cmemit - Интернет в облаке

ПРОГРАММА:

ИМЯ

cmemit - примеры последовательностей из ковариационной модели

СИНТАКСИС

cmemit [опции]

ОПИСАНИЕ

Ассоциация cmemit программные образцы (испускают) последовательности из ковариационной модели (моделей) в , и
записывает их на вывод. Последовательности отбора проб могут быть полезны для различных целей,
включая создание синтетических истинных положительных результатов для тестов или тестов.

По умолчанию отбираются десять невыровненных последовательностей из каждого CM. В качестве альтернативы с помощью -c
вариант, вы можете создать единую консенсусную последовательность, основанную на правилах большинства; или с -a вариант, вы
может излучать выравнивание.

Ассоциация может содержать библиотеку CM, и в этом случае каждый CM будет использоваться по очереди.

может быть '-' (тире), что означает чтение этого ввода из STDIN а не файл.

Для моделей с нулевыми базовыми парами последовательности выбираются из профиля HMM-фильтра.
СМ. Однако, поскольку эти модели будут практически идентичны (если не будут специальные опции
были использованы в cmbuild чтобы предотвратить это), использование HMM вместо CM не изменит
выход в значительной степени, если только -l опция используется. С участием -л, HMM будет
настроен для равновероятных начальных и конечных положений модели, в то время как CM не будет. Вы можете
сила cmemit всегда пробовать из CM с --нохммонально опцию.

ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ УСЛУГИ, НЕ ВКЛЮЧЕННЫЕ В ПАКЕТ

-h Помощь; напечатайте краткое напоминание об использовании командной строки и доступных параметрах.

-o Сохраните синтетические последовательности в файл вместо того, чтобы записывать их в стандартный вывод.

-N Порождать последовательности. Значение по умолчанию для это 10.

-u Запишите сгенерированные последовательности в невыровненном формате (FASTA). Это по умолчанию
поведение.

-a Запишите сгенерированные последовательности в выровненном формате (СТОКГОЛЬМ) с консенсусом
аннотация структуры, а не FASTA. Другие форматы вывода возможны с
- форматировать опцию.

-c Прогнозировать единую согласованную последовательность по правилу большинства вместо последовательностей выборки
из распределения вероятностей CM. Высококонсервативные остатки (пары оснований
остатки с оценкой выше 3.0 бит или одноцепочечные остатки с оценкой
выше 1.0 бит) отображаются в верхнем регистре; другие показаны строчными буквами.

-e Встраивайте излучаемые CM последовательности в более крупную случайно сгенерированную последовательность длины
сгенерированный из HMM, который был обучен на реальных геномных последовательностях с различными
Содержимое GC (тот же HMM, что и см калибровать). Вы можете использовать --иид вариант
вместо этого сгенерируйте 25% последовательности A, C, G и U. Последовательность передачи CM начнется
в случайном месте в большей последовательности и будет включен в ее
целостность, если --u5p or --u3p используются варианты. Когда -e используется в
сочетание с --у5п, Последовательность, излучаемая CM, всегда начинается с позиции 1
последовательность большего размера и будет усечена на 5 '. При использовании в сочетании --u3p CM
испускаемая последовательность всегда будет заканчиваться на позиции большей последовательности и будет
усеченный 3 '.

-l Настройте CM в локальный режим перед отправкой последовательностей. По умолчанию модель
будет в глобальном режиме. В локальном режиме большие вставки и удаления более удобны.
чаще, чем в глобальном режиме.

ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ УСЛУГИ, НЕ ВКЛЮЧЕННЫЕ В ПАКЕТ Для ОБРЕЗКА ВЫДЕЛАНО ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТИ

--u5p Обрезать все испускаемые последовательности в случайно выбранной начальной позиции , только
вывод остатков, начиная с . Случайно выбирается другая начальная точка
для каждой последовательности.

--u3p Обрезать все испускаемые последовательности в произвольно выбранной конечной позиции , только
вывод остатков до позиции . Случайно выбирается другая конечная точка
для каждой последовательности.

--a5p
В сочетании с -a вариант, усекать излучаемое выравнивание случайным образом
выбранная позиция начала матча , путем вывода только столбцов выравнивания для позиций
после состояния матча - 1. должно быть целым числом от 0 до консенсуса
длина модели (которую можно определить с помощью cmstat программа. Как особый
случае, используя 0 как приведет к случайному выбору начальной позиции.

--a3p
В сочетании с -a вариант, усекать излучаемое выравнивание случайным образом
выбранная позиция в конце матча , путем вывода только столбцов выравнивания для позиций
перед состоянием матча +1 должно быть целым числом от 1 до консенсуса
длина модели (которую можно определить с помощью cmstat программа). Как
особый случай, используя 0 как приведет к случайному выбору конечной позиции.

ДРУГИЕ ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ УСЛУГИ, НЕ ВКЛЮЧЕННЫЕ В ПАКЕТ

--семя
Заполните генератор случайных чисел , целое число> = 0. Если ненулевой,
будет воспроизводимость стохастической выборки последовательностей; та же команда даст
те же результаты. Если равно 0, генератор случайных чисел заполняется произвольно,
и стохастическая выборка будет варьироваться от запуска к запуску одной и той же команды. В
начальное число по умолчанию - 0.

--иид Доступно -е, генерировать более крупные последовательности по 25% каждая A, C, G и U.

--РНК Укажите, что испускаемые последовательности выводятся как последовательности РНК. Это правда
по умолчанию.

--ДНК Укажите, что испускаемые последовательности выводятся как последовательности ДНК. По умолчанию
выходной алфавит - РНК.

--idx
Укажите, что имена излучаемых последовательностей начинаются с . . By
по умолчанию это 1.

- форматировать
Доступно -a укажите формат выравнивания вывода как . Допустимые форматы: Pfam,
AFA, A2M, Clustal и Phylip. AFA выровнен фаста. Только Пфам и Стокгольм
форматы выравнивания будут включать аннотации согласованной структуры.

--tfile
Дамп парсетов табличных последовательностей (трассировки) для каждой испускаемой последовательности в файл
. В первую очередь полезно для отладки.

--exp
Возведем в степень вероятности излучения и перехода CM с помощью , а затем
перенормировать эти распределения перед выдачей последовательностей. Эта опция изменяет
Распределение вероятностей CM для деревьев синтаксического анализа относительно значения по умолчанию. С участием меньше, чем
1.0 испускаемые последовательности будут иметь более низкие битовые оценки при выравнивании с
СМ. С участием больше 1.0, излучаемые последовательности будут иметь более высокий бит
баллы при выравнивании с CM. Эта разница в битах будет увеличиваться по мере того, как
перемещается дальше от 1.0 в любом направлении. Если равно 1.0, этот параметр
не действует по умолчанию. Эта опция полезна для генерации последовательностей
которые либо сложнее ( <1.0) или проще ( > 1.0) для CM до
отличить как гомологичный от фона, случайную последовательность.

- молча
Излучать из профиля фильтра HMM вместо CM.

--нохммонально
Никогда не испускайте излучение из профиля фильтра HMM, всегда используйте CM, даже для моделей с
нулевые пары оснований.

Используйте cmemit онлайн с помощью сервисов onworks.net