Это команда bp_revtrans-motifp, которую можно запустить в бесплатном хостинг-провайдере OnWorks, используя одну из наших многочисленных бесплатных онлайн-рабочих станций, таких как Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS.
ПРОГРАММА:
ИМЯ
bp_revtrans-motif - Обратный перевод Profam-подобного белкового мотива
Версия
Версия 0.01
СИНТАКСИС
Из файла:
bp_revtrans-motif.pl -i мотивы.txt
Использование труб:
bp_revtrans-motif.pl <motifs.txt> output.txt
Интерактивное использование в командной строке:
$ bp_revtrans-motif.pl
МААИЛ [ВИКП]
1. АТГГЦНГГАРГАРИТНВХН
[^ P] H (IW) {2,3}
2. NDNCAY (ATHTGG) {2,3}
ОПИСАНИЕ
Этот скрипт принимает на вход белковый мотив и возвращает вырожденный олигонуклеотид.
соответствующая ему последовательность. Основная причина этого - создание вырожденного
праймеры, которые амплифицируют данную последовательность последовательностей.
Входной мотив состоит из строки однобуквенных остатков с любым из следующих
синтаксические элементы:
[...] : Резервная позиция.
Положение, в котором допускается более одного остатка. Пример:
[TS] YW [RKSD]
^^ ^^^^
[^ ...] : Отрицательная позиция.
Положение, в котором допускается любой остаток, за исключением тех, которые находятся в скобках. Пример:
[^ PW] MK [LAE]
^^
(...) {п, м, ...} : Повторяющийся мотив.
Мотив, который повторяется n or m раз. Он может иметь любую из предыдущих синтаксических
элементы. Пример:
A [SN] C (TXX) {2,4,8}
^^^
Разрешенные буквы соответствуют 20 натуральным аминокислотам, плюс:
В = Н + Д
Z = Q + Е
X = Все
ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ УСЛУГИ, НЕ ВКЛЮЧЕННЫЕ В ПАКЕТ
-i входной файл:
Файл со списком мотивов для обратного перевода.
-h
Отобразите это справочное сообщение.
Используйте bp_revtrans-motifp онлайн с помощью сервисов onworks.net
