Это команда fastaq-filter, которую можно запустить в бесплатном хостинг-провайдере OnWorks, используя одну из наших многочисленных бесплатных онлайн-рабочих станций, таких как Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS.
ПРОГРАММА:
ИМЯ
fastaq_filter - фильтрует последовательности, чтобы получить их подмножество
ОПИСАНИЕ
использование: fastaq_filter [параметры]
Фильтрует файл последовательности по длине последовательности и / или по имени, совпадающему с регулярным выражением
позиционный аргументы:
infile Имя входного файла для фильтрации
Outfile
Имя выходного файла
необязательный аргументы:
-h, --Помогите
показать это справочное сообщение и выйти
--мин_длина INT
Минимальная длина сохраняемой последовательности [0]
--максимальная длина INT
Максимальная длина сохраняемой последовательности [inf]
--regex РЕГЭКС
Если указано, будут сохранены только чтения с именем, совпадающим с регулярным выражением.
--ids_file ИМЯ ФАЙЛА
Если задан, будут использоваться только те чтения, ID которых находится в данном файле. Один идентификатор на строку
.
-v, - инвертировать
Сохраняйте только те последовательности, которые не соответствуют фильтрам
Мат файл для читать пар опции:
--mate_in ИМЯ ФАЙЛА
Имя входного файла сопряжений. Если используется, необходимо также предоставить --mate_out
--mate_out ИМЯ ФАЙЛА
Имя выходного файла сопряжений
--both_mate_pass
По умолчанию, если какое-либо из сопряжений проходит фильтр, то оба читают вывод. Используйте этот флаг, чтобы
требуют, чтобы оба чтения пары прошли фильтр
Используйте fastaq-filter онлайн на сервисах onworks.net