fmcs - Интернет в облаке

ПРОГРАММА:

ИМЯ

фмкс - фмкс

ОПИСАНИЕ

использование: fmcs [-h] [--maximize {атомы, связи}] [--min-num-atom INT]

[--compare {топология, элементы, типы}] [--atom-compare {любые, элементы, изотопы}]
[--bond-compare {any, bondtypes}] [--atom-class-tag TAG] [--ring-matches-ring-only]
[--complete-ring-only] [--select SELECT] [--timeout СЕКУНДЫ] [--output ИМЯ ФАЙЛА]
[--output-format {смарты, фрагмент-смайлы, фрагмент-sdf, полный-sdf}] [--output-all]
[--save-atom-class-tag TAG] [--save-counts-tag TAG] [--save-atom-index-tag TAG]
[--save-smarts-tag ТЕГ] [--save-smiles-tag ТЕГ] [--times] [-v] [--version] имя файла

Найдите максимальную общую подструктуру набора структур

позиционный аргументы:
имя файла
Файл SDF или SMILES

необязательный аргументы:
-h, --Помогите
показать это справочное сообщение и выйти

- максимизировать {атомы, связи}
Увеличьте количество «атомов» или «связей» в MCS. (По умолчанию: облигации)

--мин-число-атомов INT
Минимальное количество атомов в MCS (по умолчанию: 2)

--сравнивать {топология, элементы, типы}
Используйте топологию как сокращение для '--atom-compare any --bond-сравнить любой',
'elements' is '--atom-compare elements --bond-сравнить любой ', а' типы '- это
'--atomcompare elements --bond-сравнить bondtypes '(По умолчанию: типы)

--atom-сравнить {любые, элементы, изотопы}
Укажите метод сравнения атомов. С 'any' каждый атом соответствует любому другому.
атом. С «элементами» атомы совпадают, только если они содержат один и тот же элемент. С участием
«изотопы», атомы совпадают, только если они имеют одинаковое изотопное число; элемент
информация игнорируется, поэтому [5C] и [5P] идентичны. Это можно использовать для
реализовать пользовательскую атомную типизацию. (По умолчанию: элементы)

--bond-сравнить {any, bondtypes}
Укажите метод сравнения облигаций. С 'any' каждая связь соответствует любой другой.
связь. С «типами облигаций» облигации одинаковы, только если их типы облигаций одинаковы.
(По умолчанию: bondtypes)

--atom-класс-тег TAG
Используйте присвоения атомного класса из поля «TAG». Данные тега должны содержать пробел
разделенный список целых чисел в диапазоне 1-10000, по одному для каждого атома. Атомы
идентичны тогда и только тогда, когда их соответствующие классы атомов одинаковы. Обратите внимание, что
«003» и «3» считаются одинаковыми значениями. (По умолчанию не используется)

- кольцо-матчи-только кольцо
Измените сравнение связей, чтобы кольцевые связи соответствовали только кольцевым связям и цепным связям.
только спички цепочек. (Кольцевые атомы все еще могут соответствовать некольцевым атомам.)

- только полные кольца
Если связь является кольцевой связью во входных структурах, а связь находится в MCS, то
связь также должна быть в кольце MCS. Выбор этого параметра также включает
- кольцо-матчи-только кольцо.

--Выбрать ВЫБОР
Выберите подмножество входных записей для обработки. Пример: 1-10,13,20,50- (по умолчанию:
'1-', который выбирает все структуры)

- тайм-аут СЕКУНД
Сообщите о лучшем решении после работы в течение не более «тайм-аута» секунд. Используйте 'none'
без тайм-аута. (По умолчанию: нет)

--выход ИМЯ ФАЙЛА, -o ИМЯ ФАЙЛА
Записать результаты в FILENAME (по умолчанию: использовать стандартный вывод)

--Формат вывода {смарты, фрагмент-смайлы, фрагмент-sdf, полный-sdf}
smarts пишет шаблон SMARTS, включая критерии атома и связи.
'fragment-smiles' записывает соответствующий фрагмент в виде строки SMILES. 'фрагмент-sdf'
записывает соответствующий фрагмент как файл SD; видеть --save-атом-класс для подробностей о том, как
Информация о классе атома сохраняется. 'complete-sdf' записывает весь файл SD с
информация о фрагменте, хранящаяся в теге, указанном --save-фрагмент-индексы-тег.
(По умолчанию: умные)

- выход-все
По умолчанию форматы вывода структуры показывают MCS только для первого ввода.
состав. Если эта опция включена, то MCS для всех структур
показано на рисунке.

--save-атом-класс-тег TAG
Если указаны классы атомов (через --класс-тег) и выходной формат
'fragment-sdf' затем сохраните классы атома подструктуры в теге TAG во фрагменте
атомный порядок. По умолчанию это значение --atomclass-тег.

--save-counts-тег TAG
Сохраните количество фрагментов, количество атомов и количество связей в указанный тег SD как
целые числа, разделенные пробелом, например '1 9 8'. (Количество фрагментов не превышает
1 до тех пор, пока fmcs не будет поддерживать отключенные MCS.)

--save-атом-индексы-тег TAG
Если классы атомов указаны и выходной формат - 'complete-sdf', сохраните
Индексы атомов фрагмента MCS для тега TAG в порядке MCS. (По умолчанию: mcs-atomindices)

--save-smarts-тег TAG
Сохраните MCS SMARTS в указанный тег SD. Использует '-', если нет MCS

--save-smiles-тег TAG
Сохраните фрагмент SMILES в указанный тег SD. Использует '-', если нет MCS

- раз
Распечатать информацию о времени в stderr

-v, --подробный
Распечатать статистику прогресса в stderr. Для большей детализации используйте дважды.

--версия

Подробнее об этих параметрах см. Https://bitbucket.org/dalke/fmcs/.

Используйте fmcs онлайн с помощью сервисов onworks.net