dsimulator - онлайн в облаке

ПРОГРАММА:

ИМЯ

dsimulator - генерирует синтетические чтения для случайного генома

СИНТАКСИС

симулятор genlen: двойной [-cдвойной (20.)] [-bдвойной (5)] [-rInt] [-mInt(10000)]
[-sInt(2000)][-xInt(4000)] [-eдвойной (15)][-Mфайл]

ОПИСАНИЕ

симулятор сначала генерирует поддельный геном размера Genlen* 1 Мбайт с AT-смещением
-b. Затем он генерирует выборочные чтения средней длины. -m от нормальной длины
распределение со стандартным отклонением -s, но игнорирует чтения длиной меньше -x, Это
собирает достаточно чтений, чтобы покрыть геном -c раз и вводит -e дробить ошибки на
каждое чтение, где соотношение вставок, удалений и замен устанавливается определенным
константы INS_RATE (по умолчанию 73%) и DEL_RATE (по умолчанию 20%) в файле generate.c. Можно
также контролировать скорость, с которой считывания выбираются из прямой и обратной цепей с помощью
установка определенной константы FLIP_RATE (по умолчанию 50/50). В -r вариант засевает случайным
генератор чисел для генерации генома, чтобы можно было воспроизводимо генерировать
тот же базовый геном, из которого производится выборка. Если этот параметр отсутствует, то идентификатор задания
вызова запускает генератор случайных чисел. Вывод отправляется в стандартный
вывод (т.е. это конвейер UNIX). Выходные данные находятся в формате Pacbio .fasta, подходящем в качестве входных.
в Fasta2DB(1). Наконец, -M опция запрашивает координаты, из которых каждый читает
были выбраны, записываются в указанный файл, по одной строке на чтение, в кодировке ASCII.
Этот файл "карты", по сути, сообщает, где каждое чтение принадлежит сборке, и очень
полезно для отладки и тестирования. Если считываемой парой является, скажем, b, e, то если b <e, то
чтение было выбрано из [b, e] в прямом направлении, и если b> e из [e, b] в
обратное направление.

Используйте dsimulator онлайн с помощью сервисов onworks.net