Это команда bp_hmmer_to_tablep, которую можно запустить в бесплатном хостинг-провайдере OnWorks, используя одну из наших многочисленных бесплатных онлайн-рабочих станций, таких как Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS.
ПРОГРАММА:
ИМЯ
bp_hmmer_to_table - превратить вывод HMMER в табличный формат
СИНТАКСИС
bp_hmmer_to_table [-e фильтр значений] [-b фильтр битовых оценок] [--header] [-o выходной файл] входной файл1 входной файл2 ...
ОПИСАНИЕ
Параметры командной строки:
-e / - evalue evalue - фильтровать по evalue
-b / - bitscore bitscore - фильтровать по bitcore
--header - логический флаг для печати заголовка столбца
-o / - out - дополнительный выходной файл для записи данных,
иначе напишет в STDOUT
-h / - help - показать эту документацию
Технически это не сценарий SearchIO, поскольку он не использует никаких компонентов Bioperl, но является
полезно и быстро. Результатом является табличный вывод.
последовательность запросов / домен (они меняются местами для hmmsearch / hmmpfam)
начало запроса
конец запроса
имя домена / последовательности или присоединение к PFAM
нажмите старт
хит-конец
Гол
электронная стоимость
имя домена / последовательности (они переворачиваются для hmmsearch / hmmpfam)
АВТОР - Джейсон Стаджич
Джейсон Стаджич jason_at_bioperl-dot-org
Используйте bp_hmmer_to_tablep в Интернете с помощью сервисов onworks.net
