АнглийскийФранцузскийИспанский

Ad


Значок OnWorks

ecoPCR - Онлайн в облаке

Запустите ecoPCR в бесплатном хостинг-провайдере OnWorks через Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS

Это команда ecoPCR, которую можно запустить в бесплатном хостинг-провайдере OnWorks, используя одну из наших многочисленных бесплатных онлайн-рабочих станций, таких как Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS.

ПРОГРАММА:

ИМЯ


ecoPCR - поиск гибридов последовательностей и таксономии с заданными праймерами

СИНТАКСИС


экоПЦР [опции] <нуклеотидный узоры>

ОПИСАНИЕ


ecoPCR - это программное обеспечение для электронной ПЦР, разработанное LECA и Helix-Project. Это помогает
оценить качество грунтовок для штрих-кодов.

ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ УСЛУГИ, НЕ ВКЛЮЧЕННЫЕ В ПАКЕТ


-a : Концентрация соли в M для вычисления Tm (по умолчанию 0.05 M)

-c : Учтите, что последовательности базы данных [c] неправильные

-d : [D] atabase: чтобы соответствовать ожидаемому формату, база данных
должен быть сформирован сначала формат экоПЦР(1) программа. формат экоПЦР(1) создает
три типа файлов:

.sdx: содержит последовательности

.tdx: содержит информацию о таксономии

.rdx: содержит ранг таксономии

Для ecoPCR нужны файлы всех типов. В итоге приходится писать радикальную базу данных
без какого-либо расширения. Например / ecoPCRDB / gbmam

-D : Сохраняет указанное количество нуклеотидов на каждой стороне in silico.
амплифицированные последовательности (включая амплифицированный фрагмент ДНК плюс две мишени
последовательности праймеров).

-e : [E] rror: максимальное количество ошибок, допускаемых олигонуклеотидом (по умолчанию 0)

-h : [H] elp - распечатать помощь

-i : [I] gnore данный идентификатор таксономии.
Идентификаторы таксономии доступны с помощью программы ecofind. см. его помощь, набрав ecofind
-h чтобы получить больше информации.

-k : [K] ingdom mode: установить режим королевства
режим супер королевства по умолчанию.

-l : минимум [L] длина: задайте минимальную длину амплификации.

-L : maximum [L] ength: определить максимальную длину амплификации.

-m : Метод поправки на содержание соли для вычисления Tm (SANTALUCIA: 1
или OWCZARZY: 2, по умолчанию = 1)

-r : [R] ограничивает поиск заданным таксономическим идентификатором.
Идентификаторы таксономии доступны с помощью программы ecofind. см. его помощь, набрав ecofind
-h чтобы получить больше информации.

первый аргумент: олигонуклеотид для прямой цепи

второй аргумент: олигонуклеотид для обратной цепи

Описание результата таблицы:

столбец 1: инвентарный номер

столбец 2: длина последовательности

столбец 3: таксономический идентификатор

столбец 4: ранг

столбец 5: таксономический идентификатор вида

столбец 6: научное название

столбец 7: таксономический идентификатор рода

столбец 8: название рода

столбец 9: таксономический идентификатор семейства

столбец 10: фамилия

столбец 11: таксономический идентификатор супер-королевства

столбец 12: название супер королевства

столбец 13: прядь (прямая или обратная)

столбец 14: первый олигонуклеотид

столбец 15: количество ошибок для первой цепочки

столбец 16: Tm для гибридизации праймера 1 на этом сайте

столбец 17: второй олигонуклеотид

столбец 18: количество ошибок для второй цепочки

столбец 19: Tm для гибридизации праймера 1 на этом сайте

столбец 20: длина усиления

столбец 21: последовательность

столбец 22: определение

Используйте ecoPCR онлайн с помощью сервисов onworks.net


Бесплатные серверы и рабочие станции

Скачать приложения для Windows и Linux

  • 1
    Жар-птица
    Жар-птица
    СУБД Firebird предлагает функции ANSI SQL
    & работает на Linux, Windows и
    несколько Unix-платформ. Функции
    отличный параллелизм и производительность
    & сила...
    Скачать Firebird
  • 2
    KompoZer
    KompoZer
    KompoZer — это wysiwyg HTML-редактор, использующий
    кодовая база Mozilla Composer. В виде
    Разработка Нву остановлена
    в 2005 году KompoZer исправляет множество ошибок и
    добавляет ф...
    Скачать Композер
  • 3
    Бесплатная загрузка манги
    Бесплатная загрузка манги
    Free Manga Downloader (FMD) — это
    приложение с открытым исходным кодом, написанное на
    Object-Pascal для управления и
    скачивание манги с разных сайтов.
    Это зеркало...
    Скачать бесплатный загрузчик манги
  • 4
    UNetbootin
    UNetbootin
    UNetbootin позволяет создавать загрузочные
    Живые USB-накопители для Ubuntu, Fedora и
    другие дистрибутивы Linux без
    запись компакт-диска. Работает на Windows, Linux,
    и ...
    Скачать UNetbootin
  • 5
    Долибарр ERP - CRM
    Долибарр ERP - CRM
    Dolibarr ERP - CRM проста в использовании
    Пакет программного обеспечения ERP и CRM с открытым исходным кодом
    (запускается с веб-сервером php или как
    автономное программное обеспечение) для бизнеса,
    фундамент...
    Скачать Dolibarr ERP - CRM
  • 6
    Клиент SQuirreL SQL
    Клиент SQuirreL SQL
    SQuirreL SQL Client - это графический SQL
    клиент, написанный на Java, который позволит
    вы, чтобы просмотреть структуру JDBC
    совместимая база данных, просматривайте данные в
    столы ...
    Скачать SQL-клиент SQuirreL
  • Больше »

Команды Linux

Ad