Это командный дельта-фильтр, который можно запустить в бесплатном хостинг-провайдере OnWorks, используя одну из наших многочисленных бесплатных онлайн-рабочих станций, таких как Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS.
ПРОГРАММА:
ИМЯ
delta-filter - считывает файл дельта-выравнивания с цифрового или промера и фильтрует
выравнивание
СИНТАКСИС
дельта-фильтр [опции]
ОПИСАНИЕ
-1 Выравнивание 1 к 1 с возможностью перегруппировки (пересечение -r и -q выравнивания)
-g Глобальное выравнивание 1 к 1, не допускающее перегруппировок
-h Показать справочную информацию
-i плавать
Установите минимальный идентификатор выравнивания [0, 100], по умолчанию 0
-l int Установите минимальную длину выравнивания, по умолчанию 0
-m Выравнивание "многие-ко-многим" с возможностью перегруппировки (объединение -r и -q выравнивания)
-q Сопоставляет каждую позицию каждого запроса с лучшим совпадением в ссылке, позволяя
ссылки перекрываются
-r Сопоставляет каждую позицию каждой ссылки с ее лучшим совпадением в запросе, позволяя
запросы перекрываются
-u float Устанавливает минимальную уникальность выравнивания, т.е. процент от
выравнивание соответствует уникальной ссылке И запросной последовательности [0, 100], по умолчанию 0
-o плавать
Установите максимальное перекрытие выравнивания для -r и -q варианты в процентах от
длина выравнивания [0, 100], по умолчанию 100
-v Вывести отброшенные выравнивания вместо тех, которые прошли фильтры
-b Дублирование карт (XOR of -r и -q выравнивания, одно или другое, но не оба)
Считывает файл дельта-выравнивания с цифрового или промера и фильтрует выравнивания на основе
на переключателях командной строки, оставляя только желаемые выравнивания, которые выводятся в
stdout в том же формате дельты, что и вход. Для нескольких переключателей порядок операций
заключается в следующем: -i -l -u -q -r -g -m -1 -b. Если выравнивание исключено предыдущим
операция, она будет проигнорирована последующими операциями.
Важное различие между -g вариант и -1 и -m варианты в том, что -g
требует, чтобы выравнивания были взаимно согласованными в их порядке, в то время как -1 и -m
варианты не должны быть взаимно согласованными и, следовательно, допускать транслокации,
инверсии и т. д. В общих случаях -m вариант - лучший выбор, однако -1 может быть
удобно для таких приложений, как поиск SNP, которые требуют сопоставления 1 к 1. Наконец, для
сопоставление контигов запроса или считывания секвенирования с эталонным геномом, используйте -q,
дубликаты напечатаны с -b вариант -r и -q выравнивания, которых нет в
выравнивание 1 к 1. Эти выравнивания также являются различием между -1 и -m
выравнивание
Используйте дельта-фильтр онлайн на сервисах onworks.net
