Это дайджест команд, который можно запустить в бесплатном хостинг-провайдере OnWorks, используя одну из наших многочисленных бесплатных онлайн-рабочих станций, таких как Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS.
ПРОГРАММА:
ИМЯ
digest - отчеты о протеолитических ферментах или сайтах расщепления реагентов.
СИНТАКСИС
дайджест -следствие Seqall -mwdata файл данных -меню список -мононуклеоз логический -не любимый логический
-рэггинг логический -термина список -перекрывать логический -все части логический
-выходной файл отчету
дайджест -Помощь
ОПИСАНИЕ
дайджест это программа командной строки от EMBOSS («European Molecular Biology Open
Программный пакет »). Он является частью командных групп «Белок: Мотивы».
ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ УСЛУГИ, НЕ ВКЛЮЧЕННЫЕ В ПАКЕТ
вход .
-следствие Seqall
-mwdata файл данных
Данные молекулярной массы аминокислот Значение по умолчанию: Emolwt.dat
необходимые .
-меню список
Значение по умолчанию: 1
-мононуклеоз логический
Значение по умолчанию: N
Фильтр .
-не любимый логический
Трипсин обычно не режет после «KR», если за ним следует любой из «KRIFLP».
Lys-C обычно не режется после «K», если за ним следует «P». Arg-C не будет
обычно обрезается после «R», если за ним следует «P». V8-bicarb обычно не режет после
"E", если за ним следует любое из "KREP". V8-phosph обычно не режется после 'DE', если
за ними следует буква "P". Химотрипсин обычно не разрезается после FYWLM, если они
с последующим "P". При указании «неблагоприятных» отображаются эти «неблагоприятные» сокращения, а также
избранные.
-рэггинг логический
Обеспечивает полеспецифическое и неспецифическое пищеварение. Эта опция особенно полезна
для создания списков пептидных последовательностей для идентификации белков с использованием
масс-спектрометрии.
-термина список
Значение по умолчанию: 1
Результат .
-перекрывать логический
Используется для частичного переваривания. Показывает все сокращения с избранных сайтов плюс 1..3, 2..4,
3..5 и т.д., но не (например) 2..5. Таким образом, перекрытия представляют собой фрагменты ровно с одним
потенциальный участок разреза в нем.
-все части логический
Что касается перекрытия, но включены фрагменты, содержащие более одного потенциального сайта разреза.
-выходной файл отчету
Используйте дайджест онлайн с помощью сервисов onworks.net
