеотидная последовательность при связывании нескольких различных назначений; по умолчанию = 0;
отрицательные значения отключают связывание для blastall, blastall_old и blastcl3.)

-t N[u] (бластpgp)
Корректировка баллов на основе композиции. Первый символ интерпретируется следующим образом:
0, F или f
нет статистики на основе состава
1 статистика на основе композиции, как в NAR 29: 2994-3005, 2001
2, T или t
корректировка баллов на основе композиции, как в Биоинформатика 21: 902-911, 2005 г.,
обусловлено свойствами последовательности в первом раунде (по умолчанию)
3 корректировка баллов на основе композиции, как в Биоинформатика 21: 902-911, 2005 г.,
безоговорочно в 1 раунде

Когда используется статистика на основе композиции, добавление u (без учета регистра) в
аргумент запрашивает унифицированное p-значение, объединяющее p-значение выравнивания и композиционное p-
значение только в первом раунде.

-t N (мегабласт)
Длина шаблона несмежных слов (непрерывное слово, если 0 [по умолчанию])

-u (взрыв2)
Выполнять только выравнивание без пробелов (всегда TRUE для tblastx)

-u ул (бласткл3)
Ограничить поиск в базе данных результатами поиска Entrez2

-u N (бластпгп)
Вывод данных контрольной точки ASN.1 Scoremat:
0 без вывода результатов (по умолчанию)
1 выходной файл контрольной точки ASCII Scoremat (требуется -J)
2 выходной двоичный файл контрольной точки оценки (требуется -J)

-v N (blast2, blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp,
impala, megablast, rpsblast) Количество отображаемых однострочных описаний (V) (по умолчанию =
500)

-w N (взрыв2)
Размер окна (макс. Допустимое расстояние между парой начальных попаданий; 0 вызывает
поведение по умолчанию, -1 отключает множественные попадания)

-w N (бласталл, бласталл_старый, бласткл3)
Штраф за сдвиг кадра (алгоритм OOF для blastx)

-y X (blast2, blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp,
impala, rpsblast) X dropoff для незащищенных расширений в битах (0.0 вызывает значение по умолчанию
поведение: 20 для бластна, 10 для мегабласта и 7 для всех остальных.)

-y N (мегабласт)
Значение X dropoff для расширения без пробелов (по умолчанию 10)

-z N (взрыв2)
Наибольшая длина интрона для неравномерного связывания HSP с разрывом (только tblastn; по умолчанию 0)

-z N (blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp, импала,
megablast, rpsblast) Эффективная длина базы данных (используйте ноль для реального размера)

Используйте blast2 онлайн с помощью сервисов onworks.net