Это команда domainsee, которую можно запустить в бесплатном хостинг-провайдере OnWorks, используя одну из наших многочисленных бесплатных онлайн-рабочих станций, таких как Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS.
ПРОГРАММА:
ИМЯ
domainse - Добавить записи вторичной структуры в файл DCF.
СИНТАКСИС
домены -dcfinfile вводить -dccfdir каталог -dcfoutfile Outfile -лог-файл Outfile
домены -Помощь
ОПИСАНИЕ
домены это программа командной строки от EMBOSS («European Molecular Biology Open
Программный пакет »). Он является частью группы (групп) команд «Утилиты: создание базы данных».
ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ ОПЦИИ
вход .
-dcfinfile вводить
Этот параметр указывает имя файла DCF (файл классификации домена) (ввод). А
"файл классификации доменов" содержит классификацию и другие данные для доменов из
SCOP или CATH в формате DCF (подобном EMBL). Файлы создаются с помощью SCOPPARSE.
и CATHPARSE. Информация о последовательности домена может быть добавлена в файл с помощью
ДОМЕННЫЕ ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТИ.
-dccfdir каталог
Эта опция указывает местоположение файла CCF домена (чистые файлы координат)
(Вход). «Чистый кординатный файл» содержит координаты белка и производные данные для
один файл PDB ('файл с чистыми координатами белка') или один домен из SCOP или CATH
('файл чистых координат домена') в формате CCF (подобном EMBL). Файлы, созданные
используя PDBPARSE (файлы PDB) или DOMAINER (домены), содержат "очищенные" данные, которые
самосогласованный и исправленный. Записи о доступности остатков растворителей и
вторичная структура добавляется в файл с помощью PDBPLUS. Значение по умолчанию: ./
необходимые .
Фильтр .
Результат .
-dcfoutfile Outfile
Этот параметр указывает имя файла DCF (файл классификации домена) с
записи вторичной структуры (вывод). "Файл классификации домена" содержит
классификация и другие данные для доменов из SCOP или CATH в формате DCF
(Как EMBL). Файлы создаются с использованием SCOPPARSE и CATHPARSE. Последовательность домена
информацию можно добавить в файл с помощью DOMAINSEQS.
-лог-файл Outfile
Эта опция указывает имя файла журнала DOMAINSSE. Значение по умолчанию: domainsse.log
Использование доменов см. В Интернете с помощью сервисов onworks.net
