genome-music-bmr-calc-wig-covgp - Интернет в облаке

ПРОГРАММА:

ИМЯ

genome music bmr calc-wig-covg - Подсчет покрытых оснований для каждого гена для каждого заданного трека покачивания
формат файла.

Версия

Этот документ описывает геном музыки bmr calc-wig-covg версии 0.04 (2016-01-01 at
23:10:18)

СИНТАКСИС

геномная музыка bmr calc-wig-covg --roi-file =? --reference-sequence =? --wig-list =?
--output-dir =?

Общее использование:

... музыка bmr calc-wig-covg \
--wig-list каталог_входа / wig_list \
--output-dir выходной_директор / \
--reference-sequence каталог_входа / all_sequences.fa \
--roi-файл каталог_входа / all_coding_exons.tsv

ТРЕБУЕТСЯ АРГУМЕНТЫ

roi-файл Текст
Разделенный табуляцией список областей интереса [chr start stop gene_name] (см. Описание)

эталонная последовательность Текст
Путь к эталонной последовательности в формате FASTA

список париков Текст
Разделенный табуляцией список файлов WIG [sample_name wig_file] (см. Описание)

выходной каталог Текст
Каталог, в который будут записаны выходные файлы и подкаталоги

ОПИСАНИЕ

Этот скрипт подсчитывает базы с достаточным охватом ROI каждого гена из заданных
покачивайте файлы формата дорожек и делите их на категории - AT, CG (не CpG) и CpG.
Он также суммирует эти базовые подсчеты по всем ROI каждого гена для каждого образца, но
покрытые базы, которые лежат в перекрывающихся областях интереса, не учитываются более одного раза в
это общее количество.

АРГУМЕНТЫ

--roi-файл
Области интереса (ROI) каждого гена обычно являются областями, на которые нацелены
секвенирование или слитые локусы экзонов (из нескольких транскриптов) генов с 2-п.н.
боковые стороны (стыковые соединения). Для подсчета оснований для каждого гена перекрывающаяся база будет
подсчитывается каждый раз, когда он появляется в ROI того же гена. Чтобы этого не произошло, обязательно
объединить перекрывающиеся области интереса одного и того же гена. BEDtools 'mergeBed может помочь, если использовать
на ген.
--ссылка-последовательность
Эталонная последовательность в формате FASTA. Если индекс ссылочной последовательности не найден
рядом с этим файлом (файл .fai) он будет создан.
--виг-список
Предоставьте файл, содержащий имена образцов и расположение файлов в формате дорожек покачивания для
каждый. Используйте разделенный табуляцией формат [sample_name wig_file] для каждой строки. Дополнительные столбцы
подобные клинические данные разрешены, но игнорируются. Sample_name должно быть таким же, как
названия образцов опухолей, используемые в файле MAF (16-й столбец, с заголовком
Опухоль_Sample_Barcode).
--output-дир
Укажите выходной каталог, в котором будет создано / записано следующее: roi_covgs:
Подкаталог, содержащий базовые подсчеты охваченных областей интереса для каждого образца. gene_covgs:
Поддиректория, содержащая количество покрытых оснований для каждого образца. total_covgs:
Файл, содержащий общие неперекрывающиеся покрытия для каждого образца.

Используйте genome-music-bmr-calc-wig-covgp онлайн с помощью сервисов onworks.net