Это команда fastq-multx, которую можно запустить в бесплатном хостинг-провайдере OnWorks, используя одну из наших многочисленных бесплатных онлайн-рабочих станций, таких как Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS.
ПРОГРАММА:
ИМЯ
fastq-multx - ea-utils: замените% идентификатором штрих-кода в файле штрих-кодов
СИНТАКСИС
fastq-multx [-g | -l | -B] -o r1.%. fq [mate.fq -o r2.%. fq] ...
ОПИСАНИЕ
fastq-multx: недопустимая опция -- 'h' Неизвестная опция '-h'.
Версия: 1.02.684
Выходные файлы должны содержать знак '%', который заменяется идентификатором штрих-кода в штрих-кодах.
файл. Выходной файл может быть недоступен, чтобы удалить соответствующие данные (используйте это для штрих-кода.
читать)
Файл штрих-кодов (-B) выглядит так:
...
По умолчанию угадать -бол or -эол на основе четкой статистики.
If -g используется, то его параметр является индексной полосой, и часто встречающиеся последовательности
используемый.
If -l используется, то проверяются все штрих-коды в файле, а * группа * с * наибольшим *
спички выбраны.
Файл сгруппированных штрих-кодов (-l or -L) выглядит так:
...
Сопряженные чтения, если они предоставлены, сохраняются синхронизированными
ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ УСЛУГИ, НЕ ВКЛЮЧЕННЫЕ В ПАКЕТ
-o FIL1 Выходные файлы (по одному на вход, обязательно) -g SEQFIL Определить штрих-коды из
проиндексированное чтение SEQFIL -l BCFIL Определение штрих-кодов по любому считыванию, используя BCFIL в качестве основного
список -L BCFIL Определить штрих-коды из , используя BCFIL в качестве основного списка -B БКФИЛ
Использовать штрих-коды из указанного файла, не запускать этап определения -b Форс-мажор
начало строки (5 ') для сопоставления штрих-кода -e Принудительный конец строки (3 ') для кода летучей мыши
согласование -t ЧИСЛО Разделить порог для автоматического определения по множителю ЧИСЛО (1),> 1 = больше
чувствительный -G NAME Использовать только группы, соответствующие NAME -x Не обрезайте штрих-коды
перед записью пункта назначения -n Не выполнять, просто распечатайте список вероятных штрих-кодов
-v C Убедитесь, что совпадающий идентификатор совпадает с символом C (используйте '' для illumina) -m N
Допускается до N несоответствий, если они уникальны (1) -d N Требовать минимум
расстояние N между лучшим и следующим лучшим (2) -q N Требовать минимальный phred
качество N для приема базы штрих-кода (0)
Используйте fastq-multx онлайн с помощью сервисов onworks.net
