Это команда fuzznuce, которую можно запустить в бесплатном хостинг-провайдере OnWorks, используя одну из наших многочисленных бесплатных онлайн-рабочих станций, таких как Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS.
ПРОГРАММА:
ИМЯ
fuzznuc - поиск закономерностей в нуклеотидных последовательностях
СИНТАКСИС
пушистый -последовательность Seqall -шаблон описания -дополнение логический -выходной файл отчету
пушистый -Помощь
ОПИСАНИЕ
пушистый это программа командной строки от EMBOSS («European Molecular Biology Open
Программный пакет »). Он является частью группы (групп) команд "Nucleic: Motifs".
ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ УСЛУГИ, НЕ ВКЛЮЧЕННЫЕ В ПАКЕТ
вход .
-последовательность Seqall
-шаблон описания
Используются стандартные однобуквенные коды IUPAC для нуклеотидов. Символ "n"
используется для позиции, в которой допустим любой нуклеотид. Неоднозначности обозначены
перечисление допустимых нуклеотидов для данной позиции в квадратных скобках '[
] '. Например: [ACG] означает A, C или G. Неоднозначность также обозначается
перечисление между парой фигурных скобок '{}' нуклеотидов, которые не принимаются
в данной позиции. Например: {AG} обозначает любые нуклеотиды, кроме A и G. Каждый
элемент в шаблоне отделяется от своего соседа знаком «-». (Необязательно в fuzznuc).
Повторение элемента рисунка может быть обозначено, следуя за этим элементом.
с числовым значением или числовым диапазоном в скобках. Примеры: N(3)
соответствует NNN, N (2,4) соответствует NN, NNN или NNNN. Когда узор
ограничен либо 5 ', либо 3' концом последовательности, этот шаблон либо начинается с
Символ '<' или, соответственно, оканчивается символом '>'. Точка завершает паттерн.
(Необязательно в fuzznuc). Например, [CG] (5) TG {A} N (1,5) C
Фильтр .
-дополнение логический
Значение по умолчанию: N
Результат .
-выходной файл отчету
Используйте fuzznuce в Интернете с помощью сервисов onworks.net
